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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2c3n | ||||||
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タイトル | Human glutathione-S-transferase T1-1, apo form | ||||||
要素 | GLUTATHIONE S-TRANSFERASE THETA 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / GLUTATHIONE (グルタチオン) / GLUTATHIONE TRANSFERASE (グルタチオン-S-トランスフェラーゼ) / T1-1 / POLYMORPHISM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 薬物代謝 / Paracetamol ADME / glutathione peroxidase activity / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / extracellular exosome / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Tars, K. / Larsson, A.-K. / Shokeer, A. / Olin, B. / Mannervik, B. / Kleywegt, G.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: Structural Basis of the Suppressed Catalytic Activity of Wild-Type Human Glutathione Transferase T1-1 Compared to its W234R Mutant. 著者: Tars, K. / Larsson, A.-K. / Shokeer, A. / Olin, B. / Mannervik, B. / Kleywegt, G.J. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2c3n.cif.gz | 212.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2c3n.ent.gz | 171.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2c3n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/2c3n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/2c3n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28329.084 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-BLUE 参照: UniProt: P30711, グルタチオン-S-トランスフェラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-IOD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | CONJUGATES | 配列の詳細 | 6XHIS TAG ADDED TO THE N-TERMINUS OF PROTEIN | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.68 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION TECHINQUE; 5 MICROLITRES OF RESERVOIR SOLUTION [35% (V/V) PEG 3350,200 MM MG(NO3)2, 200MM NAI, 2 MM DTT] WAS MIXED WITH 5 MICROLITRES OF PROTEIN SOLUTION (10 ...詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION TECHINQUE; 5 MICROLITRES OF RESERVOIR SOLUTION [35% (V/V) PEG 3350,200 MM MG(NO3)2, 200MM NAI, 2 MM DTT] WAS MIXED WITH 5 MICROLITRES OF PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML IN 10 MM TRIS-HCL PH 7.8, 15 % GLYCEROL) AND 1 MICROLITRE OF 100 MM CACL2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.94 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.94 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.51→30 Å / Num. obs: 161402 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 20.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.51→1.54 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1LJR 解像度: 1.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 1.584 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE N-TERMINAL 6XHIS TAG AND THE FOLLOWING METHIONINE IS DISORDERED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.22 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å
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拘束条件 |
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