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万見
- EMDB-16826: Extended RPA-DNA nucleoprotein filament -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16826
タイトルExtended RPA-DNA nucleoprotein filament
マップデータ
試料
  • 複合体: RPA bound to a 100-mer poly-dT ssDNA
    • 複合体: RPA 1,2,3
      • タンパク質・ペプチド: Replication factor A
      • タンパク質・ペプチド: RPA32 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination
      • タンパク質・ペプチド: RPA14 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination
    • 複合体: poly dT
      • DNA: poly dT
  • リガンド: ZINC ION
キーワードDNA replication / single strand DNA-binding protein / RPA / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid binding / chromosome, telomeric region / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Replication factor A protein-like / Replication factor A, C-terminal / Replication factor-A C terminal domain / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Replication factor A / RPA14 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination / RPA32 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å
データ登録者Madru C / Martinez-Carranza M / Sauguet L
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: DNA-binding mechanism and evolution of replication protein A.
著者: Clément Madru / Markel Martínez-Carranza / Sébastien Laurent / Alessandra C Alberti / Maelenn Chevreuil / Bertrand Raynal / Ahmed Haouz / Rémy A Le Meur / Marc Delarue / Ghislaine Henneke ...著者: Clément Madru / Markel Martínez-Carranza / Sébastien Laurent / Alessandra C Alberti / Maelenn Chevreuil / Bertrand Raynal / Ahmed Haouz / Rémy A Le Meur / Marc Delarue / Ghislaine Henneke / Didier Flament / Mart Krupovic / Pierre Legrand / Ludovic Sauguet /
要旨: Replication Protein A (RPA) is a heterotrimeric single stranded DNA-binding protein with essential roles in DNA replication, recombination and repair. Little is known about the structure of RPA in ...Replication Protein A (RPA) is a heterotrimeric single stranded DNA-binding protein with essential roles in DNA replication, recombination and repair. Little is known about the structure of RPA in Archaea, the third domain of life. By using an integrative structural, biochemical and biophysical approach, we extensively characterize RPA from Pyrococcus abyssi in the presence and absence of DNA. The obtained X-ray and cryo-EM structures reveal that the trimerization core and interactions promoting RPA clustering on ssDNA are shared between archaea and eukaryotes. However, we also identified a helical domain named AROD (Acidic Rpa1 OB-binding Domain), and showed that, in Archaea, RPA forms an unanticipated tetrameric supercomplex in the absence of DNA. The four RPA molecules clustered within the tetramer could efficiently coat and protect stretches of ssDNA created by the advancing replisome. Finally, our results provide insights into the evolution of this primordial replication factor in eukaryotes.
履歴
登録2023年3月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月10日-
マップ公開2023年5月10日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16826.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16826.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.76 Å/pix.
x 400 pix.
= 304. Å		0.76 Å/pix.
x 400 pix.
= 304. Å		0.76 Å/pix.
x 400 pix.
= 304. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.76 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025
最小 - 最大-0.0737773 - 0.17127475
平均 (標準偏差)-0.00010581686 (±0.0049813963)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 304.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16826_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16826_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16826_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RPA bound to a 100-mer poly-dT ssDNA

全体名称: RPA bound to a 100-mer poly-dT ssDNA
要素
  • 複合体: RPA bound to a 100-mer poly-dT ssDNA
    • 複合体: RPA 1,2,3
      • タンパク質・ペプチド: Replication factor A
      • タンパク質・ペプチド: RPA32 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination
      • タンパク質・ペプチド: RPA14 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination
    • 複合体: poly dT
      • DNA: poly dT
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: RPA bound to a 100-mer poly-dT ssDNA

超分子名称: RPA bound to a 100-mer poly-dT ssDNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
分子量理論値: 180 KDa

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超分子 #2: RPA 1,2,3

超分子名称: RPA 1,2,3 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (古細菌)

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超分子 #3: poly dT

超分子名称: poly dT / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Replication factor A

分子名称: Replication factor A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (古細菌)
分子量理論値: 41.008965 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSVLTKDRII EIIERKTGMS REEIEEEIRK IMEEDPYLSE QGAAALLAER LGIDLIEKEE VSLMRISELY PGMDPREVNV VGRVLKKYP PREYTRKDGS VGRVASLIIY DDSGRARVVL WDAKVSEYYN KIEVGDVIKV LDAQVKESLS GLPELHINFR A RIILNPDD ...文字列:
MSVLTKDRII EIIERKTGMS REEIEEEIRK IMEEDPYLSE QGAAALLAER LGIDLIEKEE VSLMRISELY PGMDPREVNV VGRVLKKYP PREYTRKDGS VGRVASLIIY DDSGRARVVL WDAKVSEYYN KIEVGDVIKV LDAQVKESLS GLPELHINFR A RIILNPDD PRVEMIPPLE EVRVATYTRK KIKDIEAGDR FVEVRGTIAK VYRVLTYDAC PECKKKVDYD EGLGVWICPE HG EVQPIKM TILDFGLDDG TGYIRVTLFG DDAEELLGVS PEEIAEKIKE LEESGLTTKE AARKLAEDEF YNIIGREIVV RGN VIEDRF LGLILRASSW EDVDYRREIE RIKEELEKLG VM

UniProtKB: Replication factor A

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分子 #2: RPA32 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homolo...

分子名称: RPA32 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (古細菌)
分子量理論値: 31.489309 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSKKRMPATR LYIKDILEGY FVKSEGDFEP NYLITKYARK VYRAKIVGTV VREPLIAEDE TYGKFQVDDG TGVIWVLGFR DDTKFAKLV RKGDLVQVIG KIAEWRDDKQ ILVEGVSKVH PNMWILHRYE TLKEKIEHIK KAKIALEIYN QYGITAKSKV I AKNKGIEE ...文字列:
MSKKRMPATR LYIKDILEGY FVKSEGDFEP NYLITKYARK VYRAKIVGTV VREPLIAEDE TYGKFQVDDG TGVIWVLGFR DDTKFAKLV RKGDLVQVIG KIAEWRDDKQ ILVEGVSKVH PNMWILHRYE TLKEKIEHIK KAKIALEIYN QYGITAKSKV I AKNKGIEE ELLEVIDELY GIMMEERSIE EPMEELLEEE IPEEKEENEL LEKAKEDILN ILRQKRTAIS RKYILKKLGD KY DEETIDD AITELLAQGE IYEPETGYYK LL

UniProtKB: RPA32 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination

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分子 #3: RPA14 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homolo...

分子名称: RPA14 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (古細菌)
分子量理論値: 14.008925 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GTGDGSEVQV RRRKPAVERK ISEIREEDTR VSLIGRVIKV DKMDYMFWLD DGTGVAIIES ESDLPKVGQV VRVIGRIIRN EEGIHIYAE VIQDFSDADL EALEEIRELE RKLLPRLEGE IVW

UniProtKB: RPA14 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination

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分子 #4: poly dT

分子名称: poly dT / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 30.374275 KDa
配列文字列: (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT) ...文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析 #1

Image processing ID1
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Crystal structure published in the same study
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 34478
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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画像解析 #2

Image processing ID2
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Crystal structure published in the same study
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 34478
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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