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- EMDB-13453: Cryo-EM structure of the agonist setmelanotide bound to the activ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13453
タイトルCryo-EM structure of the agonist setmelanotide bound to the active melanocortin-4 receptor (MC4R) in complex with the heterotrimeric Gs protein at 2.6 A resolution.
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of setmelanotide-activated melanocortin 4 receptor with heterotrimeric Gs, further stabilized by addition of nanobody 35
    • タンパク質・ペプチド: Melanocortin receptor 4
    • タンパク質・ペプチド: Setmelanotide (other names RM-493; BIM-22493; IRC-022493; Imcivree)
    • タンパク質・ペプチド: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Camelid antibody fragment - nanobody 35
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of eating behavior / melanocyte-stimulating hormone receptor activity / response to melanocyte-stimulating hormone / melanocortin receptor activity / regulation of grooming behavior / energy reserve metabolic process / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor ...regulation of eating behavior / melanocyte-stimulating hormone receptor activity / response to melanocyte-stimulating hormone / melanocortin receptor activity / regulation of grooming behavior / energy reserve metabolic process / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / regulation of metabolic process / feeding behavior / neuropeptide binding / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (q) signalling events / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Glucagon-type ligand receptors / G alpha (i) signalling events / insulin secretion / G alpha (12/13) signalling events / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Ca2+ pathway / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (z) signalling events / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / spectrin binding / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / negative regulation of feeding behavior / diet induced thermogenesis / PKA activation in glucagon signalling / peptide hormone binding / hair follicle placode formation / developmental growth / photoreceptor outer segment / D1 dopamine receptor binding / intracellular transport / positive regulation of bone resorption / renal water homeostasis / Hedgehog 'off' state / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / activation of adenylate cyclase activity / cardiac muscle cell apoptotic process / cellular response to glucagon stimulus / adenylate cyclase activator activity / regulation of insulin secretion / photoreceptor inner segment / Peptide ligand-binding receptors / trans-Golgi network membrane / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / response to insulin / bone development / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein activity / platelet aggregation / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / cognition / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / cellular response to catecholamine stimulus / sensory perception of taste / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus
類似検索 - 分子機能
Melanocortin 4 receptor / Melanocortin receptor 3-5 / Melanocortin/ACTH receptor / G-protein alpha subunit, group S / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit ...Melanocortin 4 receptor / Melanocortin receptor 3-5 / Melanocortin/ACTH receptor / G-protein alpha subunit, group S / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Melanocortin receptor 4 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物) / Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Bos taurus (ウシ) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Heyder NA / Schmidt A / Kleinau G / Hilal T / Scheerer P
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)CRC1423, project number 421152132, subprojects A01, A05, Z03, B02, C01, Z04 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC1365, project number 394046635, subproject A03 ドイツ
German Research Foundation (DFG)Excellence Strategies - EXC2008/1 (UniSysCat) - 390540038 ドイツ
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2021
タイトル: Structures of active melanocortin-4 receptor-Gs-protein complexes with NDP-α-MSH and setmelanotide.
著者: Nicolas A Heyder / Gunnar Kleinau / David Speck / Andrea Schmidt / Sarah Paisdzior / Michal Szczepek / Brian Bauer / Anja Koch / Monique Gallandi / Dennis Kwiatkowski / Jörg Bürger / ...著者: Nicolas A Heyder / Gunnar Kleinau / David Speck / Andrea Schmidt / Sarah Paisdzior / Michal Szczepek / Brian Bauer / Anja Koch / Monique Gallandi / Dennis Kwiatkowski / Jörg Bürger / Thorsten Mielke / Annette G Beck-Sickinger / Peter W Hildebrand / Christian M T Spahn / Daniel Hilger / Magdalena Schacherl / Heike Biebermann / Tarek Hilal / Peter Kühnen / Brian K Kobilka / Patrick Scheerer /
要旨: The melanocortin-4 receptor (MC4R), a hypothalamic master regulator of energy homeostasis and appetite, is a class A G-protein-coupled receptor and a prime target for the pharmacological treatment of ...The melanocortin-4 receptor (MC4R), a hypothalamic master regulator of energy homeostasis and appetite, is a class A G-protein-coupled receptor and a prime target for the pharmacological treatment of obesity. Here, we present cryo-electron microscopy structures of MC4R-Gs-protein complexes with two drugs recently approved by the FDA, the peptide agonists NDP-α-MSH and setmelanotide, with 2.9 Å and 2.6 Å resolution. Together with signaling data from structure-derived MC4R mutants, the complex structures reveal the agonist-induced origin of transmembrane helix (TM) 6-regulated receptor activation. The ligand-binding modes of NDP-α-MSH, a high-affinity linear variant of the endogenous agonist α-MSH, and setmelanotide, a cyclic anti-obesity drug with biased signaling toward Gq/11, underline the key role of TM3 in ligand-specific interactions and of calcium ion as a ligand-adaptable cofactor. The agonist-specific TM3 interplay subsequently impacts receptor-Gs-protein interfaces at intracellular loop 2, which also regulates the G-protein coupling profile of this promiscuous receptor. Finally, our structures reveal mechanistic details of MC4R activation/inhibition, and provide important insights into the regulation of the receptor signaling profile which will facilitate the development of tailored anti-obesity drugs.
履歴
登録2021年8月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月17日-
マップ公開2021年11月17日-
更新2021年11月17日-
現状2021年11月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7piu
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13453.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13453.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 280 pix.
= 232.96 Å		0.83 Å/pix.
x 280 pix.
= 232.96 Å		0.83 Å/pix.
x 280 pix.
= 232.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.027 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.13141277 - 0.2921091
平均 (標準偏差)0.00026127626 (±0.005755785)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 232.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8320.8320.832
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z232.960232.960232.960
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ470470470
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.1310.2920.000

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_13453_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of setmelanotide-activated melanocortin 4 recepto...

