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万見
- EMDB-12808: Cryo-EM structure of yeast Ost6p containing oligosaccharyltransfe... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12808
タイトルCryo-EM structure of yeast Ost6p containing oligosaccharyltransferase complex
マップデータLocal resolution filtered map from RELION
試料
  • 複合体: Ost6p containing yeast oligosaccharyltransferase complex
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
  • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 5種
機能・相同性
機能・相同性情報


Miscellaneous transport and binding events / oligosaccharyltransferase I complex / dolichol-linked oligosaccharide biosynthetic process / oligosaccharyltransferase complex / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / protein N-linked glycosylation / glycosyltransferase activity / protein-disulfide reductase activity ...Miscellaneous transport and binding events / oligosaccharyltransferase I complex / dolichol-linked oligosaccharide biosynthetic process / oligosaccharyltransferase complex / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / protein N-linked glycosylation / glycosyltransferase activity / protein-disulfide reductase activity / Neutrophil degranulation / post-translational protein modification / nuclear envelope / protein-macromolecule adaptor activity / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DAD/Ost2 / Oligosaccharyltransferase complex subunit / DAD family / Oligosaccharyltransferase subunit 5 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48kDa subunit / Oligosaccharyltransferase 48 kDa subunit beta / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit Swp1 / Oligosaccharyltransferase subunit Ribophorin II / Oligosaccaryltransferase / Oligosaccharyltransferase subunit ost4p superfamily ...DAD/Ost2 / Oligosaccharyltransferase complex subunit / DAD family / Oligosaccharyltransferase subunit 5 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48kDa subunit / Oligosaccharyltransferase 48 kDa subunit beta / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit Swp1 / Oligosaccharyltransferase subunit Ribophorin II / Oligosaccaryltransferase / Oligosaccharyltransferase subunit ost4p superfamily / Oligosaccaryltransferase / Ribophorin I / Ribophorin I / Oligosaccharyl transferase complex, subunit OST3/OST6 / OST3 / OST6 family, transporter family / : / STT3/PglB/AglB core domain / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit WBP1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST2 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit SWP1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST6 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST5 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Wild R / Neuhaus JD / Eyring J / Irobalieva RN / Kowal J / Lin CW / Locher KP / Aebi M
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationCRSII5_173709 スイス
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2021
タイトル: Functional analysis of Ost3p and Ost6p containing yeast oligosaccharyltransferases.
要旨: The oligosaccharyltransferase (OST) is the central enzyme in the N-glycosylation pathway. It transfers a defined oligosaccharide from a lipid-linker onto the asparagine side chain of proteins. The ...The oligosaccharyltransferase (OST) is the central enzyme in the N-glycosylation pathway. It transfers a defined oligosaccharide from a lipid-linker onto the asparagine side chain of proteins. The yeast OST consists of eight subunits and exists in two catalytically distinct isoforms that differ in one subunit, Ost3p or Ost6p. The cryo-electron microscopy structure of the Ost6p containing complex was found to be highly similar to the Ost3p containing OST. OST enzymes with altered Ost3p/Ost6p subunits were generated and functionally analyzed. The three C-terminal transmembrane helices were responsible for the higher turnover-rate of the Ost3p vs. the Ost6p containing enzyme in vitro and the more severe hypoglycosylation in Ost3p lacking strains in vivo. Glycosylation of specific OST target sites required the N-terminal thioredoxin domain of Ost3p or Ost6p. This Ost3p/Ost6p dependence was glycosylation site but not protein specific. We concluded that the Ost3p/Ost6p subunits modulate the catalytic activity of OST and provide additional specificity for OST substrate recognition.
履歴
登録2021年4月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月16日-
マップ公開2022年2月16日-
更新2022年2月16日-
現状2022年2月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7oci
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12808.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12808.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local resolution filtered map from RELION
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.022 / ムービー #1: 0.022
最小 - 最大-0.1587316 - 0.20834993
平均 (標準偏差)7.678363e-06 (±0.0038913386)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 322.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.840.840.84
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z322.560322.560322.560
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.1590.2080.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12808_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Postprocessed map from RELION

ファイルemd_12808_additional_1.map
注釈Postprocessed map from RELION
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Gaussian filtered map containing the Ost6p luminal domain

ファイルemd_12808_additional_2.map
注釈Gaussian filtered map containing the Ost6p luminal domain
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : Ost6p containing yeast oligosaccharyltransferase complex

全体名称: Ost6p containing yeast oligosaccharyltransferase complex
要素
  • 複合体: Ost6p containing yeast oligosaccharyltransferase complex
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST2
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST6
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST4
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST5
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit WBP1
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit SWP1
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST6 - TM1
  • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: Digitonin
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: Dolichylphosphate

