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万見
- EMDB-12002: CryoEM structure of the human sodium proton exchanger NHA2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12002
タイトルCryoEM structure of the human sodium proton exchanger NHA2
マップデータ
試料
  • 複合体: Human sodium proton exchanger NHA2
    • タンパク質・ペプチド: Sodium/hydrogen exchanger 9B2
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: TETRADECANE
  • リガンド: UNDECANE
  • リガンド: water
キーワードsecondary active transporter / membrane transport / ion antiport / pH regulation / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lithium:proton antiporter activity / lithium ion transport / positive regulation of osteoclast development / sperm principal piece / sodium ion homeostasis / flagellated sperm motility / sodium:proton antiporter activity / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / clathrin-dependent endocytosis / sodium ion transport ...lithium:proton antiporter activity / lithium ion transport / positive regulation of osteoclast development / sperm principal piece / sodium ion homeostasis / flagellated sperm motility / sodium:proton antiporter activity / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / clathrin-dependent endocytosis / sodium ion transport / monoatomic ion transmembrane transport / mitochondrial membrane / Stimuli-sensing channels / recycling endosome / synaptic vesicle membrane / recycling endosome membrane / basolateral plasma membrane / mitochondrial inner membrane / apical plasma membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium/solute symporter superfamily / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger family
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium/hydrogen exchanger 9B2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Woehlert D / Kuhlbrandt W
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SFB807 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of the human sodium proton exchanger NHA2
著者: Woehlert D / Kuhlbrandt W / Yildiz O
履歴
登録2020年12月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月12日-
マップ公開2022年1月12日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7b4l
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12002.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12002.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.073 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.8 / ムービー #1: 0.8
最小 - 最大-2.1142 - 3.2136207
平均 (標準偏差)0.0006076849 (±0.100409366)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 300.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0731.0731.073
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z300.440300.440300.440
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-2.1143.2140.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12002_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_12002_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_12002_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human sodium proton exchanger NHA2

全体名称: Human sodium proton exchanger NHA2
要素
  • 複合体: Human sodium proton exchanger NHA2
    • タンパク質・ペプチド: Sodium/hydrogen exchanger 9B2
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: TETRADECANE
  • リガンド: UNDECANE
  • リガンド: water

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超分子 #1: Human sodium proton exchanger NHA2

超分子名称: Human sodium proton exchanger NHA2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 150 KDa

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分子 #1: Sodium/hydrogen exchanger 9B2

分子名称: Sodium/hydrogen exchanger 9B2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.611672 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MGDEDKRITY EDSEPSTGMN YTPSMHQEAQ EETVMKLKGI DANEPTEGSI LLKSSEKKLQ ETPTEANHVQ RLRQMLACPP HGLLDRVIT NVTIIVLLWA VVWSITGSEC LPGGNLFGII ILFYCAIIGG KLLGLIKLPT LPPLPSLLGM LLAGFLIRNI P VINDNVQI ...文字列:
MGDEDKRITY EDSEPSTGMN YTPSMHQEAQ EETVMKLKGI DANEPTEGSI LLKSSEKKLQ ETPTEANHVQ RLRQMLACPP HGLLDRVIT NVTIIVLLWA VVWSITGSEC LPGGNLFGII ILFYCAIIGG KLLGLIKLPT LPPLPSLLGM LLAGFLIRNI P VINDNVQI KHKWSSSLRS IALSIILVRA GLGLDSKALK KLKGVCVRLS MGPCIVEACT SALLAHYLLG LPWQWGFILG FV LGAVSPA VVVPSMLLLQ GGGYGVEKGV PTLLMAAGSF DDILAITGFN TCLGIAFSTG STVFNVLRGV LEVVIGVATG SVL GFFIQY FPSRDQDKLV CKRTFLVLGL SVLAVFSSVH FGFPGSGGLC TLVMAFLAGM GWTSEKAEVE KIIAVAWDIF QPLL FGLIG AEVSIASLRP ETVGLCVATV GIAVLIRILT TFLMVCFAGF NLKEKIFISF AWLPKATVQA AIGSVALDTA RSHGE KQLE DYGMDVLTVA FLSILITAPI GSLLIGLLGP RLLQKVEHQN KDEEVQGETS VQV

UniProtKB: Sodium/hydrogen exchanger 9B2

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分子 #2: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #3: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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分子 #4: TETRADECANE

分子名称: TETRADECANE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: C14
分子量理論値: 198.388 Da
Chemical component information

ChemComp-C14:
TETRADECANE / テトラデカン

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分子 #5: UNDECANE

分子名称: UNDECANE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 10 / 式: UND
分子量理論値: 156.308 Da
Chemical component information

ChemComp-UND:
UNDECANE / ウンデカン

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 26 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 4326 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2243669
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 165793
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7b4l:
CryoEM structure of the human sodium proton exchanger NHA2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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