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万見
- PDB-1bzk: STRUCTURAL STUDIES ON THE EFFECTS OF THE DELETION IN THE RED CELL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bzk
タイトルSTRUCTURAL STUDIES ON THE EFFECTS OF THE DELETION IN THE RED CELL ANION EXCHANGER (BAND3, AE1) ASSOCIATED WITH SOUTH EAST ASIAN OVALOCYTOSIS.
要素PROTEIN (BAND 3 ANION TRANSPORT PROTEIN)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / HUMAN ERYTHROCYTE ANION TRANSPORTER / TRANSMEMBRANE / SYNTHETIC PEPTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


pH elevation / Defective SLC4A1 causes hereditary spherocytosis type 4 (HSP4), distal renal tubular acidosis (dRTA) and dRTA with hemolytic anemia (dRTA-HA) / negative regulation of urine volume / Bicarbonate transporters / intracellular monoatomic ion homeostasis / ankyrin-1 complex / plasma membrane phospholipid scrambling / monoatomic anion transmembrane transporter activity / chloride:bicarbonate antiporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity ...pH elevation / Defective SLC4A1 causes hereditary spherocytosis type 4 (HSP4), distal renal tubular acidosis (dRTA) and dRTA with hemolytic anemia (dRTA-HA) / negative regulation of urine volume / Bicarbonate transporters / intracellular monoatomic ion homeostasis / ankyrin-1 complex / plasma membrane phospholipid scrambling / monoatomic anion transmembrane transporter activity / chloride:bicarbonate antiporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / monoatomic anion transport / chloride transmembrane transporter activity / chloride transport / ankyrin binding / hemoglobin binding / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / cortical cytoskeleton / erythrocyte development / protein-membrane adaptor activity / chloride transmembrane transport / protein localization to plasma membrane / regulation of intracellular pH / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / transmembrane transport / Z disc / cytoplasmic side of plasma membrane / blood coagulation / basolateral plasma membrane / blood microparticle / protein homodimerization activity / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helical hairpin bin / Anion exchange protein 1 / Anion exchange protein / Anion exchange, conserved site / Anion exchangers family signature 1. / Anion exchangers family signature 2. / Band 3 cytoplasmic domain / Band 3 cytoplasmic domain / Phosphotransferase/anion transporter / Bicarbonate transporter, eukaryotic ...Helical hairpin bin / Anion exchange protein 1 / Anion exchange protein / Anion exchange, conserved site / Anion exchangers family signature 1. / Anion exchangers family signature 2. / Band 3 cytoplasmic domain / Band 3 cytoplasmic domain / Phosphotransferase/anion transporter / Bicarbonate transporter, eukaryotic / Bicarbonate transporter-like, transmembrane domain / HCO3- transporter integral membrane domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Band 3 anion transport protein
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Chambers, E.J. / Bloomberg, G.B. / Ring, S.M. / Tanner, M.J.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structural studies on the effects of the deletion in the red cell anion exchanger (band 3, AE1) associated with South East Asian ovalocytosis.
著者: Chambers, E.J. / Bloomberg, G.B. / Ring, S.M. / Tanner, M.J.
#1: ジャーナル: Biochem.Soc.Trans. / 年: 1998
タイトル: Studies on the Structure of a Transmembrane Region and a Cytoplasmic Loop of the Human Red Cell Anion Exchanger (Band3, AE1)
著者: Chambers, E.J. / Bloomberg, G.B. / Ring, S.M. / Tanner, M.J.A.
履歴
登録1998年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (BAND 3 ANION TRANSPORT PROTEIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,6281
ポリマ－4,6281
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 50NO NOE VIOLATIONS GREATER THAN 0.05 NM, NO DIHEDRAL VIOLATIONS GREATER THAN 5 DEGREES.
代表モデルモデル #8

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PROTEIN (BAND 3 ANION TRANSPORT PROTEIN)


分子量: 4628.324 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL CYTOPLASM/FIRST MEMBRANE SPAN / 由来タイプ: 合成
詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED USING FMOC PEPTIDE STRATEGY. THE SEQUENCE OF THE PEPTIDE IS NATURALLY FOUND IN THE CYTOPLASM/MEMBRANE RED CELL OF HOMO SAPIENS.
参照: UniProt: P02730
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121COSY
131HOHAHA
1412D HSQC
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 2D HOMONUCLEAR AND 2D N-15/H-1 HETERONUCLEAR NMR SPECTROSCOPY.

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試料調製

試料状態pH: 3.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: JEOL ALPHA 500 / 製造業者: JEOL / モデル: ALPHA 500 / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE EUR. J. BIOCHEM. 1994, V221, 445-454.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NO NOE VIOLATIONS GREATER THAN 0.05 NM, NO DIHEDRAL VIOLATIONS GREATER THAN 5 DEGREES.
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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