全体名称: Ternary complex of setmelanotide-activated melanocortin 4 receptor with heterotrimeric Gs, further stabilized by addition of nanobody 35
要素
  • 複合体: Ternary complex of setmelanotide-activated melanocortin 4 receptor with heterotrimeric Gs, further stabilized by addition of nanobody 35
    • タンパク質・ペプチド: Melanocortin receptor 4
    • タンパク質・ペプチド: Setmelanotide (other names RM-493; BIM-22493; IRC-022493; Imcivree)
    • タンパク質・ペプチド: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Camelid antibody fragment - nanobody 35
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Ternary complex of setmelanotide-activated melanocortin 4 recepto...

超分子名称: Ternary complex of setmelanotide-activated melanocortin 4 receptor with heterotrimeric Gs, further stabilized by addition of nanobody 35
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量実験値: 144.1 kDa/nm

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分子 #1: Melanocortin receptor 4

分子名称: Melanocortin receptor 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.69852 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列: DYKDDDDKMV NSTHRGMHTS LHLWNRSSYR LHSNASESLG KGYSDGGCYE QLFVSPEVFV TLGVISLLEN ILVIVAIAKN KNLHSPMYF FICSLAVADM LVSVSNGSET IVITLLNSTD TDAQSFTVNI DNVIDSVICS SLLASICSLL SIAVDRYFTI F YALQYHNI ...文字列:
DYKDDDDKMV NSTHRGMHTS LHLWNRSSYR LHSNASESLG KGYSDGGCYE QLFVSPEVFV TLGVISLLEN ILVIVAIAKN KNLHSPMYF FICSLAVADM LVSVSNGSET IVITLLNSTD TDAQSFTVNI DNVIDSVICS SLLASICSLL SIAVDRYFTI F YALQYHNI MTVKRVGIII SCIWAACTVS GILFIIYSDS SAVIICLITM FFTMLALMAS LYVHMFLMAR LHIKRIAVLP GT GAIRQGA NMKGAITLTI LIGVFVVCWA PFFLHLIFYI SCPQNPYCVC FMSHFNLYLI LIMCNSIIDP LIYALRSQEL RKT FKEIIC CYPLGGLCDL SSRYLEVLFQ

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分子 #2: Setmelanotide (other names RM-493; BIM-22493; IRC-022493; Imcivree)

分子名称: Setmelanotide (other names RM-493; BIM-22493; IRC-022493; Imcivree)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 1.081297 KDa
配列文字列:
RC(DAL)H(DPN)RWC

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分子 #3: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit...

分子名称: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.32616 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKSTIVKQM RILHVNGFNG DSEKATKVQD IKNNLKEAI ETIVAAMSNL VPPVELANPE NQFRVDYILS VMNVPDFDFP PEFYEHAKAL WEDEGVRACY ERSNEYQLID C AQYFLDKI ...文字列:
MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKSTIVKQM RILHVNGFNG DSEKATKVQD IKNNLKEAI ETIVAAMSNL VPPVELANPE NQFRVDYILS VMNVPDFDFP PEFYEHAKAL WEDEGVRACY ERSNEYQLID C AQYFLDKI DVIKQADYVP SDQDLLRCRV LTSGIFETKF QVDKVNFHMF DVGGQRDERR KWIQCFNDVT AIIFVVASSS YN MVIREDN QTNRLQEALN LFKSIWNNRW LRTISVILFL NKQDLLAEKV LAGKSKIEDY FPEFARYTTP EDATPEPGED PRV TRAKYF IRDEFLRIST ASGDGRHYCY PHFTCAVDTE NIRRVFNDCR DIIQRMHLRQ YELL

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分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 37.728152 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GPGSSGSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDS YTTNKVHAIP LRSSWVMTCA YAPSGNYVAC GGLDNICSIY NLKTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD N QIVTSSGD ...文字列:
GPGSSGSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDS YTTNKVHAIP LRSSWVMTCA YAPSGNYVAC GGLDNICSIY NLKTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD N QIVTSSGD TTCALWDIET GQQTTTFTGH TGDVMSLSLA PDTRLFVSGA CDASAKLWDV REGMCRQTFT GHESDINAIC FF PNGNAFA TGSDDATCRL FDLRADQELM TYSHDNIICG ITSVSFSKSG RLLLAGYDDF NCNVWDALKA DRAGVLAGHD NRV SCLGVT DDGMAVATGS WDSFLKIWN

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分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

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分子 #6: Camelid antibody fragment - nanobody 35

分子名称: Camelid antibody fragment - nanobody 35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 14.71432 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS NYKMNWVRQA PGKGLEWVSD ISQSGASISY TGSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNSLKPE DTAVYYCARC PAPFTRDCFD VTSTTYAYRG QGTQVTVSSH HHHHH

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分子 #7: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #8: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 88 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClSodium chloride
0.001 mMC49H68N18O9S2Setmelanotide
0.025 mMC9H15O6Ptris(2-carboxyethyl)phosphine
0.00075 %C47H88O222,2-didecylpropane-1,3-bis-beta-D-maltopyranoside
0.00025 %C56H92O25GDN101
1.0 mMCaCl2Calcium chloride
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7583 / 平均露光時間: 40.78 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4330500
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / ソフトウェア - 詳細: PATCH CTF
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 使用した粒子像数: 370621
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7piv

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7piu:
Cryo-EM structure of the agonist setmelanotide bound to the active melanocortin-4 receptor (MC4R) in complex with the heterotrimeric Gs protein at 2.6 A resolution.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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