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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12595 | |||||||||
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タイトル | Rhinovirus-14 ICAM-1 empty particle at pH 6.2 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | rhinovirus 14 / RV14 / HRV14 / acidification / pH 6.2 / genome release / emptu / ICAM-1 / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human rhinovirus 14 (ライノウイルス) / Rhinovirus B14 (ライノウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Hrebik D / Plevka P | |||||||||
資金援助 | チェコ, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: ICAM-1 induced rearrangements of capsid and genome prime rhinovirus 14 for activation and uncoating. 著者: Dominik Hrebík / Tibor Füzik / Mária Gondová / Lenka Šmerdová / Athanassios Adamopoulos / Ondrej Šedo / Zbyněk Zdráhal / Pavel Plevka / 要旨: Most rhinoviruses, which are the leading cause of the common cold, utilize intercellular adhesion molecule-1 (ICAM-1) as a receptor to infect cells. To release their genomes, rhinoviruses convert to ...Most rhinoviruses, which are the leading cause of the common cold, utilize intercellular adhesion molecule-1 (ICAM-1) as a receptor to infect cells. To release their genomes, rhinoviruses convert to activated particles that contain pores in the capsid, lack minor capsid protein VP4, and have an altered genome organization. The binding of rhinoviruses to ICAM-1 promotes virus activation; however, the molecular details of the process remain unknown. Here, we present the structures of virion of rhinovirus 14 and its complex with ICAM-1 determined to resolutions of 2.6 and 2.4 Å, respectively. The cryo-electron microscopy reconstruction of rhinovirus 14 virions contains the resolved density of octanucleotide segments from the RNA genome that interact with VP2 subunits. We show that the binding of ICAM-1 to rhinovirus 14 is required to prime the virus for activation and genome release at acidic pH. Formation of the rhinovirus 14-ICAM-1 complex induces conformational changes to the rhinovirus 14 capsid, including translocation of the C termini of VP4 subunits, which become poised for release through pores that open in the capsids of activated particles. VP4 subunits with altered conformation block the RNA-VP2 interactions and expose patches of positively charged residues. The conformational changes to the capsid induce the redistribution of the virus genome by altering the capsid-RNA interactions. The restructuring of the rhinovirus 14 capsid and genome prepares the virions for conversion to activated particles. The high-resolution structure of rhinovirus 14 in complex with ICAM-1 explains how the binding of uncoating receptors enables enterovirus genome release. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12595.map.gz | 403.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12595-v30.xml emd-12595.xml | 22.2 KB 22.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12595_fsc.xml | 18.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12595.png | 354.7 KB | ||
マスクデータ | emd_12595_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-12595.cif.gz | 6.6 KB | ||
その他 | emd_12595_half_map_1.map.gz emd_12595_half_map_2.map.gz | 409.5 MB 409 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12595 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12595 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12595_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12595_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12595_validation.xml.gz | 26.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12595_validation.cif.gz | 35.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12595 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12595 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12595.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.063 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_12595_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_12595_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_12595_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Rhinovirus B14
全体 | 名称: Rhinovirus B14 (ライノウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Rhinovirus B14
超分子 | 名称: Rhinovirus B14 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12131 / 生物種: Rhinovirus B14 / Sci species strain: 1059 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 7 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Rhinovirus B14 / 直径: 295.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: Genome polyprotein
分子 | 名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A |
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由来(天然) | 生物種: Human rhinovirus 14 (ライノウイルス) |
分子量 | 理論値: 32.975004 KDa |
配列 | 文字列: ALTEGLGDEL EEVIVEKTKQ TVASISSGPK HTQKVPILTA NETGATMPVL PSDSIETRTT YMHFNGSETD VECFLGRAAC VHVTEIQNK DATGIDNHRE AKLFNDWKIN LSSLVQLRKK LELFTYVRFD SEYTILATAS QPDSANYSSN LVVQAMYVPP G APNPKEWD ...文字列: ALTEGLGDEL EEVIVEKTKQ TVASISSGPK HTQKVPILTA NETGATMPVL PSDSIETRTT YMHFNGSETD VECFLGRAAC VHVTEIQNK DATGIDNHRE AKLFNDWKIN LSSLVQLRKK LELFTYVRFD SEYTILATAS QPDSANYSSN LVVQAMYVPP G APNPKEWD DYTWQSASNP SVFFKVGDTS RFSVPYVGLA SAYNCFYDGY SHDDAETQYG ITVLNHMGSM AFRIVNEHDE HK TLVKIRV YHRAKHVEAW IPRAPRALPY TSIGRTNYPK NTEPVIKKRK GDIKSY UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: P1
分子 | 名称: P1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human rhinovirus 14 (ライノウイルス) |
分子量 | 理論値: 25.822299 KDa |
配列 | 文字列: GLPTTTLPGS GQFLTTDDRQ SPSALPNYEP TPRIHIPGKV HNLLEIIQVD TLIPMNNTHT KDEVNSYLIP LNANRQNEQV FGTNLFIGD GVFKTTLLGE IVQYYTHWSG SLRFSLMYTG PALSSAKLIL AYTPPGARGP QDRREAMLGT HVVWDIGLQS T IVMTIPWT ...文字列: GLPTTTLPGS GQFLTTDDRQ SPSALPNYEP TPRIHIPGKV HNLLEIIQVD TLIPMNNTHT KDEVNSYLIP LNANRQNEQV FGTNLFIGD GVFKTTLLGE IVQYYTHWSG SLRFSLMYTG PALSSAKLIL AYTPPGARGP QDRREAMLGT HVVWDIGLQS T IVMTIPWT SGVQFRYTDP DTYTSAGFLS CWYQTSLILP PETTGQVYLL SFISACPDFK LRLMKDTQTI SQTV UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #3: Genome polyprotein
分子 | 名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A |
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由来(天然) | 生物種: Human rhinovirus 14 (ライノウイルス) |
分子量 | 理論値: 28.501361 KDa |
配列 | 文字列: SPNVEACGYS DRVQQITLGN STITTQEAAN AVVCYAEWPE YLPDVDASDV NKTSKPDTSV CRFYTLDSKT WTTGSKGWCW KLPDALKDM GVFGQNMFFH SLGRSGYTVH VQCNATKFHS GCLLVVVIPE HQLASHEGGN VSVKYTFTHP GERGIDLSSA N EVGGPVKD ...文字列: SPNVEACGYS DRVQQITLGN STITTQEAAN AVVCYAEWPE YLPDVDASDV NKTSKPDTSV CRFYTLDSKT WTTGSKGWCW KLPDALKDM GVFGQNMFFH SLGRSGYTVH VQCNATKFHS GCLLVVVIPE HQLASHEGGN VSVKYTFTHP GERGIDLSSA N EVGGPVKD VIYNMNGTLL GNLLIFPHQF INLRTNNTAT IVIPYINSVP IDSMTRHNNV SLMVIPIAPL TVPTGATPSL PI TVTIAPM CTEFSGIRSK SIVPQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 6.2 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6548 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 77.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.95 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.25 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |