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万見
- EMDB-1143: Structure of the E. coli protein-conducting channel bound to a tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1143
タイトルStructure of the E. coli protein-conducting channel bound to a translating ribosome.
マップデータEM map of the E.coli proten-conducting channel bound to a translating ribosome
試料
  • 試料: co-translational E. coli 70S ribosome-nascent chain complexed with SecYEG
  • 複合体: 30S
  • 複合体: 50S
  • RNA: A-site tRNA
  • RNA: P-site tRNA
  • RNA: E-site tRNA
  • RNA: mRNA
  • タンパク質・ペプチド: protein-conducting channel
  • タンパク質・ペプチド: nascent chain
機能・相同性
機能・相同性情報


protein insertion into membrane from inner side / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein-transporting ATPase activity / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding ...protein insertion into membrane from inner side / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein-transporting ATPase activity / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / protein transmembrane transporter activity / RNA folding / protein secretion / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / protein targeting / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / membrane => GO:0016020 / translational termination / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / response to reactive oxygen species / transcription antitermination / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / intracellular protein transport / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / protein homodimerization activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Preprotein translocase SecG subunit / Preprotein translocase SecG subunit / SecE subunit of protein translocation complex, bacterial-like / SecE superfamily / Protein translocase subunit SecY / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit ...Preprotein translocase SecG subunit / Preprotein translocase SecG subunit / SecE subunit of protein translocation complex, bacterial-like / SecE superfamily / Protein translocase subunit SecY / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L11, conserved site / : / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Protein translocase subunit SecY / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL12 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 ...Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Protein translocase subunit SecY / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL12 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Protein translocase subunit SecE / Protein-export membrane protein SecG / Protein translocase subunit SecY / Large ribosomal subunit protein uL18 / Protein translocase subunit SecE / Protein-export membrane protein SecG / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.9 Å
データ登録者Mitra K / Schaffitzel C / Shaikh T / Tama F / Jenni S / Brooks III CL / Ban N / Frank J
引用ジャーナル: Nature / 年: 2005
タイトル: Structure of the E. coli protein-conducting channel bound to a translating ribosome.
著者: Kakoli Mitra / Christiane Schaffitzel / Tanvir Shaikh / Florence Tama / Simon Jenni / Charles L Brooks / Nenad Ban / Joachim Frank /
要旨: Secreted and membrane proteins are translocated across or into cell membranes through a protein-conducting channel (PCC). Here we present a cryo-electron microscopy reconstruction of the Escherichia ...Secreted and membrane proteins are translocated across or into cell membranes through a protein-conducting channel (PCC). Here we present a cryo-electron microscopy reconstruction of the Escherichia coli PCC, SecYEG, complexed with the ribosome and a nascent chain containing a signal anchor. This reconstruction shows a messenger RNA, three transfer RNAs, the nascent chain, and detailed features of both a translocating PCC and a second, non-translocating PCC bound to mRNA hairpins. The translocating PCC forms connections with ribosomal RNA hairpins on two sides and ribosomal proteins at the back, leaving a frontal opening. Normal mode-based flexible fitting of the archaeal SecYEbeta structure into the PCC electron microscopy densities favours a front-to-front arrangement of two SecYEG complexes in the PCC, and supports channel formation by the opening of two linked SecY halves during polypeptide translocation. On the basis of our observation in the translocating PCC of two segregated pores with different degrees of access to bulk lipid, we propose a model for co-translational protein translocation.
履歴
登録2005年8月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2005年8月3日-
マップ公開2006年6月13日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 50
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 50
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  • 原子モデル: PDB-2akh, PDB-2aki, PDB-4v4w
  • 表面レベル: 50
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-2akh
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-2aki
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4v4w
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1143.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1143.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM map of the E.coli proten-conducting channel bound to a translating ribosome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.82 Å/pix.
x 121 pix.
= 341.22 Å		2.82 Å/pix.
x 121 pix.
= 341.22 Å		2.82 Å/pix.
x 121 pix.
= 341.22 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ
XYZ
EMDB情報2.822.822.82
CCP4マップ ヘッダ情報2.822.822.82
EM Navigator ムービー #13.593.593.59
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 46.100000000000001 / ムービー #1: 50
最小 - 最大-299.713999999999999 - 454.814999999999998
平均 (標準偏差)5.83623 (±33.8063)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-60-60-60
サイズ121121121
Spacing121121121
セルA=B=C: 341.22 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.822.822.82
M x/y/z121121121
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z341.220341.220341.220
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-90-90-190
NX/NY/NZ180180380
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-60-60-60
NC/NR/NS121121121
D min/max/mean-299.714454.8155.836

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : co-translational E. coli 70S ribosome-nascent chain complexed wit...

全体名称: co-translational E. coli 70S ribosome-nascent chain complexed with SecYEG
要素
  • 試料: co-translational E. coli 70S ribosome-nascent chain complexed with SecYEG
  • 複合体: 30S
  • 複合体: 50S
  • RNA: A-site tRNA
  • RNA: P-site tRNA
  • RNA: E-site tRNA
  • RNA: mRNA
  • タンパク質・ペプチド: protein-conducting channel
  • タンパク質・ペプチド: nascent chain

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超分子 #1000: co-translational E. coli 70S ribosome-nascent chain complexed wit...

超分子名称: co-translational E. coli 70S ribosome-nascent chain complexed with SecYEG
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 8

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超分子 #1: 30S

超分子名称: 30S / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: small subunit / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: SSU 30S
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #2: 50S

超分子名称: 50S / タイプ: complex / ID: 2 / Name.synonym: large subunit / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: LSU 50S
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: A-site tRNA

分子名称: A-site tRNA / タイプ: rna / ID: 1 / 分類: OTHER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #2: P-site tRNA

分子名称: P-site tRNA / タイプ: rna / ID: 2 / 分類: OTHER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #3: E-site tRNA

分子名称: E-site tRNA / タイプ: rna / ID: 3 / 分類: OTHER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #4: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 4 / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #5: protein-conducting channel

分子名称: protein-conducting channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: translocon, SecYEG / コピー数: 2 / 集合状態: dimer of heterotrimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: translocon / 細胞中の位置: inner membrane
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #6: nascent chain

分子名称: nascent chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 詳細: Strep-II-FtsQ-SecM construct / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: unidentified (未定義) / 別称: translocon

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: two sided blotting plunger
手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
温度平均: 93 K
日付2004年3月9日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 385 / 平均電子線量: 11 e/Å2 / Od range: 1.2 / ビット/ピクセル: 12
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 39000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 39000
試料ステージ試料ホルダー: Cryo stage / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: defocus groups
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER package
詳細: The falloff of Fourier amplitudes toward higher spatial frequencies was corrected using the x-ray solution scattering intensity distribution of 70S ribosomes from E. coli during each round of refinement
使用した粒子像数: 53325
最終 角度割当詳細: SPIDER: theta 15 degrees, phi 15 degrees

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原子モデル構築 1

詳細Protocol: normal mode-based flexible fitting. Fitting of SecYEG atomic model into isolated EM density of protein-conducting channels
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-2akh:
Normal mode-based flexible fitted coordinates of a non-translocating SecYEG protein-conducting channel into the cryo-EM map of a SecYEG-nascent chain-70S ribosome complex from E. coli

PDB-2aki:
Normal mode-based flexible fitted coordinates of a translocating SecYEG protein-conducting channel into the cryo-EM map of a SecYEG-nascent chain-70S ribosome complex from E. coli

PDB-4v4w:
Structure of a SecM-stalled E. coli ribosome complex obtained by fitting atomic models for RNA and protein components into cryo-EM map EMD-1143

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原子モデル構築 2

詳細Protocol: normal mode-based flexible fitting. Fitting of SecYEG atomic model into isolated EM density of protein-conducting channels
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-2akh:
Normal mode-based flexible fitted coordinates of a non-translocating SecYEG protein-conducting channel into the cryo-EM map of a SecYEG-nascent chain-70S ribosome complex from E. coli

PDB-2aki:
Normal mode-based flexible fitted coordinates of a translocating SecYEG protein-conducting channel into the cryo-EM map of a SecYEG-nascent chain-70S ribosome complex from E. coli

PDB-4v4w:
Structure of a SecM-stalled E. coli ribosome complex obtained by fitting atomic models for RNA and protein components into cryo-EM map EMD-1143

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原子モデル構築 3

ソフトウェア名称: RSR2000
詳細Protocol: real space refinement
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: R-factor
得られたモデル

PDB-2akh:
Normal mode-based flexible fitted coordinates of a non-translocating SecYEG protein-conducting channel into the cryo-EM map of a SecYEG-nascent chain-70S ribosome complex from E. coli

PDB-2aki:
Normal mode-based flexible fitted coordinates of a translocating SecYEG protein-conducting channel into the cryo-EM map of a SecYEG-nascent chain-70S ribosome complex from E. coli

PDB-4v4w:
Structure of a SecM-stalled E. coli ribosome complex obtained by fitting atomic models for RNA and protein components into cryo-EM map EMD-1143

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原子モデル構築 4

ソフトウェア名称: RSR2000
詳細Protocol: real space refinement
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: R-factor
得られたモデル

PDB-2akh:
Normal mode-based flexible fitted coordinates of a non-translocating SecYEG protein-conducting channel into the cryo-EM map of a SecYEG-nascent chain-70S ribosome complex from E. coli

PDB-2aki:
Normal mode-based flexible fitted coordinates of a translocating SecYEG protein-conducting channel into the cryo-EM map of a SecYEG-nascent chain-70S ribosome complex from E. coli

PDB-4v4w:
Structure of a SecM-stalled E. coli ribosome complex obtained by fitting atomic models for RNA and protein components into cryo-EM map EMD-1143

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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