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万見
- PDB-1amt: Crystal structure of alamethicin at 1.5 angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1amt
タイトルCrystal structure of alamethicin at 1.5 angstrom resolution
要素ALAMETHICIN F30
キーワードANTIBIOTIC / ALAMETHICIN / PEPTAIBOL / ANTIBACTERIAL / ANTIFUNGAL
機能・相同性Alamethicin / ACETONITRILE / METHANOL / :
機能・相同性情報
生物種TRICHODERMA VIRIDE (菌類)
手法X線回折 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Fox, R.O. / Richards, F.M.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1982
タイトル: A Voltage-Gated Ion Channel Model Inferred from the Crystal Structure of Alamethicin at 1.5-A Resolution.
著者: Fox Jr, R.O. / Richards, F.M.
#1: ジャーナル: Thesis, Yale
タイトル: The Crystal Structure of Alamethicin at 1.5 Angstroms Resolution
著者: Fox, R.O.
履歴
登録1987年12月8日処理サイト: BNL
改定 1.01988年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52017年11月1日Group: Derived calculations / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly
Item: _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 1.62025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALAMETHICIN F30
B: ALAMETHICIN F30
C: ALAMETHICIN F30
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,34418
ポリマ－5,8453
非ポリマー49915
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area5440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.330, 29.620, 23.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ALAMETHICIN F30 / ALAMETHICIN


タイプ: Peptaibol / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1948.310 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: ALAMETHICIN F30 IS AN EICOSAMERIC HELICAL PEPTIDE. THE N-TERM IS ACETYLATED (RESIDUE 0)
由来: (合成) TRICHODERMA VIRIDE (菌類) / 参照: NOR: NOR00010, Alamethicin
#2: 化合物 ChemComp-CCN / ACETONITRILE / シアノメチリジンラジカル


分子量: 41.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3N
#3: 化合物
ChemComp-MOH / METHANOL / ヒドロキシメチリジンラジカル


分子量: 32.042 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O
構成要素の詳細ALAMETHICIN F30 IS LINEAR PEPTIDE, A MEMBER OF THE PEPTAIBOL FAMILY OF MEMBRANE CHANNEL FORMING ...ALAMETHICIN F30 IS LINEAR PEPTIDE, A MEMBER OF THE PEPTAIBOL FAMILY OF MEMBRANE CHANNEL FORMING PEPTIDES. HERE, ALAMETHICIN F30 IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.2 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID一般名Crystal-ID
1acetonitrile1
2methanol1

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.5→10 Å /
Rfactor反射数
obs0.155 5458
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数417 0 32 0 449
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 5458 / Rfactor obs: 0.155
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 15 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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