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- EMDB-12314: Structure of glutamate transporter homologue in complex with Sybody -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12314
タイトルStructure of glutamate transporter homologue in complex with Sybody
マップデータ
試料
  • 複合体: GltTk complex with sybody
    • 複合体: Thermococcus kodakarensis KOD1
      • タンパク質・ペプチド: Proton/glutamate symporter, SDF family
    • 複合体: synthetic construct
      • タンパク質・ペプチド: Sybody 1
  • リガンド: ASPARTIC ACID
キーワードglutamate transporter homologue / GltTk / amino acid transport / membrane protein / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性carboxylic acid transport / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1. / symporter activity / membrane / Proton/glutamate symporter, SDF family
機能・相同性情報
生物種Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Arkhipova V / Slotboom DJ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Kinetic mechanism of Na-coupled aspartate transport catalyzed by Glt.
著者: Gianluca Trinco / Valentina Arkhipova / Alisa A Garaeva / Cedric A J Hutter / Markus A Seeger / Albert Guskov / Dirk J Slotboom /
要旨: It is well-established that the secondary active transporters Glt and Glt catalyze coupled uptake of aspartate and three sodium ions, but insight in the kinetic mechanism of transport is fragmentary. ...It is well-established that the secondary active transporters Glt and Glt catalyze coupled uptake of aspartate and three sodium ions, but insight in the kinetic mechanism of transport is fragmentary. Here, we systematically measured aspartate uptake rates in proteoliposomes containing purified Glt, and derived the rate equation for a mechanism in which two sodium ions bind before and another after aspartate. Re-analysis of existing data on Glt using this equation allowed for determination of the turnover number (0.14 s), without the need for error-prone protein quantification. To overcome the complication that purified transporters may adopt right-side-out or inside-out membrane orientations upon reconstitution, thereby confounding the kinetic analysis, we employed a rapid method using synthetic nanobodies to inactivate one population. Oppositely oriented Glt proteins showed the same transport kinetics, consistent with the use of an identical gating element on both sides of the membrane. Our work underlines the value of bona fide transport experiments to reveal mechanistic features of Na-aspartate symport that cannot be observed in detergent solution. Combined with previous pre-equilibrium binding studies, a full kinetic mechanism of structurally characterized aspartate transporters of the SLC1A family is now emerging.
履歴
登録2021年2月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月15日-
マップ公開2021年9月15日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.131
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.131
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ngh
  • 表面レベル: 0.131
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7ngh
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12314.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12314.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 256 pix.
= 259.072 Å		1.01 Å/pix.
x 256 pix.
= 259.072 Å		1.01 Å/pix.
x 256 pix.
= 259.072 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.012 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.131 / ムービー #1: 0.131
最小 - 最大-0.17301509 - 0.4658582
平均 (標準偏差)0.00017323456 (±0.020368969)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 259.072 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0121.0121.012
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z259.072259.072259.072
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1331310
NX/NY/NZ223226424
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1730.4660.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : GltTk complex with sybody

全体名称: GltTk complex with sybody
要素
  • 複合体: GltTk complex with sybody
    • 複合体: Thermococcus kodakarensis KOD1
      • タンパク質・ペプチド: Proton/glutamate symporter, SDF family
    • 複合体: synthetic construct
      • タンパク質・ペプチド: Sybody 1
  • リガンド: ASPARTIC ACID

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超分子 #1: GltTk complex with sybody

超分子名称: GltTk complex with sybody / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #2: Thermococcus kodakarensis KOD1

超分子名称: Thermococcus kodakarensis KOD1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)

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超分子 #3: synthetic construct

超分子名称: synthetic construct / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物) / Synthetically produced: Yes

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分子 #1: Proton/glutamate symporter, SDF family

分子名称: Proton/glutamate symporter, SDF family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)
分子量理論値: 46.40907 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGKSLLRRYL DYPVLWKILW GLVLGAVFGL IAGHFGYAGA VKTYIKPFGD LFVRLLKMLV MPIVLASLVV GAASISPARL GRVGVKIVV YYLATSAMAV FFGLIVGRLF NVGANVNLGS GTGKAIEAQP PSLVQTLLNI VPTNPFASLA KGEVLPVIFF A IILGIAIT ...文字列:
MGKSLLRRYL DYPVLWKILW GLVLGAVFGL IAGHFGYAGA VKTYIKPFGD LFVRLLKMLV MPIVLASLVV GAASISPARL GRVGVKIVV YYLATSAMAV FFGLIVGRLF NVGANVNLGS GTGKAIEAQP PSLVQTLLNI VPTNPFASLA KGEVLPVIFF A IILGIAIT YLMNRNEERV RKSAETLLRV FDGLAEAMYL IVGGVMQYAP IGVFALIAYV MAEQGVRVVG PLAKVVGAVY TG LFLQIVI TYFILLKVFG IDPIKFIRKA KDAMITAFVT RSSSGTLPVT MRVAEEEMGV DKGIFSFTLP LGATINMDGT ALY QGVTVL FVANAIGHPL TLGQQLVVVL TAVLASIGTA GVPGAGAIML AMVLQSVGLD LTPGSPVALA YAMILGIDAI LDMG RTMVN VTGDLAGTVI VAKTEKELDE SKWISHHHHH H

UniProtKB: Proton/glutamate symporter, SDF family

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分子 #2: Sybody 1

分子名称: Sybody 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Hexa His tag at C-terminus / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 15.862396 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSSSQVQLVE SGGGLVQAGG SLRLSCAASG FPVDSQFMHW YRQAPGKERE WVAAIESYGD ETYYADSVKG RFTISRDNAK NTVYLQMNS LKPEDTAVYY CRVLVGWGYY GQGTQVTVSA GRAGEQKLIS EEDLNSAVDH HHHHH

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分子 #3: ASPARTIC ACID

分子名称: ASPARTIC ACID / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: ASP
分子量理論値: 133.103 Da
Chemical component information

ChemComp-ASP:
ASPARTIC ACID / アスパラギン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 53.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6xwq

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 53983
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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