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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11713 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of accomodated trans-translation complex on E. Coli stalled ribosome. | |||||||||||||||
マップデータ | Sharpened not masked map | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Trans-translation / tmRNA / SmpB / Ribosome / TRANSLATION | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trans-translation / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity ...trans-translation / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / ribosomal large subunit assembly / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / translational initiation / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / molecular adaptor activity / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Guyomar C / D'Urso G | |||||||||||||||
資金援助 | フランス, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structures of tmRNA and SmpB as they transit through the ribosome. 著者: Charlotte Guyomar / Gaetano D'Urso / Sophie Chat / Emmanuel Giudice / Reynald Gillet / 要旨: In bacteria, trans-translation is the main rescue system, freeing ribosomes stalled on defective messenger RNAs. This mechanism is driven by small protein B (SmpB) and transfer-messenger RNA (tmRNA), ...In bacteria, trans-translation is the main rescue system, freeing ribosomes stalled on defective messenger RNAs. This mechanism is driven by small protein B (SmpB) and transfer-messenger RNA (tmRNA), a hybrid RNA known to have both a tRNA-like and an mRNA-like domain. Here we present four cryo-EM structures of the ribosome during trans-translation at resolutions from 3.0 to 3.4 Å. These include the high-resolution structure of the whole pre-accommodated state, as well as structures of the accommodated state, the translocated state, and a translocation intermediate. Together, they shed light on the movements of the tmRNA-SmpB complex in the ribosome, from its delivery by the elongation factor EF-Tu to its passage through the ribosomal A and P sites after the opening of the B1 bridges. Additionally, we describe the interactions between the tmRNA-SmpB complex and the ribosome. These explain why the process does not interfere with canonical translation. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11713.map.gz | 376.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11713-v30.xml emd-11713.xml | 88.5 KB 88.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11713_fsc.xml | 17 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11713.png | 178.6 KB | ||
マスクデータ | emd_11713_msk_1.map | 421.9 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-11713.cif.gz | 15.6 KB | ||
その他 | emd_11713_additional_1.map.gz emd_11713_half_map_1.map.gz emd_11713_half_map_2.map.gz | 336.9 MB 337.9 MB 338.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11713 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11713 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11713.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened not masked map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_11713_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_11713_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_11713_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_11713_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Structure of accomodated trans-translation complex on E. Coli sta...
+超分子 #1: Structure of accomodated trans-translation complex on E. Coli sta...
+超分子 #2: tmRNA
+超分子 #3: SsrA-binding protein
+超分子 #4: tRNA, mRNA
+超分子 #5: Ribosome
+分子 #1: 23S ribosomal RNA
+分子 #2: 16S ribosomal RNA
+分子 #3: 5S ribosomal RNA
+分子 #4: transfer-messenger RNA (tmRNA)
+分子 #6: tRNA-Phe
+分子 #7: mRNA
+分子 #5: SsrA-binding protein
+分子 #8: 50S ribosomal protein L27
+分子 #9: 50S ribosomal protein L2
+分子 #10: 50S ribosomal protein L3
+分子 #11: 50S ribosomal protein L4
+分子 #12: 50S ribosomal protein L5
+分子 #13: 50S ribosomal protein L6
+分子 #14: 50S ribosomal protein L9
+分子 #15: 50S ribosomal protein L10
+分子 #16: 50S ribosomal protein L13
+分子 #17: 50S ribosomal protein L14
+分子 #18: 50S ribosomal protein L15
+分子 #19: 50S ribosomal protein L16
+分子 #20: 50S ribosomal protein L17
+分子 #21: 50S ribosomal protein L18
+分子 #22: 50S ribosomal protein L19
+分子 #23: 50S ribosomal protein L20
+分子 #24: 50S ribosomal protein L21
+分子 #25: 50S ribosomal protein L22
+分子 #26: 50S ribosomal protein L23
+分子 #27: 50S ribosomal protein L24
+分子 #28: 50S ribosomal protein L25
+分子 #29: Nascent peptide
+分子 #30: 50S ribosomal protein L28
+分子 #31: 50S ribosomal protein L29
+分子 #32: 50S ribosomal protein L30
+分子 #33: 50S ribosomal protein L31
+分子 #34: 50S ribosomal protein L32
+分子 #35: 50S ribosomal protein L33
+分子 #36: 50S ribosomal protein L34
+分子 #37: 50S ribosomal protein L35
+分子 #38: 50S ribosomal protein L36
+分子 #39: 30S ribosomal protein S2
+分子 #40: 30S ribosomal protein S3
+分子 #41: 30S ribosomal protein S4
+分子 #42: 30S ribosomal protein S5
+分子 #43: 30S ribosomal protein S6
+分子 #44: 30S ribosomal protein S7
+分子 #45: 30S ribosomal protein S8
+分子 #46: 30S ribosomal protein S9
+分子 #47: 30S ribosomal protein S10
+分子 #48: 30S ribosomal protein S11
+分子 #49: 30S ribosomal protein S12
+分子 #50: 30S ribosomal protein S13
+分子 #51: 30S ribosomal protein S14
+分子 #52: 30S ribosomal protein S15
+分子 #53: 30S ribosomal protein S16
+分子 #54: 30S ribosomal protein S17
+分子 #55: 30S ribosomal protein S18
+分子 #56: 30S ribosomal protein S19
+分子 #57: 30S ribosomal protein S20
+分子 #58: 30S ribosomal protein S21
+分子 #59: MAGNESIUM ION
+分子 #60: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: 10mA | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: blot for 3.5 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / 実像数: 22350 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 29.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -2.0 µm 最小 デフォーカス(公称値): -0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |