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万見
- EMDB-12309: Trimeric efflux pump Klebsiella TolC in complex with KlebC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12309
タイトルTrimeric efflux pump Klebsiella TolC in complex with KlebC
マップデータLocScale sharpened map
試料
  • 複合体: Homotrimer of TolC from klebsiella in complex with KlebC
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane channel protein
    • タンパク質・ペプチド: Klebicin C activity
キーワードEfflux pump / trimer / complex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性Type I secretion outer membrane protein, TolC / : / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / efflux transmembrane transporter activity / cell outer membrane / Outer membrane channel protein TolC
機能・相同性情報
生物種Klebsiella quasipneumoniae (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Webby MN / Housden NG
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Toxin import through the antibiotic efflux channel TolC.
著者: Nicholas G Housden / Melissa N Webby / Edward D Lowe / Tarick J El-Baba / Renata Kaminska / Christina Redfield / Carol V Robinson / Colin Kleanthous /
要旨: Bacteria often secrete diffusible protein toxins (bacteriocins) to kill bystander cells during interbacterial competition. Here, we use biochemical, biophysical and structural analyses to show how a ...Bacteria often secrete diffusible protein toxins (bacteriocins) to kill bystander cells during interbacterial competition. Here, we use biochemical, biophysical and structural analyses to show how a bacteriocin exploits TolC, a major outer-membrane antibiotic efflux channel in Gram-negative bacteria, to transport itself across the outer membrane of target cells. Klebicin C (KlebC), a rRNase toxin produced by Klebsiella pneumoniae, binds TolC of a related species (K. quasipneumoniae) with high affinity through an N-terminal, elongated helical hairpin domain common amongst bacteriocins. The KlebC helical hairpin opens like a switchblade to bind TolC. A cryo-EM structure of this partially translocated state, at 3.1 Å resolution, reveals that KlebC associates along the length of the TolC channel. Thereafter, the unstructured N-terminus of KlebC protrudes beyond the TolC iris, presenting a TonB-box sequence to the periplasm. Association with proton-motive force-linked TonB in the inner membrane drives toxin import through the channel. Finally, we demonstrate that KlebC binding to TolC blocks drug efflux from bacteria. Our results indicate that TolC, in addition to its known role in antibiotic export, can function as a protein import channel for bacteriocins.
履歴
登録2021年2月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月30日-
マップ公開2021年6月30日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.145
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.145
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ng8
  • 表面レベル: 0.145
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7ng8
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12309.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12309.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈LocScale sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 300 pix.
= 246.6 Å		0.82 Å/pix.
x 300 pix.
= 246.6 Å		0.82 Å/pix.
x 300 pix.
= 246.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.822 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.145 / ムービー #1: 0.145
最小 - 最大-0.26812598 - 0.667354
平均 (標準偏差)0.0017847172 (±0.019918647)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 246.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8220.8220.822
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z246.600246.600246.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.2680.6670.002

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添付データ

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追加マップ: Sharpened map from relion locres job. Requires Zflip

ファイルemd_12309_additional_1.map
注釈Sharpened map from relion locres job. Requires Zflip
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map from relion refine3D job. Requires zflip

ファイルemd_12309_additional_2.map
注釈Unsharpened map from relion refine3D job. Requires zflip
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Postprocess masked map from relion. Requires Zflip

ファイルemd_12309_additional_3.map
注釈Postprocess masked map from relion. Requires Zflip
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homotrimer of TolC from klebsiella in complex with KlebC

全体名称: Homotrimer of TolC from klebsiella in complex with KlebC
要素
  • 複合体: Homotrimer of TolC from klebsiella in complex with KlebC
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane channel protein
    • タンパク質・ペプチド: Klebicin C activity

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超分子 #1: Homotrimer of TolC from klebsiella in complex with KlebC

超分子名称: Homotrimer of TolC from klebsiella in complex with KlebC
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Klebsiella quasipneumoniae (バクテリア)

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分子 #1: Outer membrane channel protein

分子名称: Outer membrane channel protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella quasipneumoniae (バクテリア)
分子量理論値: 54.058676 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKKLLPILIG LSLTGFSAMS QAENLLQVYQ QARISNPDLR KSAADRDAAF EKINEARSPL LPQLGLGADY TYTSGFRDYK DQNSNVTSG SLQLTQVLFD MSKWRALTLQ EKAAGIQDVT YQTDQQTLIL NTATAYFKVL AAIDTLSYTE AQKQAIYRQL D QTTQRFNV ...文字列:
MKKLLPILIG LSLTGFSAMS QAENLLQVYQ QARISNPDLR KSAADRDAAF EKINEARSPL LPQLGLGADY TYTSGFRDYK DQNSNVTSG SLQLTQVLFD MSKWRALTLQ EKAAGIQDVT YQTDQQTLIL NTATAYFKVL AAIDTLSYTE AQKQAIYRQL D QTTQRFNV GLVAITDVQN ARSQYDAVLA NEVTARNDLD NAVEELRQVT GNYYPELASL NVDGFKTSKP QAVNALLKEA EN RNLSLLQ ARLNQDLARE QIRQAQDGHL PTLDLNASSG VSNNRYSGSK SISQDADIGQ NKIGLSFSLP LYQGGMVNSQ VKQ AQYNFV GASEQLESAH RSVVQTVRSS FNNVNASISS INAYKQAVVS AQSSLDAMEA GYSVGTRTIV DVLDATTTLY NAKQ QLSNA RYNYLINELN IKSALGTLNE QDLIALNNTL GKPISTSADS VAPENPQQDA TADGYGNTTA AMKPASARTT THSSG SNPF RQLEHHHHHH

UniProtKB: Outer membrane channel protein TolC

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分子 #2: Klebicin C activity

分子名称: Klebicin C activity / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella quasipneumoniae (バクテリア)
分子量理論値: 28.629162 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MADNQPVPLT PAPPGMVSLG VNENGEEEMT VIGGDGSGTG FSGNEAPIIP GSGSLQADLG KKSLTRLQAE SSAAIHATAK WTTENLAKT QAAQAERAKA AMLSQQAAKA KQAKLTQHLK DVVDRALQNN KTRPTVIDLA HQNNQQMAAM AEFIGRQKAI E EARKKAER ...文字列:
MADNQPVPLT PAPPGMVSLG VNENGEEEMT VIGGDGSGTG FSGNEAPIIP GSGSLQADLG KKSLTRLQAE SSAAIHATAK WTTENLAKT QAAQAERAKA AMLSQQAAKA KQAKLTQHLK DVVDRALQNN KTRPTVIDLA HQNNQQMAAM AEFIGRQKAI E EARKKAER EAKRAEEAYQ AALRAQEEEQ RKQAEIERKL QEARKQEAAA KAKAEADRIA AEKAEAEARA KAEAERRKAE EA RKALFAK AGIKDTPGCL EHHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 435603
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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