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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13089 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | major seeded in vitro fibril morphology from murine SAA1.1 protein | |||||||||||||||||||||
マップデータ | Masked post-processed density map of the reconstructed murine SAA1.1 fibril | |||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | systemic amyloidosis / seeded / misfolding disease / inflammation / prion / protein fibril | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | Serum amyloid A protein / Serum amyloid A protein / Serum amyloid A proteins signature. / Serum amyloid A proteins / response to stilbenoid / high-density lipoprotein particle / acute-phase response / Serum amyloid A-2 protein 機能・相同性情報 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.69 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Heerde T / Schmidt M | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 6件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM demonstrates the in vitro proliferation of an ex vivo amyloid fibril morphology by seeding. 著者: Thomas Heerde / Matthies Rennegarbe / Alexander Biedermann / Dilan Savran / Peter B Pfeiffer / Manuel Hitzenberger / Julian Baur / Ioana Puscalau-Girtu / Martin Zacharias / Nadine Schwierz / ...著者: Thomas Heerde / Matthies Rennegarbe / Alexander Biedermann / Dilan Savran / Peter B Pfeiffer / Manuel Hitzenberger / Julian Baur / Ioana Puscalau-Girtu / Martin Zacharias / Nadine Schwierz / Christian Haupt / Matthias Schmidt / Marcus Fändrich / 要旨: Several studies showed that seeding of solutions of monomeric fibril proteins with ex vivo amyloid fibrils accelerated the kinetics of fibril formation in vitro but did not necessarily replicate the ...Several studies showed that seeding of solutions of monomeric fibril proteins with ex vivo amyloid fibrils accelerated the kinetics of fibril formation in vitro but did not necessarily replicate the seed structure. In this research we use cryo-electron microscopy and other methods to analyze the ability of serum amyloid A (SAA)1.1-derived amyloid fibrils, purified from systemic AA amyloidosis tissue, to seed solutions of recombinant SAA1.1 protein. We show that 98% of the seeded fibrils remodel the full fibril structure of the main ex vivo fibril morphology, which we used for seeding, while they are notably different from unseeded in vitro fibrils. The seeded fibrils show a similar proteinase K resistance as ex vivo fibrils and are substantially more stable to proteolytic digestion than unseeded in vitro fibrils. Our data support the view that the fibril morphology contributes to determining proteolytic stability and that pathogenic amyloid fibrils arise from proteolytic selection. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13089.map.gz | 5.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13089-v30.xml emd-13089.xml | 17.4 KB 17.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13089_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13089.png | 51.9 KB | ||
マスクデータ | emd_13089_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-13089.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_13089_half_map_1.map.gz emd_13089_half_map_2.map.gz | 80.4 MB 80.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13089 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13089 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13089_validation.pdf.gz | 694.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13089_full_validation.pdf.gz | 694.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13089_validation.xml.gz | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13089_validation.cif.gz | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13089 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13089 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13089.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Masked post-processed density map of the reconstructed murine SAA1.1 fibril | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_13089_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Second half map of the reconstructed fibril
ファイル | emd_13089_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Second half map of the reconstructed fibril | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: First half map of the reconstructed fibril
ファイル | emd_13089_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | First half map of the reconstructed fibril | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Murine serum amyloid A1 (SAA1) amyloid fibril
全体 | 名称: Murine serum amyloid A1 (SAA1) amyloid fibril |
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要素 |
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-超分子 #1: Murine serum amyloid A1 (SAA1) amyloid fibril
超分子 | 名称: Murine serum amyloid A1 (SAA1) amyloid fibril / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: in vitro murine SAA amyloid fibril morphology i; Seeded with ex vivo material |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Serum amyloid A-2 protein
分子 | 名称: Serum amyloid A-2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: amyloid fibril / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 11.622629 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GFFSFIGEAF QGAGDMWRAY TDMKEAGWKD GDKYFHARGN YDAAQRGPGG VWAAEKISDA RESFQEFFGR GHEDTMADQE ANRHGRSGK DPNYYRPPGL PAKY UniProtKB: Serum amyloid A-2 protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8.5 / 構成要素 - 濃度: 10.0 mM / 構成要素 - 式: (HOCH2)3CNH2 / 構成要素 - 名称: Tris(hydroxymethyl)aminomethane / 詳細: 10mM Tris(hydroxymethyl)aminomethane (Tris) |
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 96 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-7ovt: |