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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11735 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of an extracellular contractile injection system in marine bacterium Algoriphagus machipongonensis, the sheath-tube module in extended state. | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | extracellular contractile injection system / STRUCTURAL PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | Conserved hypothetical protein CHP02241 / Bacteriophage T4, Gp19, tail tube / T4-like virus tail tube protein gp19 / : / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain / structural molecule activity / Phage tail protein / Putative phage tail sheath protein FI 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Algoriphagus machipongonensis (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Xu J / Ericson C | ||||||||||||
資金援助 | スイス, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022 タイトル: Identification and structure of an extracellular contractile injection system from the marine bacterium Algoriphagus machipongonensis. 著者: Jingwei Xu / Charles F Ericson / Yun-Wei Lien / Florentine U N Rutaganira / Fabian Eisenstein / Miki Feldmüller / Nicole King / Martin Pilhofer / 要旨: Contractile injection systems (CISs) are phage tail-like nanomachines, mediating bacterial cell-cell interactions as either type VI secretion systems (T6SSs) or extracellular CISs (eCISs). ...Contractile injection systems (CISs) are phage tail-like nanomachines, mediating bacterial cell-cell interactions as either type VI secretion systems (T6SSs) or extracellular CISs (eCISs). Bioinformatic studies uncovered a phylogenetic group of hundreds of putative CIS gene clusters that are highly diverse and widespread; however, only four systems have been characterized. Here we studied a putative CIS gene cluster in the marine bacterium Algoriphagus machipongonensis. Using an integrative approach, we show that the system is compatible with an eCIS mode of action. Our cryo-electron microscopy structure revealed several features that differ from those seen in other CISs: a 'cap adaptor' located at the distal end, a 'plug' exposed to the tube lumen, and a 'cage' formed by massive extensions of the baseplate. These elements are conserved in other CISs, and our genetic tools identified that they are required for assembly, cargo loading and function. Furthermore, our atomic model highlights specific evolutionary hotspots and will serve as a framework for understanding and re-engineering CISs. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11735.map.gz | 62.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11735-v30.xml emd-11735.xml | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_11735.png | 55.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-11735.cif.gz | 5.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11735 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11735 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11735_validation.pdf.gz | 555.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11735_full_validation.pdf.gz | 555.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11735_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11735_validation.cif.gz | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11735 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11735 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11735.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : The sheath-tube module of an extracellular contractile injection ...
全体 | 名称: The sheath-tube module of an extracellular contractile injection system in marine bacterium Algoriphagus machipongonensis |
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要素 |
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-超分子 #1: The sheath-tube module of an extracellular contractile injection ...
超分子 | 名称: The sheath-tube module of an extracellular contractile injection system in marine bacterium Algoriphagus machipongonensis タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Algoriphagus machipongonensis (バクテリア) |
-分子 #1: Putative phage tail sheath protein FI
分子 | 名称: Putative phage tail sheath protein FI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: the residues (273-449aa) are not built up in the model due to the poor map density. コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Algoriphagus machipongonensis (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 76.319039 KDa |
配列 | 文字列: MATYKTPGVY IEEITKFPPS VAQVETAIPA FIGYTQFART KPSVDSDDLI LKPKRISSLL DFTTYYGGAQ NEQGITVKLT DTLIEGAEN RTINVPEPTF KSPYLMFYSL QMYFANGGGP CYIVSTGVYD DWSDSETPPT INFSDLESGL AVIRKEDEPT L LLFPDATN ...文字列: MATYKTPGVY IEEITKFPPS VAQVETAIPA FIGYTQFART KPSVDSDDLI LKPKRISSLL DFTTYYGGAQ NEQGITVKLT DTLIEGAEN RTINVPEPTF KSPYLMFYSL QMYFANGGGP CYIVSTGVYD DWSDSETPPT INFSDLESGL AVIRKEDEPT L LLFPDATN LPTDDEFYSL YNSALMQCND LQDRFTILDT YSDQTYNDGV EDLDPIPALR NGINLTKDYL KYGAAYYPFV QT ILNYQYS ADEIVIQHLS YNPNAIATAL DNLNAVNGPT FIDAILDDLR DLSLPDISGE ISDAVGFMYD DVDGFDIDGT FTT NSVKVA NFASLVESVL STLNELIDAK EEINKDVNSA IASSEEDNAI KTAISDALDV FNEDFEGADK IESVAKNLSD LLIK IKQAD TNTKVENVLS INALNFSAEF EKLLTYDVNT GLTASVTLDL FANIGTRLDD IIAAVSAAEP IDVNNGKLNG RLLSD IEPL DNATYNTILL EINSHKVTLP PSSSMAGAYA RVDNDRGVWK SPANIGLNYV SKPSVTVSHE EQESMNVHGT GKSVNA IRS FVGKGTLVWG ARTLAGNDNE WRYISVRRFF NMAEESIKKA TEQFVFEPND GNTWVRVRAM IENFLILQWR AGALAGA KP EHAFYVKVGL GQTMTAQDIL EGNMNVEIGL AVVRPAEFII LKFSHKMQES UniProtKB: Putative phage tail sheath protein FI |
-分子 #2: Phage tail protein
分子 | 名称: Phage tail protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Algoriphagus machipongonensis (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 16.375458 KDa |
配列 | 文字列: MSYPLSKFHF SVEWGGTKIG FTEVSGLDLE TEIIEYRHGA SPEYSKIKMP GMQKFSNITL KRGTFKSDNE YFQWYNTINL NKVERRDLT ISLLNEEHEP VVTWKVKNAW PLKVQSTDLK GDGNEVAIES MELAHEGLVI QNE UniProtKB: Phage tail protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 40.8 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 20.54 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C6 (6回回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 225305 |
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初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-7ae0: |