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- EMDB-13155: Cryo-EM density of full-length rXKR9 in complex with a sybody at 3.66A -
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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13155 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM density of full-length rXKR9 in complex with a sybody at 3.66A | |||||||||
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機能・相同性 | XK-related protein / XK-related protein / phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / engulfment of apoptotic cell / apoptotic process involved in development / membrane => GO:0016020 / membrane / plasma membrane / XK-related protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.66 Å | |||||||||
![]() | Straub MS / Sawicka M / Dutzler R | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of the caspase-activated protein XKR9 involved in apoptotic lipid scrambling. 著者: Monique S Straub / Carolina Alvadia / Marta Sawicka / Raimund Dutzler / ![]() 要旨: The exposure of the negatively charged lipid phosphatidylserine on the cell surface, catalyzed by lipid scramblases, is an important signal for the clearance of apoptotic cells by macrophages. The ...The exposure of the negatively charged lipid phosphatidylserine on the cell surface, catalyzed by lipid scramblases, is an important signal for the clearance of apoptotic cells by macrophages. The protein XKR9 is a member of a conserved family that has been associated with apoptotic lipid scrambling. Here, we describe structures of full-length and caspase-treated XKR9 from in complex with a synthetic nanobody determined by cryo-electron microscopy. The 43 kDa monomeric membrane protein can be divided into two structurally related repeats, each containing four membrane-spanning segments and a helix that is partly inserted into the lipid bilayer. In the full-length protein, the C-terminus interacts with a hydrophobic pocket located at the intracellular side acting as an inhibitor of protein function. Cleavage by caspase-3 at a specific site releases 16 residues of the C-terminus, thus making the pocket accessible to the cytoplasm. Collectively, the work has revealed the unknown architecture of the XKR family and has provided initial insight into its activation by caspases. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 21 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.6 KB 19.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 383.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 22.2 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 20.6 MB 20.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.302 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_13155_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_13155_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : rXKR9 with sybody
全体 | 名称: rXKR9 with sybody |
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要素 |
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-超分子 #1: rXKR9 with sybody
超分子 | 名称: rXKR9 with sybody / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 17 KDa |
-超分子 #2: rXKR9
超分子 | 名称: rXKR9 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: Sybody
超分子 | 名称: Sybody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: XK-related protein
分子 | 名称: XK-related protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 43.563059 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MKYTICNFMM SVLGIIIYVT DLVADIVLTV RYFYDGQYVF GVLTLSFVLC GTLIVHCFSY SWLKDDLKKA GGENEHYFLL LHCLQGGVF TRYWFVLRTG YHVVFKHSHR TSNFMEEQTD PHKEAIDMAT DLSMLRLFET YLEGCPQLIL QLYAFLERGQ A NFSQYMVI ...文字列: MKYTICNFMM SVLGIIIYVT DLVADIVLTV RYFYDGQYVF GVLTLSFVLC GTLIVHCFSY SWLKDDLKKA GGENEHYFLL LHCLQGGVF TRYWFVLRTG YHVVFKHSHR TSNFMEEQTD PHKEAIDMAT DLSMLRLFET YLEGCPQLIL QLYAFLERGQ A NFSQYMVI MVSCCAISWS TVDYQIALRK SLPDKNLLRG FWPKLTYLFY KLFTLLSWML SVVLLLFVDV RTVLLLLLFL WT VGFIWAF INHTQFCNSL SMEFLYRLVV GFILVFTFFN IKGQNTKCPM SCYYTVRVLG TLGILTVFWI YPLSIFNSDY FIP ISATIV LSLLFGIIFL GVYYGTYHPN INAGTQHDEP DGKAPQRDCR IRYFLMDA |
-分子 #2: Sybody
分子 | 名称: Sybody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 13.675293 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SQVQLVESGG GSVQAGGSLR LSCAASGNIA DIYYLGWFRQ APGKEREGVA ALITYNGRTY YADSVKGRFT VSLDNAKNTV YLQMNSLKP EDTALYYCAA AYNGLIAAPL KVTRYWYWGQ GTQVTVS |
-分子 #3: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
分子 | 名称: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: PLC |
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分子量 | 理論値: 622.834 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PLC: |
-分子 #4: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phospho...
分子 | 名称: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: P5S |
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分子量 | 理論値: 792.075 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-P5S: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 12396 / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | ![]() PDB-7p14: |