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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1854 | |||||||||
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タイトル | An insertion domain within mammalian mitochondrial translation initiation factor 2 serves the role of eubacterial initiation factor 1 | |||||||||
![]() | E.coli 70S and mammalian mitochondrial IF2 | |||||||||
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![]() | E.coli 70S / mammalian mitochondrial IF2 translation initiation factor 2 | |||||||||
機能・相同性 | ![]() large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / structural constituent of ribosome / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.8 Å | |||||||||
![]() | Yassin AS / Haque E / Datta PP / Elmore K / Banavali NK / Spremulli LL / Agrawal RK | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Insertion domain within mammalian mitochondrial translation initiation factor 2 serves the role of eubacterial initiation factor 1. 著者: Aymen S Yassin / Md Emdadul Haque / Partha P Datta / Kevin Elmore / Nilesh K Banavali / Linda L Spremulli / Rajendra K Agrawal / ![]() 要旨: Mitochondria have their own translational machineries for the synthesis of thirteen polypeptide chains that are components of the complexes that participate in the process of oxidative ...Mitochondria have their own translational machineries for the synthesis of thirteen polypeptide chains that are components of the complexes that participate in the process of oxidative phosphorylation (or ATP generation). Translation initiation in mammalian mitochondria requires two initiation factors, IF2(mt) and IF3(mt), instead of the three that are present in eubacteria. The mammalian IF2(mt) possesses a unique 37 amino acid insertion domain, which is known to be important for the formation of the translation initiation complex. We have obtained a three-dimensional cryoelectron microscopic map of the mammalian IF2(mt) in complex with initiator fMet-tRNA(iMet) and the eubacterial ribosome. We find that the 37 amino acid insertion domain interacts with the same binding site on the ribosome that would be occupied by the eubacterial initiation factor IF1, which is absent in mitochondria. Our finding suggests that the insertion domain of IF2(mt) mimics the function of eubacterial IF1, by blocking the ribosomal aminoacyl-tRNA binding site (A site) at the initiation step. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 7.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9.5 KB 9.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 258.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | E.coli 70S and mammalian mitochondrial IF2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.76 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : E. coli 70S ribosome in complex with a mammalian mitochondrial tr...
全体 | 名称: E. coli 70S ribosome in complex with a mammalian mitochondrial translation initiation factor 2 and initiator transfer RNA |
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要素 |
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-超分子 #1000: E. coli 70S ribosome in complex with a mammalian mitochondrial tr...
超分子 | 名称: E. coli 70S ribosome in complex with a mammalian mitochondrial translation initiation factor 2 and initiator transfer RNA タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 3 |
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分子量 | 理論値: 2.5 MDa |
-超分子 #1: E. coli (MRE600) 70S ribosome
超分子 | 名称: E. coli (MRE600) 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: Bacterial ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: LSU 50S, SSU 30S |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Bos taurus mitochondrial translation initiation factor 2
分子 | 名称: Bos taurus mitochondrial translation initiation factor 2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: mitochondrial translation IF2 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #2: initiator fMet-transfer RNA
分子 | 名称: initiator fMet-transfer RNA / タイプ: rna / ID: 2 / Name.synonym: fMet-tRNA / 分類: TRANSFER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | 詳細: 0.5 mM GDPNP, 50mM Tris-HCl pH 7.6, 5mM MgCl2, 80mM KCl, 1mM dithiothreitol |
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グリッド | 詳細: 300 mesh copper |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 4.5 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 392 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 50760 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Cryo / 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: Each Micrograph |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider / 使用した粒子像数: 121742 |
最終 2次元分類 | クラス数: 43 |