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万見
- PDB-1pyh: Crystal structure of RC-LH1 core complex from Rhodopseudomonas pa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pyh
タイトルCrystal structure of RC-LH1 core complex from Rhodopseudomonas palustris
要素
  • (Light-harvesting protein B-800/850, ...) x 2
  • (Reaction center protein ...) x 3
キーワードPHOTOSYNTHESIS / bacterial photosynthetic core complex / integral membrane proteins / light harvesting complex / reaction centre
機能・相同性BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / :
機能・相同性情報
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Roszak, A.W. / Howard, T.D. / Southall, J. / Gardiner, A.T. / Law, C.J. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of the RC-LH1 core complex from Rhodopseudomonas palustris.
著者: Roszak, A.W. / Howard, T.D. / Southall, J. / Gardiner, A.T. / Law, C.J. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J.
履歴
登録2003年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 600heterogen A 19 carbon tail is missing from all the BCL ligands numbered 1-32
Remark 999sequence No suitable sequence database reference was available at the time of processing this structure.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reaction center protein L chain
B: Reaction center protein M chain
C: Reaction center protein H chain
D: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
E: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
F: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
G: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
H: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
I: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
J: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
K: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
L: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
M: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
N: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
O: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
P: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
Q: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
R: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
S: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
T: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
U: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
V: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
W: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
X: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
Y: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
Z: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
1: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
2: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
3: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
4: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
5: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
6: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
7: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
8: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,26571
ポリマ－144,43934
非ポリマー32,82537
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.037, 119.024, 130.432
Angle α, β, γ (deg.)69.32, 72.69, 66.52
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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Reaction center protein ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 23932.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: strain 2.1.6
#2: タンパク質 Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 25719.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: strain 2.1.6
#3: タンパク質 Reaction center protein H chain / Photosynthetic reaction center H subunit


分子量: 20528.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: strain 2.1.6

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Light-harvesting protein B-800/850, ... , 2種, 31分子 DFHJLNPRTVXZ1357EGIKMOQSUWY2468

#4: タンパク質・ペプチド
Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain / Antenna pigment protein / alpha chain


分子量: 2230.741 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: strain 2.1.6
#5: タンパク質・ペプチド
Light-harvesting protein B-800/850, beta chain / Antenna pigment protein / beta chain


分子量: 2571.161 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: strain 2.1.6

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非ポリマー , 3種, 37分子

#6: 化合物...
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#7: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン


分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6
#8: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 283 K / pH: 8.5
詳細: MMe PEG 2000, sucrose monocholate, magnesium chloride, spermidine, TRIS HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283-289K, pH 8.50
結晶化
*PLUS
温度: 10-16 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.5 %(w/v)sucrose monocholate1drop
21 %(w/v)spermidine1drop
310 mM1dropMgCl2
4100 mMTris-HCl1droppH8.5
58 %(w/v)PEG2000 MME1drop
616-25 %(w/v)PEG2000 MME1reservoir
720 mM1reservoirMgCl2
8100 mMTris-HCl1reservoirpH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.8→60 Å / Num. obs: 18334 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 1.1 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 228 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 4.8→4.97 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.721 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 83.4
反射
*PLUS
最高解像度: 4.8 Å / 最低解像度: 60 Å / Num. obs: 18335 / Num. measured all: 37214
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 4.8 Å / % possible obs: 83.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: REACTION CENTRE

解像度: 4.8→60 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.771 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.718 / SU B: 242.322 / SU ML: 3.026 / Isotropic thermal model: overall / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.756 / ESU R Free: 1.846 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.49131 944 5.1 %RANDOM
Rwork0.46745 ---
obs0.4687 17390 97.28 %-
all-17391 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 198.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.96 Å20.98 Å2-0.35 Å2
2--23.77 Å2-5.53 Å2
3----3.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.8→60 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8295 0 1805 0 10100
LS精密化 シェル解像度: 4.8→5.058 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.576 139
Rwork0.554 2279
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5.2.0000 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5.15 % / Rfactor Rfree: 0.484 / Rfactor Rwork: 0.463
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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