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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13867 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the bacterial type VI secretion system effector RhsA. | ||||||||||||
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![]() | bacterial type VI secretion system / effector / Rhs repeats / TOXIN | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||
![]() | Guenther P / Quentin D | ||||||||||||
資金援助 | 3件
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![]() | ![]() タイトル: Structure of a bacterial Rhs effector exported by the type VI secretion system. 著者: Patrick Günther / Dennis Quentin / Shehryar Ahmad / Kartik Sachar / Christos Gatsogiannis / John C Whitney / Stefan Raunser / ![]() ![]() 要旨: The type VI secretion system (T6SS) is a widespread protein export apparatus found in Gram-negative bacteria. The majority of T6SSs deliver toxic effector proteins into competitor bacteria. Yet, the ...The type VI secretion system (T6SS) is a widespread protein export apparatus found in Gram-negative bacteria. The majority of T6SSs deliver toxic effector proteins into competitor bacteria. Yet, the structure, function, and activation of many of these effectors remains poorly understood. Here, we present the structures of the T6SS effector RhsA from Pseudomonas protegens and its cognate T6SS spike protein, VgrG1, at 3.3 Å resolution. The structures reveal that the rearrangement hotspot (Rhs) repeats of RhsA assemble into a closed anticlockwise β-barrel spiral similar to that found in bacterial insecticidal Tc toxins and in metazoan teneurin proteins. We find that the C-terminal toxin domain of RhsA is autoproteolytically cleaved but remains inside the Rhs 'cocoon' where, with the exception of three ordered structural elements, most of the toxin is disordered. The N-terminal 'plug' domain is unique to T6SS Rhs proteins and resembles a champagne cork that seals the Rhs cocoon at one end while also mediating interactions with VgrG1. Interestingly, this domain is also autoproteolytically cleaved inside the cocoon but remains associated with it. We propose that mechanical force is required to remove the cleaved part of the plug, resulting in the release of the toxin domain as it is delivered into a susceptible bacterial cell by the T6SS. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 85.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.9 KB 18.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 65.9 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 91.1 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 70.1 MB 70.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1006.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1006.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.91 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_13867_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_13867_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Structure of RhsA.
全体 | 名称: Structure of RhsA. |
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要素 |
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-超分子 #1: Structure of RhsA.
超分子 | 名称: Structure of RhsA. / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 164.91297 KDa |
-分子 #1: Rhs family protein
分子 | 名称: Rhs family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 159.719453 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SQDPSKTGAD KGLSNLCEGI ANALFPPSIQ ATIASGSKKV LTNNKPAARA AGIAPPTQIS GDGAEEGEAT DTPSATPEE GPGFLDMAKE FFSQMWRPTV ASPAPGSQTK ELDLVTCTKH PPMPVQYLAE GSEKVSIDGQ PAVRSGDRST C DAKVVSAG ...文字列: MGSSHHHHHH SQDPSKTGAD KGLSNLCEGI ANALFPPSIQ ATIASGSKKV LTNNKPAARA AGIAPPTQIS GDGAEEGEAT DTPSATPEE GPGFLDMAKE FFSQMWRPTV ASPAPGSQTK ELDLVTCTKH PPMPVQYLAE GSEKVSIDGQ PAVRSGDRST C DAKVVSAG PISPNVTIGG GSVVVREIRS GKTPGVGLAV TVLMMLKGGK GKFLSNLPCM LMAGVNSFVV SQATNALTQA VV ASTHPVH AATGAKVLGA DDDLDFTLPG LMPIEWQRFY NSRDERRDGL LGAGWSLPYE ISVQIEPHPE GGERLLYIDE QGR RIDMGS IALGAGAFSP GEGLSVRRNE NGQLLIESSD GIYRLFEPLP GDSSRLRLSL LGDRNDNRLH LEYDSSGRLW LLRD TFEQA QLELSYSTLW PGRIAQVERL YPDQQREVLV SYDYDAAGDL AQVRDSEGQV QRRFAYDAGH RMIEHQLATG LRCFY QWTQ FADQQWRVTR HWTDEGDSYQ YDYDLEAGIT QVTDSLQRLS RRRWNSQLQI VEYTDNLNQT WAFEWNDERQ LLSATD PLG GRYAYSYDET GNLIAETDPL GHSHSTLWLE HWSLPQTLTD PAGESWHLRY DPRGNCIAEV DPLGQVTQYR HDAHGQV VE IIDAAGRSRK MRWNSSGQLL EHLDCSGYPT RFEYDRRGNV KAIIDALGEH TRFHYDCQGR LLSSQLADGR AEHFQRSS N GQLQGYTDPS GYTTLYQYNR RGQIRQRIDA HGRQVRFDYD AYGRLLALTN ENGESYRFAW DAGNRLSEQQ DLDGSAKRY GYDLLNNVVE LQSHPAPYGT GLSAVPAQPI APIIHRFERD AVGRLLAKIT DDGRSQYTYD PLNQLTAASF TDNLGNQQAL SFSYDALGQ LLEEHTVAGS LIHRYDELGN LTQTQLPDKR WLNRLYYGSG HLHQINLDGQ VVSDFQRDRL HREVLRTQGQ I STRSEYDR CGRLRARLQH SSLLANTLPT APERHLEYDD SDNLVGLAER HATGQHRQLF HYDATGRIIA SQDGLQGQKE TF AYDAAAN LLDGPKAGAG LVVHNKLLTY QDKRYRYDAF GRMIEKRSGR RGVQRFAYDA EHRLIEVRNQ TSSGETLVRM RYD VLGRRI SKSEYDSQGN LLGETRFVWD GLRLLQEQRN QQTSLYVYED LGHAPLARVD GLGAQQKIRY YHNDLNGLPQ QLCE PDGHS VWQARYQVWG NTVEEIREPY YIEEQNLRFQ GQYLDRETGL HFNTFRFYDP DIGRFTTPDP IGLAGGLNLY QYAPN PIGW IDPLGWICKS AYSGRRGTTK AKADLERNGF TVVGEELTMK VKHPVTQKSY RIRADIIAKD KAGNYHVFEV KNGSGK LTK NQQGSGMFDM SNPANTNGGL GGGLIKPSGA TQGQFEVATK TARGTQFGGN GAQHSATFWL LRY UniProtKB: Rhs family protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | The sample was monodisperse. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 13090 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 61.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 50 |
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得られたモデル | ![]() PDB-7q97: |