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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1adg | ||||||
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タイトル | CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF TWO ALCOHOL DEHYDROGENASE-BOUND ANALOGS OF THIAZOLE-4-CARBOXAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE (TAD), THE ACTIVE ANABOLITE OF THE ANTITUMOR AGENT TIAZOFURIN | ||||||
要素 | ALCOHOL DEHYDROGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE(NAD(A)-CHOH(D)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Li, H. / Hallows, W.A. / Punzi, J.S. / Marquez, V.E. / Carrell, H.L. / Pankiewicz, K.W. / Watanabe, K.A. / Goldstein, B.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Crystallographic studies of two alcohol dehydrogenase-bound analogues of thiazole-4-carboxamide adenine dinucleotide (TAD), the active anabolite of the antitumor agent tiazofurin. 著者: Li, H. / Hallows, W.H. / Punzi, J.S. / Marquez, V.E. / Carrell, H.L. / Pankiewicz, K.W. / Watanabe, K.A. / Goldstein, B.M. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986 タイトル: Interdomain Motion in Liver Alcohol Dehydrogenase. Structural and Energetic Analysis of the Hinge Bending Mode 著者: Colonna-Cesari, F. / Perahia, D. / Karplus, M. / Eklund, H. / Branden, C.I. / Tapia, O. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1984 タイトル: Crystallographic Investigations of Nicotinamide Adenine Dinucleotide Binding to Horse Liver Alcohol Dehydrogenase 著者: Eklund, H. / Samama, J.-P. / Jones, T.A. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1982 タイトル: Pyrazole Binding in Crystalline Binary and Ternary Complexes with Liver Alcohol Dehydrogenase 著者: Eklund, H. / Samama, J.-P. / Wallen, L. #4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1982 タイトル: Crystal Structure Determinations of Coenzyme Analogue and Substrate Complexes of Liver Alcohol Dehydrogenase. Binding of 1,4,5,6-Tetrahydronicotinamide Adenine Dinucleotide and Trans-4- ...タイトル: Crystal Structure Determinations of Coenzyme Analogue and Substrate Complexes of Liver Alcohol Dehydrogenase. Binding of 1,4,5,6-Tetrahydronicotinamide Adenine Dinucleotide and Trans-4-(N,N-Dimethylamino)Cinnamaldehyde to the Enzyme 著者: Cedergren-Zeppezauer, E. / Samama, J.-P. / Eklund, H. #5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1982 タイトル: Binding of Substrate in a Ternary Complex of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase 著者: Eklund, H. / Plapp, B.V. / Samama, J.-P. / Branden, C.-I. #6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976 タイトル: Three-Dimensional Structure of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase at 2.4 Angstroms Resolution 著者: Eklund, H. / Nordstrom, B. / Zeppezauer, E. / Soderlund, G. / Ohlsson, I. / Boiwe, T. / Soderberg, B.-O. / Tapia, O. / Branden, C.-I. / Akeson, A. #7: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1978 タイトル: Subunit Conformation of Yeast Alcohol Dehydrogenase 著者: Jornvall, H. / Eklund, H. / Branden, C.-I. #8: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1977 タイトル: The Crystal Structure of Complexes between Horse Liver Alcohol Dehydrogenase and the Coenzyme Analogues 3-Iodopyridine-Adenine Dinucleotide and Pyridine-Adenine Dinucleotide 著者: Samama, J.-P. / Zeppezauer, E. / Biellmann, J.-F. / Branden, C.-I. #9: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1977 タイトル: X-Ray Investigation of the Binding of 1,10-Phenanthroline and Imidazole to Horse-Liver Alcohol Dehydrogenase 著者: Boiwe, T. / Branden, C.-I. #10: ジャーナル: The Enzymes,Third Edition / 年: 1975 タイトル: Alcohol Dehydrogenases 著者: Branden, C.-I. / Jornvall, H. / Eklund, H. / Furugren, B. #11: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974 タイトル: Structural and Functional Similarities within the Coenzyme Binding Domains of Dehydrogenases 著者: Ohlsson, I. / Nordstrom, B. / Branden, C.-I. #12: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1974 タイトル: Binding of Salicylate in the Adenosine-Binding Pocket of Dehydrogenases 著者: Einarsson, R. / Eklund, H. / Zeppezauer, E. / Boiwe, T. / Branden, C.-I. #13: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1975 タイトル: The Conformation of Adenosine Diphosphoribose and 8-Bromoadenosine Diphosphoribose When Bound to Liver Alcohol Dehydrogenase 著者: Abdallah, M.A. / Biellmann, J.-F. / Nordstrom, B. / Branden, C.-I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1adg.cif.gz | 100 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1adg.ent.gz | 75.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1adg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/1adg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/1adg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 62 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39853.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P00327, alcohol dehydrogenase | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SAD / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.16 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 5 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 8.5 / PH range high: 8.3 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / % possible obs: 86 % / Num. measured all: 23350 / Rmerge(I) obs: 0.106 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.16 / Rfactor obs: 0.16 / 最高解像度: 2.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.7 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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