+
超分子 #1: Ost6p containing yeast oligosaccharyltransferase complex

超分子名称: Ost6p containing yeast oligosaccharyltransferase complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#9
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

+
分子 #1: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 54.116477 KDa
配列文字列: MRQVWFSWIV GLFLCFFNVS SAAQYEPPAT WENVDYKRTI DVSNAYISET IEITIKNIAS EPATEYFTAF ESGIFSKVSF FSAYFTNEA TFLNSQLLAN STTAPGDDGE SEIRYGIIQF PNAISPQEEV SLVIKSFYNT VGIPYPEHVG MSEEQHLLWE T NRLPLSAY ...文字列:
MRQVWFSWIV GLFLCFFNVS SAAQYEPPAT WENVDYKRTI DVSNAYISET IEITIKNIAS EPATEYFTAF ESGIFSKVSF FSAYFTNEA TFLNSQLLAN STTAPGDDGE SEIRYGIIQF PNAISPQEEV SLVIKSFYNT VGIPYPEHVG MSEEQHLLWE T NRLPLSAY DTKKASFTLI GSSSFEEYHP PNDESLLGKA NGNSFEFGPW EDIPRFSSNE TLAIVYSHNA PLNQVVNLRR DI WLSHWAS TIQFEEYYEL TNKAAKLSKG FSRLELMKQI QTQNMRQTHF VTVLDMLLPE GATDHYFTDL VGLVSTSHAE RDH FFIRPR FPIFGGWNYN FTVGWTNKLS DFLHVSSGSD EKFVASIPIL NGPPDTVYDN VELSVFLPEG AEIFDIDSPV PFTN VSIET QKSYFDLNKG HVKLTFSYRN LISQVANGQV LIKYDYPKSS FFKKPLSIAC YIFTALMGVF VLKTLNMNVT N

+
分子 #2: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 14.712531 KDa
配列文字列:
MAKAPKANTP KVTSTSSAVL TDFQETFKTS KRAYFAQIEK YPKLKLIDTF CFFLVLLGVI QCTFIILIRD NFPFNAFLAG FIICVGQFV LLMSLRLQLC NSFPGISKNR AFAEFIVASL ILHFVCLHFI N

+
分子 #3: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 37.921344 KDa
配列文字列: MKWCSTYIII WLAIIFHKFQ KSTATASHNI DDILQLKDDT GVITVTADNY PLLSRGVPGY FNILYITMRG TNSNGMSCQL CHDFEKTYH AVADVIRSQA PQSLNLFFTV DVNEVPQLVK DLKLQNVPHL VVYPPAESNK QSQFEWKTSP FYQYSLVPEN A ENTLQFGD ...文字列:
MKWCSTYIII WLAIIFHKFQ KSTATASHNI DDILQLKDDT GVITVTADNY PLLSRGVPGY FNILYITMRG TNSNGMSCQL CHDFEKTYH AVADVIRSQA PQSLNLFFTV DVNEVPQLVK DLKLQNVPHL VVYPPAESNK QSQFEWKTSP FYQYSLVPEN A ENTLQFGD FLAKILNISI TVPQAFNVQE FVYYFVACMV VFIFIKKVIL PKVTNKWKLF SMILSLGILL PSITGYKFVE MN AIPFIAR DAKNRIMYFS GGSGWQFGIE IFSVSLMYIV MSALSVLLIY VPKISCVSEK MRGLLSSFLA CVLFYFFSYF ISC YLIKNP GYPIVF

+
分子 #4: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 3.986696 KDa
配列文字列:
MISDEQLNSL AITFGIVMMT LIVIYHAVDS TMSPKN

+
分子 #5: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 9.52509 KDa
配列文字列:
MTYEQLYKEF HSSKSFQPFI HLDTQPKFAI CGLIVTLAVL SSALFAVGSK SSYIKKLFFY TILSVIGSLF AGLTTVFASN SFGVYV

