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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12994 | |||||||||
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タイトル | Structure of the U2 5' module of the A3'-SSA complex | |||||||||
マップデータ | The U2 5' module of the A3'-SSA complex (tight mask) | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 U11/U12 snRNP / B-WICH complex / splicing factor binding / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type prespliceosome assembly / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U2 snRNP ...U11/U12 snRNP / B-WICH complex / splicing factor binding / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type prespliceosome assembly / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U2 snRNP / SAGA complex / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / spliceosomal complex assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / regulation of RNA splicing / mRNA 3'-splice site recognition / U2 snRNA binding / regulation of DNA repair / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / negative regulation of protein catabolic process / stem cell differentiation / spliceosomal complex / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / positive regulation of neuron projection development / nuclear matrix / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / chromatin remodeling / nuclear speck / mRNA binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / unidentified adenovirus (ウイルス) / Human (ヒト) / human (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Cretu C / Pena V | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural basis of intron selection by U2 snRNP in the presence of covalent inhibitors. 著者: Constantin Cretu / Patricia Gee / Xiang Liu / Anant Agrawal / Tuong-Vi Nguyen / Arun K Ghosh / Andrew Cook / Melissa Jurica / Nicholas A Larsen / Vladimir Pena / 要旨: Intron selection during the formation of prespliceosomes is a critical event in pre-mRNA splicing. Chemical modulation of intron selection has emerged as a route for cancer therapy. Splicing ...Intron selection during the formation of prespliceosomes is a critical event in pre-mRNA splicing. Chemical modulation of intron selection has emerged as a route for cancer therapy. Splicing modulators alter the splicing patterns in cells by binding to the U2 snRNP (small nuclear ribonucleoprotein)-a complex chaperoning the selection of branch and 3' splice sites. Here we report crystal structures of the SF3B module of the U2 snRNP in complex with spliceostatin and sudemycin FR901464 analogs, and the cryo-electron microscopy structure of a cross-exon prespliceosome-like complex arrested with spliceostatin A. The structures reveal how modulators inactivate the branch site in a sequence-dependent manner and stall an E-to-A prespliceosome intermediate by covalent coupling to a nucleophilic zinc finger belonging to the SF3B subunit PHF5A. These findings support a mechanism of intron recognition by the U2 snRNP as a toehold-mediated strand invasion and advance an unanticipated drug targeting concept. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12994.map.gz | 337.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12994-v30.xml emd-12994.xml | 40.1 KB 40.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12994_fsc.xml | 16.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12994.png | 39.5 KB | ||
マスクデータ | emd_12994_msk_1.map | 421.9 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_12994_additional_1.map.gz emd_12994_additional_2.map.gz emd_12994_additional_3.map.gz emd_12994_half_map_1.map.gz emd_12994_half_map_2.map.gz | 3.5 MB 334.4 MB 335.5 MB 337.2 MB 338.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12994 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12994 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12994_validation.pdf.gz | 402.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12994_full_validation.pdf.gz | 402 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12994_validation.xml.gz | 24 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12994_validation.cif.gz | 31.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12994 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12994 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12994.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The U2 5' module of the A3'-SSA complex (tight mask) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_12994_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Locally scaled/sharpened density of the U2 5' module
ファイル | emd_12994_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Locally scaled/sharpened density of the U2 5' module | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: U2 5' module's unsharpened density map (tight mask)
ファイル | emd_12994_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | U2 5' module's unsharpened density map (tight mask) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: U2 5' module's unsharpened density map (loose mask)
ファイル | emd_12994_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | U2 5' module's unsharpened density map (loose mask) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_12994_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_12994_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : The U2 5' module of the A3'-SSA complex
+超分子 #1: The U2 5' module of the A3'-SSA complex
+超分子 #2: The U2 5' module of the A3'-SSA complex
+超分子 #3: MINX
+分子 #1: Splicing factor 3B subunit 3
+分子 #2: Splicing factor 3B subunit 5
+分子 #3: Splicing factor 3B subunit 1
+分子 #4: PHD finger-like domain-containing protein 5A
+分子 #5: UNK
+分子 #8: Splicing factor 3B subunit 2
+分子 #9: Splicing factor 3A subunit 2
+分子 #10: Splicing factor 3A subunit 3
+分子 #11: Splicing factor 3B subunit 4
+分子 #6: MINX
+分子 #7: RNU2
+分子 #12: spliceostatin A (form II)
+分子 #13: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.24 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.9 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: The A3'-SSA complex was frozen in vitreous ice by applying ~2.2 uL crosslinked sample to both sides of a glow-discharged UltrAufoil R1.2/1.3 gold grid. The excess sample was blotted away for ...詳細: The A3'-SSA complex was frozen in vitreous ice by applying ~2.2 uL crosslinked sample to both sides of a glow-discharged UltrAufoil R1.2/1.3 gold grid. The excess sample was blotted away for 2s using a blot force of 7 and the grid was snap frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10494 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 41.41 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 81000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |