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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11815 | |||||||||
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タイトル | Native-like genome-containing particle of DWV in acidic pH | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | DWV / acidic pH / genome-containing / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell membrane / viral capsid / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / structural molecule activity / proteolysis ...host cell membrane / viral capsid / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Deformed wing virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Skubnik K / Plevka P | |||||||||
資金援助 | チェコ, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Capsid opening enables genome release of iflaviruses. 著者: Karel Škubník / Lukáš Sukeník / David Buchta / Tibor Füzik / Michaela Procházková / Jana Moravcová / Lenka Šmerdová / Antonín Přidal / Robert Vácha / Pavel Plevka / 要旨: The family Iflaviridae includes economically important viruses of the western honeybee such as deformed wing virus, slow bee paralysis virus, and sacbrood virus. Iflaviruses have nonenveloped virions ...The family Iflaviridae includes economically important viruses of the western honeybee such as deformed wing virus, slow bee paralysis virus, and sacbrood virus. Iflaviruses have nonenveloped virions and capsids organized with icosahedral symmetry. The genome release of iflaviruses can be induced in vitro by exposure to acidic pH, implying that they enter cells by endocytosis. Genome release intermediates of iflaviruses have not been structurally characterized. Here, we show that conformational changes and expansion of iflavirus RNA genomes, which are induced by acidic pH, trigger the opening of iflavirus particles. Capsids of slow bee paralysis virus and sacbrood virus crack into pieces. In contrast, capsids of deformed wing virus are more flexible and open like flowers to release their genomes. The large openings in iflavirus particles enable the fast exit of genomes from capsids, which decreases the probability of genome degradation by the RNases present in endosomes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11815.map.gz | 445.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11815-v30.xml emd-11815.xml | 16.7 KB 16.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11815_fsc.xml | 25 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11815.png | 215 KB | ||
Filedesc metadata | emd-11815.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_11815_half_map_1.map.gz emd_11815_half_map_2.map.gz | 507.2 MB 507.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11815 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11815 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11815_validation.pdf.gz | 1016.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11815_full_validation.pdf.gz | 1015.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11815_validation.xml.gz | 27.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11815_validation.cif.gz | 36.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11815 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11815 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11815.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 620.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.063 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_11815_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_11815_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Deformed wing virus
全体 | 名称: Deformed wing virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Deformed wing virus
超分子 | 名称: Deformed wing virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 198112 / 生物種: Deformed wing virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Apis mellifera (セイヨウミツバチ) |
-分子 #1: Genome polyprotein
分子 | 名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Deformed wing virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 28.679273 KDa |
組換発現 | 生物種: Apis mellifera (セイヨウミツバチ) |
配列 | 文字列: GEESRNTTVL DTTTTLQSSG FGRAFFGEAF NDLKTLMRRY QLYGQLLLSV TTDKDIDHCM FTFPCLPQGL ALDIGSAGSP HEIFNRCRD GIIPLIASGY RFYRGDLRYK IVFPSNVNSN IWVQHRPDRR LEGWSAAKIV NCDAVSTGQG VYNHGYASHI Q ITRVNNVI ...文字列: GEESRNTTVL DTTTTLQSSG FGRAFFGEAF NDLKTLMRRY QLYGQLLLSV TTDKDIDHCM FTFPCLPQGL ALDIGSAGSP HEIFNRCRD GIIPLIASGY RFYRGDLRYK IVFPSNVNSN IWVQHRPDRR LEGWSAAKIV NCDAVSTGQG VYNHGYASHI Q ITRVNNVI ELEVPFYNAT CYNYLQAFNA SSAASSYAVS LGEISVGFQA TSDDIASIVN KPVTIYYSIG DGMQFSQWVG YQ PMMILDQ LPAPVVRAVP E UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: Genome polyprotein
分子 | 名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Deformed wing virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 28.3609 KDa |
組換発現 | 生物種: Apis mellifera (セイヨウミツバチ) |
配列 | 文字列: MDNPNPGPDG EGEVELEKDS NVVLTTQRDP STSIPAPVSV KWSRWTSNDV VDDYATITSR WYQIAEFVWS KDDPFDKELA RLILPRALL SSIEANSDAI CDVPNTIPFK VHAYWRGDME VRVQINSNKF QVGQLQATWY YSDHENLNIS SKRSVYGFSQ M DHALISAS ...文字列: MDNPNPGPDG EGEVELEKDS NVVLTTQRDP STSIPAPVSV KWSRWTSNDV VDDYATITSR WYQIAEFVWS KDDPFDKELA RLILPRALL SSIEANSDAI CDVPNTIPFK VHAYWRGDME VRVQINSNKF QVGQLQATWY YSDHENLNIS SKRSVYGFSQ M DHALISAS ASNEAKLVIP FKHVYPFLPT RIVPDWTTGI LDMGALNIRV IAPLRMSATG PTTCNVVVFI KLNNSEFTGT SS GKFYASQ IRAKPE UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #3: Genome polyprotein
分子 | 名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Deformed wing virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 46.697582 KDa |
組換発現 | 生物種: Apis mellifera (セイヨウミツバチ) |
配列 | 文字列: DNPSYQQSPR HFVPTGMHSL ALGTNLVEPL HALRLDAAGT TQHPVGCAPD EDMTVSSIAS RYGLIRRVQW KKDHAKGSLL LQLDADPFV EQRIEGTNPI SLYWFAPVGV VSSMFMQWRG SLEYRFDIIA SQFHTGRLIV GYVPGLTASL QLQMDYMKLK S SSYVVFDL ...文字列: DNPSYQQSPR HFVPTGMHSL ALGTNLVEPL HALRLDAAGT TQHPVGCAPD EDMTVSSIAS RYGLIRRVQW KKDHAKGSLL LQLDADPFV EQRIEGTNPI SLYWFAPVGV VSSMFMQWRG SLEYRFDIIA SQFHTGRLIV GYVPGLTASL QLQMDYMKLK S SSYVVFDL QESNSFTFEV PYVSYRPWWV RKYGGNYLPS STDAPSTLFM YVQVPLIPME AVSDTIDINV YVRGGSSFEV CV PVQPSLG LNWNTDFILR NDEEYRAKTG YAPYYAGVWH SFNNSNSLVF RWGSASDQIA QWPTISVPRG ELAFLRIKDG KQA AVGTQP WRTMVVWPSG HGYNIGIPTY NAERARQLAQ HLYGGGSLTD EKAKQLFVPA NQQGPGKVSN GNPVWEVMRA PLAT QRAHI QDFEFIEAIP E UniProtKB: Genome polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 5.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |