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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12962 | |||||||||
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タイトル | Structure of the outer-membrane core complex (inner ring) from a conjugative type IV secretion system | |||||||||
マップデータ | Structure of the outer-membrane core complex (inner ring) from a conjugative type IV secretion system | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Type IV conjugative transfer system protein TraV / Type IV conjugative transfer system lipoprotein (TraV) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Salmonella enterica (サルモネラ菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å | |||||||||
データ登録者 | Amin H / Ilangovan A / Costa TRD | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Architecture of the outer-membrane core complex from a conjugative type IV secretion system. 著者: Himani Amin / Aravindan Ilangovan / Tiago R D Costa / 要旨: Conjugation is one of the most important processes that bacteria utilize to spread antibiotic resistance genes among bacterial populations. Interbacterial DNA transfer requires a large double ...Conjugation is one of the most important processes that bacteria utilize to spread antibiotic resistance genes among bacterial populations. Interbacterial DNA transfer requires a large double membrane-spanning nanomachine called the type 4 secretion system (T4SS) made up of the inner-membrane complex (IMC), the outer-membrane core complex (OMCC) and the conjugative pilus. The iconic F plasmid-encoded T4SS has been central in understanding conjugation for several decades, however atomic details of its structure are not known. Here, we report the structure of a complete conjugative OMCC encoded by the pED208 plasmid from E. coli, solved by cryo-electron microscopy at 3.3 Å resolution. This 2.1 MDa complex has a unique arrangement with two radial concentric rings, each having a different symmetry eventually contributing to remarkable differences in protein stoichiometry and flexibility in comparison to other OMCCs. Our structure suggests that F-OMCC is a highly dynamic complex, with implications for pilus extension and retraction during conjugation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12962.map.gz | 392 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12962-v30.xml emd-12962.xml | 10.6 KB 10.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12962_fsc.xml | 16.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12962.png | 86.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12962 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12962 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12962_validation.pdf.gz | 363.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12962_full_validation.pdf.gz | 363.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12962_validation.xml.gz | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12962_validation.cif.gz | 20.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12962 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12962 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12962.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure of the outer-membrane core complex (inner ring) from a conjugative type IV secretion system | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Outer-membrane core complex (inner ring)
全体 | 名称: Outer-membrane core complex (inner ring) |
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要素 |
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-超分子 #1: Outer-membrane core complex (inner ring)
超分子 | 名称: Outer-membrane core complex (inner ring) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: TraB
分子 | 名称: TraB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: TraB / コピー数: 17 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 48.802102 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MANVNKVVRR RQVALLIALV LGIGAGGAGT WMVSEMNLKK APPAKAPKGE PAPDMTGVVN QSFDNKVQRS AIAEAQRLNK ETQTEIKKL RTEMGLVSRD LKGSQDRIRE LEDQNQLLQT QLEAGKNFDS LSAEPLPGAL ASQGKPAPAG NVPPPTSFWP A GGGQAPAA ...文字列: MANVNKVVRR RQVALLIALV LGIGAGGAGT WMVSEMNLKK APPAKAPKGE PAPDMTGVVN QSFDNKVQRS AIAEAQRLNK ETQTEIKKL RTEMGLVSRD LKGSQDRIRE LEDQNQLLQT QLEAGKNFDS LSAEPLPGAL ASQGKPAPAG NVPPPTSFWP A GGGQAPAA PVMTPIQRPG MMDSQEFSLP DTGPKKPRFP WISSGSFVEA IVVEGADANA SVTGDKNTAP MQLRLTGKVQ MP NDEEFDL TGCFVTLEAW GDVSSERAIV RSRSISCKLG DDDIDQKIAG HVSFMGKNGI KGEVVMRNGQ ILLYAGGAGF LDG IGKGIE KASSTTVGVG ATASMSAADI GQAGLGGGVS SAAKTLSDYY IKRAEQYHPV IPIGAGNEVT LVFQDGFQLE TLEE ARAKA AARKKQNQPS ASSTPAAMPG NTPDMLKQLQ DFRVGDTVDP ATGQVVTQWS HPQFEK |
-分子 #2: Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV
分子 | 名称: Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: TraV / コピー数: 17 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 20.92865 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKKITLLLAG SALLLSGCAG VKSSFDCDAT TSDTCMTMTK ANQLARDKAA KQAGKPAAGG LPSLVNLPAT SAVEVPSASR SAVTPPSGT RTVSTTPPVS AGTSAGVNTN TTTSTLTPRP VAGTPVTTTP SSVAYRPVVS VVTPTPSCQN VRCDNPGTVH P QRSRDQIA ...文字列: MKKITLLLAG SALLLSGCAG VKSSFDCDAT TSDTCMTMTK ANQLARDKAA KQAGKPAAGG LPSLVNLPAT SAVEVPSASR SAVTPPSGT RTVSTTPPVS AGTSAGVNTN TTTSTLTPRP VAGTPVTTTP SSVAYRPVVS VVTPTPSCQN VRCDNPGTVH P QRSRDQIA TVWIAPWVDS DNAFHQPGRV SFVVSPADWV LPARVN |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |