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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b6p | ||||||
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タイトル | HIV-1 PROTEASE COMPLEXED WITH MACROCYCLIC PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR 7 | ||||||
要素 | RETROPEPSIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / COMPLEX (ACID PROTEINASE-PEPTIDE) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / OTHER / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Martin, J.L. / Begun, J. / Schindeler, A. / Wickramasinghe, W.A. / Alewood, D. / Alewood, P.F. / Bergman, D.A. / Brinkworth, R.I. / Abbenante, G. / March, D.R. ...Martin, J.L. / Begun, J. / Schindeler, A. / Wickramasinghe, W.A. / Alewood, D. / Alewood, P.F. / Bergman, D.A. / Brinkworth, R.I. / Abbenante, G. / March, D.R. / Reid, R.C. / Fairlie, D.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Molecular recognition of macrocyclic peptidomimetic inhibitors by HIV-1 protease. 著者: Martin, J.L. / Begun, J. / Schindeler, A. / Wickramasinghe, W.A. / Alewood, D. / Alewood, P.F. / Bergman, D.A. / Brinkworth, R.I. / Abbenante, G. / March, D.R. / Reid, R.C. / Fairlie, D.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b6p.cif.gz | 56.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b6p.ent.gz | 39.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b6p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1b6p_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1b6p_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1b6p_validation.xml.gz | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1b6p_validation.cif.gz | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/1b6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/1b6p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10765.687 Da / 分子数: 2 変異: GLN7LYS, LEU33ILE, CYS67ABA, CYS95ABA, GLN107LYS, LEU133ILE, CYS167ABA, CYS195ABA 由来タイプ: 天然 / 詳細: CYS RESIDUES REPLACED WITH ABA 由来: (天然) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PI7 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.22 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.5 詳細: 0.1 M ACETATE BUFFER PH 5.5 AND 30-60% AMMONIUM SULFATE | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: the enzyme/inhibitor solution was mixed in a 1:1 ratio with precipitant solution | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 289 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月1日 |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 11387 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 4.7 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.216 / % possible all: 81 |
反射 | *PLUS % possible obs: 85.6 % / Num. measured all: 27045 / Rmerge(I) obs: 0.09 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 81 % / Rmerge(I) obs: 0.216 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: PDB ENTRY 1CPI 解像度: 2→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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