+
分子 #6: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 81.604539 KDa
配列文字列: MGSDRSCVLS VFQTILKLVI FVAIFGAAIS SRLFAVIKFE SIIHEFDPWF NYRATKYLVN NSFYKFLNWF DDRTWYPLGR VTGGTLYPG LMTTSAFIWH ALRNWLGLPI DIRNVCVLFA PLFSGVTAWA TYEFTKEIKD ASAGLLAAGF IAIVPGYISR S VAGSYDNE ...文字列:
MGSDRSCVLS VFQTILKLVI FVAIFGAAIS SRLFAVIKFE SIIHEFDPWF NYRATKYLVN NSFYKFLNWF DDRTWYPLGR VTGGTLYPG LMTTSAFIWH ALRNWLGLPI DIRNVCVLFA PLFSGVTAWA TYEFTKEIKD ASAGLLAAGF IAIVPGYISR S VAGSYDNE AIAITLLMVT FMFWIKAQKT GSIMHATCAA LFYFYMVSAW GGYVFITNLI PLHVFLLILM GRYSSKLYSA YT TWYAIGT VASMQIPFVG FLPIRSNDHM AALGVFGLIQ IVAFGDFVKG QISTAKFKVI MMVSLFLILV LGVVGLSALT YMG LIAPWT GRFYSLWDTN YAKIHIPIIA SVSEHQPVSW PAFFFDTHFL IWLFPAGVFL LFLDLKDEHV FVIAYSVLCS YFAG VMVRL MLTLTPVICV SAAVALSKIF DIYLDFKTSD RKYAIKPAAL LAKLIVSGSF IFYLYLFVFH STWVTRTAYS SPSVV LPSQ TPDGKLALID DFREAYYWLR MNSDEDSKVA AWWDYGYQIG GMADRTTLVD NNTWNNTHIA IVGKAMASPE EKSYEI LKE HDVDYVLVIF GGLIGFGGDD INKFLWMIRI SEGIWPEEIK ERDFYTAEGE YRVDARASET MRNSLLYKMS YKDFPQL FN GGQATDRVRQ QMITPLDVPP LDYFDEVFTS ENWMVRIYQL KKDDAQGRTL RDVGELTRSS TKTRRSIKRP ELGLRV

+
分子 #7: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit WBP1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 49.444438 KDa
配列文字列: MRTDWNFFFC ILLQAIFVVG TQTSRTLVLY DQSTEPLEEY SVYLKDLEQR NYKLEYLDIN STSTTVDLYD KEQRLFDNII VFPTKGGKN LARQIPVKQL IKFFENEGNI LCMSSPGAVP NTIRLFLNEL GIYPSPKGHV IRDYFSPSSE ELVVSSNHLL N KYVYNARK ...文字列:
MRTDWNFFFC ILLQAIFVVG TQTSRTLVLY DQSTEPLEEY SVYLKDLEQR NYKLEYLDIN STSTTVDLYD KEQRLFDNII VFPTKGGKN LARQIPVKQL IKFFENEGNI LCMSSPGAVP NTIRLFLNEL GIYPSPKGHV IRDYFSPSSE ELVVSSNHLL N KYVYNARK SEDFVFGESS AALLENREQI VPILNAPRTS FTESKGKCNS WTSGSQGFLV VGFQNLNNAR LVWIGSSDFL KN KNQDSNQ EFAKELLKWT FNEKSVIKSV HAVHSHADGT SYDEEPYKIK DKVIYSVGFS EWNGEEWLPH IADDIQFELR QVD PYYRLT LSPSGNDSET QYYTTGEFIL PDRHGVFTFL TDYRKIGLSF TTDKDVKAIR HLANDEYPRS WEISNSWVYI SAIC GVIVA WIFFVVSFVT TSSVGKKLET FKKTN

+
分子 #8: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit SWP1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 31.682832 KDa
配列文字列: MQFFKTLAAL VSCISFVLAY VAQDVHVSFP STAGKSRVMI GKVEPRIGID ETVPTTITVE DPNEVIQVNF AIESTNKPFQ NTLLIGLPN KNLEMAFEPE IKDNGKLSMY KYRIDLAKLD AALLQEASRS PEPIKATLIL ASSTAKPKEN LFREILQLNL N FDVDHSDS ...文字列:
MQFFKTLAAL VSCISFVLAY VAQDVHVSFP STAGKSRVMI GKVEPRIGID ETVPTTITVE DPNEVIQVNF AIESTNKPFQ NTLLIGLPN KNLEMAFEPE IKDNGKLSMY KYRIDLAKLD AALLQEASRS PEPIKATLIL ASSTAKPKEN LFREILQLNL N FDVDHSDS SLVDKFGIKP EIHHIFHAEP KRVAKPIAVI FVLIIFITIL SLIVTWLNSC AAAFNNIPTG VTAVYFLGFI AT IVGFEVI FARYYLGTSI FETLFSSLYL GAPGLLTSTK FLRSFGQTI

+
分子 #9: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST6 - TM1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 詳細: alpha-helix modelled as poly-UNK / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 2.060531 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #12: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 6 / 式: PEE
分子量理論値: 744.034 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

+
分子 #13: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

+
分子 #14: Digitonin

分子名称: Digitonin / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: AJP
分子量理論値: 1.229312 KDa
Chemical component information

ChemComp-AJP:
Digitonin / ジギトニン / 可溶化剤*YM

+
分子 #15: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #16: Dolichylphosphate

分子名称: Dolichylphosphate / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: V8K
分子量理論値: 847.282 Da
Chemical component information

ChemComp-V8K:
Dolichylphosphate

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
詳細This sample was monodisperse

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 67.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 2.7 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 220536
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6ezn

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7oci:
Cryo-EM structure of yeast Ost6p containing oligosaccharyltransferase complex

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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