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- EMDB-13155: Cryo-EM density of full-length rXKR9 in complex with a sybody at 3.66A -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13155
タイトルCryo-EM density of full-length rXKR9 in complex with a sybody at 3.66A
マップデータ
試料
  • 複合体: rXKR9 with sybody
    • 複合体: rXKR9
      • タンパク質・ペプチド: XK-related protein
    • 複合体: Sybody
      • タンパク質・ペプチド: Sybody
  • リガンド: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
機能・相同性XK-related protein / XK-related protein / phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / engulfment of apoptotic cell / apoptotic process involved in development / membrane => GO:0016020 / membrane / plasma membrane / XK-related protein
機能・相同性情報
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.66 Å
データ登録者Straub MS / Sawicka M / Dutzler R
資金援助 スイス, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)339116 スイス
University of ZurichFK-20-040 スイス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structures of the caspase-activated protein XKR9 involved in apoptotic lipid scrambling.
著者: Monique S Straub / Carolina Alvadia / Marta Sawicka / Raimund Dutzler /
要旨: The exposure of the negatively charged lipid phosphatidylserine on the cell surface, catalyzed by lipid scramblases, is an important signal for the clearance of apoptotic cells by macrophages. The ...The exposure of the negatively charged lipid phosphatidylserine on the cell surface, catalyzed by lipid scramblases, is an important signal for the clearance of apoptotic cells by macrophages. The protein XKR9 is a member of a conserved family that has been associated with apoptotic lipid scrambling. Here, we describe structures of full-length and caspase-treated XKR9 from in complex with a synthetic nanobody determined by cryo-electron microscopy. The 43 kDa monomeric membrane protein can be divided into two structurally related repeats, each containing four membrane-spanning segments and a helix that is partly inserted into the lipid bilayer. In the full-length protein, the C-terminus interacts with a hydrophobic pocket located at the intracellular side acting as an inhibitor of protein function. Cleavage by caspase-3 at a specific site releases 16 residues of the C-terminus, thus making the pocket accessible to the cytoplasm. Collectively, the work has revealed the unknown architecture of the XKR family and has provided initial insight into its activation by caspases.
履歴
登録2021年7月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月28日-
マップ公開2021年7月28日-
更新2021年8月25日-
現状2021年8月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.394
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.394
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7p14
  • 表面レベル: 0.394
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13155.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13155.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.302 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.394 / ムービー #1: 0.394
最小 - 最大-2.0259788 - 2.7515767
平均 (標準偏差)0.0020019056 (±0.04601012)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 234.36002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3021.3021.302
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z234.360234.360234.360
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ332332332
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-2.0262.7520.002

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13155_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_13155_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_13155_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : rXKR9 with sybody

全体名称: rXKR9 with sybody
要素
  • 複合体: rXKR9 with sybody
    • 複合体: rXKR9
      • タンパク質・ペプチド: XK-related protein
    • 複合体: Sybody
      • タンパク質・ペプチド: Sybody
  • リガンド: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine

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超分子 #1: rXKR9 with sybody

超分子名称: rXKR9 with sybody / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17 KDa

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超分子 #2: rXKR9

超分子名称: rXKR9 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Sybody

超分子名称: Sybody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)

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分子 #1: XK-related protein

分子名称: XK-related protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 43.563059 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKYTICNFMM SVLGIIIYVT DLVADIVLTV RYFYDGQYVF GVLTLSFVLC GTLIVHCFSY SWLKDDLKKA GGENEHYFLL LHCLQGGVF TRYWFVLRTG YHVVFKHSHR TSNFMEEQTD PHKEAIDMAT DLSMLRLFET YLEGCPQLIL QLYAFLERGQ A NFSQYMVI ...文字列:
MKYTICNFMM SVLGIIIYVT DLVADIVLTV RYFYDGQYVF GVLTLSFVLC GTLIVHCFSY SWLKDDLKKA GGENEHYFLL LHCLQGGVF TRYWFVLRTG YHVVFKHSHR TSNFMEEQTD PHKEAIDMAT DLSMLRLFET YLEGCPQLIL QLYAFLERGQ A NFSQYMVI MVSCCAISWS TVDYQIALRK SLPDKNLLRG FWPKLTYLFY KLFTLLSWML SVVLLLFVDV RTVLLLLLFL WT VGFIWAF INHTQFCNSL SMEFLYRLVV GFILVFTFFN IKGQNTKCPM SCYYTVRVLG TLGILTVFWI YPLSIFNSDY FIP ISATIV LSLLFGIIFL GVYYGTYHPN INAGTQHDEP DGKAPQRDCR IRYFLMDA

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分子 #2: Sybody

分子名称: Sybody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 13.675293 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
配列文字列:
SQVQLVESGG GSVQAGGSLR LSCAASGNIA DIYYLGWFRQ APGKEREGVA ALITYNGRTY YADSVKGRFT VSLDNAKNTV YLQMNSLKP EDTALYYCAA AYNGLIAAPL KVTRYWYWGQ GTQVTVS

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分子 #3: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE

分子名称: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: PLC
分子量理論値: 622.834 Da
Chemical component information

ChemComp-PLC:
DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / リン脂質*YM

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分子 #4: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phospho...

分子名称: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: P5S
分子量理論値: 792.075 Da
Chemical component information

ChemComp-P5S:
O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMNaClsodium chloride
25.0 mMHEPESHEPES
0.01 %LMNGLauryl Maltose Neopentyl Glycol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 12396 / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 使用した粒子像数: 866439
初期 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7p14:
Structure of full-length rXKR9 in complex with a sybody at 3.66A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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