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- PDB-4hhh: Structure of Pisum sativum Rubisco -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hhh
タイトルStructure of Pisum sativum Rubisco
要素
  • Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
  • Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
キーワードLYASE / rubisco / ribulose-1 / 5-bisphosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / chloroplast / monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain ...Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RIBULOSE-1,5-DIPHOSPHATE / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 3
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Loewen, P.C. / Didychuk, A.L. / Switala, J. / Loewen, M.C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Structure of Pisum sativum Rubisco with bound ribulose 1,5-bisphosphate.
著者: Loewen, P.C. / Didychuk, A.L. / Switala, J. / Perez-Luque, R. / Fita, I. / Loewen, M.C.
履歴
登録2012年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Database references
改定 1.22013年1月23日Group: Database references
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
B: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
C: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
D: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
S: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
T: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
U: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
V: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)271,36912
ポリマ－270,1288
非ポリマー1,2404
水14,214789
1
A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
B: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
C: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
D: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
S: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
T: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
U: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
V: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
ヘテロ分子

A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
B: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
C: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
D: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
S: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
T: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
U: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
V: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)542,73724
ポリマ－540,25716
非ポリマー2,4818
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area111960 Å2
ΔGint-448 kcal/mol
Surface area118930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.790, 109.950, 201.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D
17S
27T
18S
28U
19S
29V
110T
210U
111T
211V
112U
212V

NCSドメイン領域:

Refine code: _

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLYGLYPHEPHEAA12 - 46912 - 469
221GLYGLYPHEPHEBB12 - 46912 - 469
112GLYGLYPHEPHEAA12 - 46912 - 469
222GLYGLYPHEPHECC12 - 46912 - 469
113GLYGLYPHEPHEAA12 - 46912 - 469
223GLYGLYPHEPHEDD12 - 46912 - 469
114GLYGLYPHEPHEBB12 - 46912 - 469
224GLYGLYPHEPHECC12 - 46912 - 469
115GLYGLYPHEPHEBB12 - 46912 - 469
225GLYGLYPHEPHEDD12 - 46912 - 469
116GLYGLYPHEPHECC12 - 46912 - 469
226GLYGLYPHEPHEDD12 - 46912 - 469
117METMETTYRTYRSE1 - 1231 - 123
227METMETTYRTYRTF1 - 1231 - 123
118METMETTYRTYRSE1 - 1231 - 123
228METMETTYRTYRUG1 - 1231 - 123
119METMETTYRTYRSE1 - 1231 - 123
229METMETTYRTYRVH1 - 1231 - 123
1110METMETTYRTYRTF1 - 1231 - 123
2210METMETTYRTYRUG1 - 1231 - 123
1111METMETTYRTYRTF1 - 1231 - 123
2211METMETTYRTYRVH1 - 1231 - 123
1112METMETTYRTYRUG1 - 1231 - 123
2212METMETTYRTYRVH1 - 1231 - 123

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

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要素

#1: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / RuBisCO large subunit


分子量: 52831.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 組織: leaf / 参照: UniProt: P04717, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase small chain


分子量: 14700.099 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 組織: leaf / 参照: UniProt: P07689*PLUS
#3: 糖
ChemComp-RUB / RIBULOSE-1,5-DIPHOSPHATE / リブロ-ス1,5-ビスりん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 310.090 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H12O11P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 789 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% PEG6000, 0.1 M HEPES, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: Marmosaic / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.58
11K, H, -L20.42
反射解像度: 2.2→109.95 Å / Num. all: 116075 / Num. obs: 116075 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Rsym value: 0.222 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.2-2.322.60.3871.744423170840.38795.5
2.32-2.462.70.341.942855161410.3495.4
2.46-2.632.70.3012.240589151190.30195
2.63-2.842.70.2662.538150140200.26694.5
2.84-3.112.80.2272.935454128630.22793.8
3.11-3.482.80.2043.232287116120.20493.7
3.48-4.022.80.183.528662102520.1893.3
4.02-4.922.80.1653.82433086450.16592.7
4.92-6.962.80.1633.51876466770.16391.7
6.96-48.2012.80.1473.11008836620.14789.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CLSIデータ収集
MOSFLMデータ削減
PHENIXMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→109.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.854 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.734 / WRfactor Rfree: 0.2931 / WRfactor Rwork: 0.2034 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8398 / SU B: 4.102 / SU ML: 0.108 / SU R Cruickshank DPI: 0.0758 / SU Rfree: 0.0573 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2794 5993 5.2 %RANDOM
Rwork0.1972 ---
all0.2014 110030 --
obs0.2014 116023 93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.33 Å2 / Biso mean: 10.6478 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.73 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.84 Å20 Å2
3---5.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→109.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18528 0 72 789 19389
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0219441
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4461.95826445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.03552424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.75722.925906
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.867153245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.36315154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.160.22812
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.02114996
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: LOCAL / Weight: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms
11A5530.23
12B5530.23
21A5510.21
22C5510.21
31A5600.23
32D5600.23
41B5580.22
42C5580.22
51B5540.22
52D5540.22
61C5500.23
62D5500.23
71S1090.14
72T1090.14
81S1130.15
82U1130.15
91S1130.15
92V1130.15
101T1140.15
102U1140.15
111T1100.14
112V1100.14
121U1140.15
122V1140.15
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.253 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 414 -
Rwork0.195 7714 -
all-8128 -
obs--89.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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