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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12173 | |||||||||
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タイトル | KBV activated particle at acidic pH | |||||||||
![]() | KBV activated particle at acidic pH | |||||||||
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![]() | Viruses / Riboviria / Orthornavirae / Pisuviricota / Pisoniviricetes / Picornavirales / Dicistroviridae / Aparavirus / Kashmir Bee Virus / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
![]() | Mukhamedova L / Plevka P | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Virion structure and genome release mechanism of dicistrovirus Kashmir bee virus. 著者: Liya Mukhamedova / Tibor Füzik / Jiří Nováček / Dominik Hrebík / Antonín Přidal / Gerardo A Marti / Diego M A Guérin / Pavel Plevka / ![]() ![]() ![]() 要旨: Infections of Kashmir bee virus (KBV) are lethal for honeybees and have been associated with colony collapse disorder. KBV and closely related viruses contribute to the ongoing decline in the number ...Infections of Kashmir bee virus (KBV) are lethal for honeybees and have been associated with colony collapse disorder. KBV and closely related viruses contribute to the ongoing decline in the number of honeybee colonies in North America, Europe, Australia, and other parts of the world. Despite the economic and ecological impact of KBV, its structure and infection process remain unknown. Here we present the structure of the virion of KBV determined to a resolution of 2.8 Å. We show that the exposure of KBV to acidic pH induces a reduction in inter-pentamer contacts within capsids and the reorganization of its RNA genome from a uniform distribution to regions of high and low density. Capsids of KBV crack into pieces at acidic pH, resulting in the formation of open particles lacking pentamers of capsid proteins. The large openings of capsids enable the rapid release of genomes and thus limit the probability of their degradation by RNases. The opening of capsids may be a shared mechanism for the genome release of viruses from the family The western honeybee () is indispensable for maintaining agricultural productivity as well as the abundance and diversity of wild flowering plants. However, bees suffer from environmental pollution, parasites, and pathogens, including viruses. Outbreaks of virus infections cause the deaths of individual honeybees as well as collapses of whole colonies. Kashmir bee virus has been associated with colony collapse disorder in the US, and no cure of the disease is currently available. Here we report the structure of an infectious particle of Kashmir bee virus and show how its protein capsid opens to release the genome. Our structural characterization of the infection process determined that therapeutic compounds stabilizing contacts between pentamers of capsid proteins could prevent the genome release of the virus. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 67.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.7 KB 18.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 18.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 303.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | KBV activated particle at acidic pH | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Kashmir bee virus
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Kashmir bee virus
超分子 | 名称: Kashmir bee virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 68876 / 生物種: Kashmir bee virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 5.932 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Full virus / 直径: 350.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: Structural polyprotein
分子 | 名称: Structural polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.807529 KDa |
配列 | 文字列: INLSNKTDEN TISFFDSGDP ERMNNEALMR GCGEQIVNLR PLLRTFRTIN DNWSLAANTK TPITDLTNTA DAEGRDYMSY LSFLYRFYR GGRRYKFFNT TPLKQSQTCY VRSFLIPRNY TADEINTDGP SHITYPVINP VHEVEVPFYS QYRKIPIAST S DKGYDSSL ...文字列: INLSNKTDEN TISFFDSGDP ERMNNEALMR GCGEQIVNLR PLLRTFRTIN DNWSLAANTK TPITDLTNTA DAEGRDYMSY LSFLYRFYR GGRRYKFFNT TPLKQSQTCY VRSFLIPRNY TADEINTDGP SHITYPVINP VHEVEVPFYS QYRKIPIAST S DKGYDSSL MYYTNVGTQQ IVARAGNDDF TFGWMIGTPQ LQGITKEVAN UniProtKB: Structural polyprotein |
-分子 #2: Structural polyprotein
分子 | 名称: Structural polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 33.335781 KDa |
配列 | 文字列: SKPRNQNQVM PYQNVPGWGY SLYKGIDMSV PLAYDPNNEL GDLRDVFPSA VDEMAIGYVC GNPAIKHVLT WSTTDVVQNP ISNGDDWGG VIPVGMPCYS KTIRAVKGAT STSKTEVMDP APCEYVANLF SYWRATMCYR ITVVKTAFHT GRLEIFFEPG S IPTVRTAD ...文字列: SKPRNQNQVM PYQNVPGWGY SLYKGIDMSV PLAYDPNNEL GDLRDVFPSA VDEMAIGYVC GNPAIKHVLT WSTTDVVQNP ISNGDDWGG VIPVGMPCYS KTIRAVKGAT STSKTEVMDP APCEYVANLF SYWRATMCYR ITVVKTAFHT GRLEIFFEPG S IPTVRTAD NLGPDQTQLN GTIAPSDNNY KYILDLTNDT EVTIKVPYVS NKMFMKTVGI YGAHDEDNWN FDESFTGFLC IR PITKLMA PDTVSQKVSI VVWKWAEDVV VVEPKPLTSG PTQVYNPPAV ARDLVKQIDV SMQ UniProtKB: Structural polyprotein |
-分子 #3: Structural polyprotein
分子 | 名称: Structural polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 34.750039 KDa |
配列 | 文字列: ADNQENDSTN VHNTKLASTS AENAIEKEQI TTFHDVETPN RIDTPMAQDT SSARSMDDTH SIIQFLQRPV LIDNIEIVAG TTADNNTAL SRYVLDRTNP QKYIKQWTLP STVLKAGGKA QKLANFKYLR CDVQVKIVLN ANPFIAGRLY LAYSPYDDKV A PERRIIYT ...文字列: ADNQENDSTN VHNTKLASTS AENAIEKEQI TTFHDVETPN RIDTPMAQDT SSARSMDDTH SIIQFLQRPV LIDNIEIVAG TTADNNTAL SRYVLDRTNP QKYIKQWTLP STVLKAGGKA QKLANFKYLR CDVQVKIVLN ANPFIAGRLY LAYSPYDDKV A PERRIIYT SRAGVTGYPG VELDFQLDNS VEMTIPYASF QEAYDLVSGN EDFVQLYLFT IAPVLGPSAE SANSKVDLSV YM WLDNISL VIPTYRLNPN LPTGQTLTRI VQNSDSDKLK EALKIAKSKN PSGYKYIMGV LEQYNPSVKQ VSMQ UniProtKB: Structural polyprotein |
-分子 #4: Structural polyprotein
分子 | 名称: Structural polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 7.066156 KDa |
配列 | 文字列: IATPNKSKST KPTSENPKIG PISEVASGVK TAANGIERIP VLGEIAKPVT AAVKWFADIV GGVAAIFGW UniProtKB: Structural polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | tissue |
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試料調製
濃度 | 2.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6 |
グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 103.15 K / 最高: 108.15 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8193 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 94.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 4.134 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.214 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.2 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |