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万見
- EMDB-1730: 4.6 Angstrom Cryo-EM reconstruction of Tobacco Mosaic Virus from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1730
タイトル4.6 Angstrom Cryo-EM reconstruction of Tobacco Mosaic Virus from images recorded at 300 KeV on a 4kx4k CCD camera
マップデータB-factor scaled fully CTF corrected density map of TMV
試料
  • 試料: Tobacco Mosaic Virus
  • ウイルス: Tobacco mosaic virus (ウイルス)
  • RNA: ssRNA
キーワードCryo-EM / single particle processing / TMV / CCD data / 300 KeV electrons
機能・相同性Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / helical viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Tobacco mosaic virus (ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Clare DK / Orlova EV
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2010
タイトル: 4.6A Cryo-EM reconstruction of tobacco mosaic virus from images recorded at 300 keV on a 4k x 4k CCD camera.
著者: Daniel K Clare / Elena V Orlova /
要旨: Tobacco mosaic virus (TMV) is a plant virus with a highly ordered organisation and has been described in three different structural states: As stacked disks without RNA (X-ray crystallography), as a ...Tobacco mosaic virus (TMV) is a plant virus with a highly ordered organisation and has been described in three different structural states: As stacked disks without RNA (X-ray crystallography), as a helical form with RNA (X-ray fibre diffraction) and as a second distinct helical form with RNA (cryo-EM). Here we present a structural analysis of TMV as a test object to assess the quality of cryo-EM images recorded at 300 keV on a CCD camera. The 4.6A TMV structure obtained is consistent with the previous cryo-EM structure and confirms that there is a second helical form of TMV. The structure here also shows that with a similar number of TMV segments an equivalent resolution can be achieved with a 4k CCD camera at 300 keV.
履歴
登録2010年5月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年6月11日-
マップ公開2010年6月21日-
更新2016年4月13日-
現状2016年4月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2xea
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-2xea
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1730.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1730.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈B-factor scaled fully CTF corrected density map of TMV
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.24 Å
密度
表面レベル登録者による: 6.1 / ムービー #1: 10
最小 - 最大-26.271799999999999 - 46.868499999999997
平均 (標準偏差)0.551206 (±5.7358)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-100-100-100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 248 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.241.241.24
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z248.000248.000248.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-100-100-100
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-26.27246.8690.551

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tobacco Mosaic Virus

全体名称: Tobacco Mosaic Virus (ウイルス)
要素
  • 試料: Tobacco Mosaic Virus
  • ウイルス: Tobacco mosaic virus (ウイルス)
  • RNA: ssRNA

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超分子 #1000: Tobacco Mosaic Virus

超分子名称: Tobacco Mosaic Virus / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Monodisperse / 集合状態: Homo-oligomer of TMV coat protein and ssRNA / Number unique components: 2
分子量実験値: 175 KDa / 理論値: 175 KDa

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超分子 #1: Tobacco mosaic virus

超分子名称: Tobacco mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: TMV / NCBI-ID: 12242 / 生物種: Tobacco mosaic virus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: TMV
宿主生物種: Nicotiana (ナス科) / 別称: PLANTAE(HIGHER PLANTS)
分子量実験値: 175 KDa / 理論値: 175 KDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: CP / 直径: 180 Å

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分子 #1: ssRNA

分子名称: ssRNA / タイプ: rna / ID: 1 / Name.synonym: RNA / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Tobacco mosaic virus (ウイルス) / 別称: TMV

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 50 mM KCl, 10 mM MgCl2
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: 3.5ul of TMV was added to R2/2 C-flat grid, blotted, then plunge frozen in liquid ethane
グリッド詳細: 400 mesh R2/2 c-flat grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 60 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Home made plunger
手法: Grids were blotted for around 2 seconds and then rapidly plunged into liquid ethane

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度平均: 78 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Corrected at 115,000 times
日付2009年2月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 104 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 121000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 90000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particle were selected using the helical option in boxer
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 1.408 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 22.04 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER, IMAGIC / 詳細: BPRP was used for reconstruction
CTF補正詳細: Each particle was fully CTF corrected
最終 角度割当詳細: 80-100 in theta and 0-22.04 in phi in 0.5 steps

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2om3

ソフトウェア名称: Chimera and Coot
詳細Protocol: Rigid body, real space. The PDB was initially fitted using chimera, the coordinates were then refined using Coot
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-2xea:
4.6 ANGSTROM CRYO-EM RECONSTRUCTION OF TOBACCO MOSAIC VIRUS FROM IMAGES RECORDED AT 300 KEV ON A 4KX4K CCD CAMERA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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