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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11317 | |||||||||
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タイトル | The pointed end complex of dynactin bound to BICDR1 | |||||||||
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![]() | Dynactin / Complex / Scaffold / Cytoskeleton / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Golgi to secretory granule transport / retrograde axonal transport of mitochondrion / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / EPHB-mediated forward signaling / Adherens junctions interactions / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Cell-extracellular matrix interactions / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs ...Golgi to secretory granule transport / retrograde axonal transport of mitochondrion / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / EPHB-mediated forward signaling / Adherens junctions interactions / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Cell-extracellular matrix interactions / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / MAP2K and MAPK activation / UCH proteinases / Clathrin-mediated endocytosis / RHOF GTPase cycle / dynactin complex / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / vesicle transport along microtubule / dense body / dynein complex / Neutrophil degranulation / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / COPI-mediated anterograde transport / dynein complex binding / NuA4 histone acetyltransferase complex / dynactin binding / stress fiber / axon cytoplasm / sarcomere / axonogenesis / mitotic spindle organization / cell motility / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / kinetochore / small GTPase binding / neuron projection development / actin cytoskeleton / cell cortex / microtubule / cytoskeleton / hydrolase activity / axon / focal adhesion / centrosome / synapse / protein kinase binding / protein-containing complex / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
![]() | Lau CK / Lacey SE | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM reveals the complex architecture of dynactin's shoulder region and pointed end. 著者: Clinton K Lau / Francis J O'Reilly / Balaji Santhanam / Samuel E Lacey / Juri Rappsilber / Andrew P Carter / ![]() ![]() 要旨: Dynactin is a 1.1 MDa complex that activates the molecular motor dynein for ultra-processive transport along microtubules. In order to do this, it forms a tripartite complex with dynein and a coiled- ...Dynactin is a 1.1 MDa complex that activates the molecular motor dynein for ultra-processive transport along microtubules. In order to do this, it forms a tripartite complex with dynein and a coiled-coil adaptor. Dynactin consists of an actin-related filament whose length is defined by its flexible shoulder domain. Despite previous cryo-EM structures, the molecular architecture of the shoulder and pointed end of the filament is still poorly understood due to the lack of high-resolution information in these regions. Here we combine multiple cryo-EM datasets and define precise masking strategies for particle signal subtraction and 3D classification. This overcomes domain flexibility and results in high-resolution maps into which we can build the shoulder and pointed end. The unique architecture of the shoulder securely houses the p150 subunit and positions the four identical p50 subunits in different conformations to bind dynactin's filament. The pointed end map allows us to build the first structure of p62 and reveals the molecular basis for cargo adaptor binding to different sites at the pointed end. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 62.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 30.2 KB 30.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 40.9 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 67 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 8.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 61.7 MB 51.7 MB 51.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 760 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 759.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Main map filtered to 6 Angstrom and not sharpened
ファイル | emd_11317_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Main map filtered to 6 Angstrom and not sharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_11317_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_11317_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Dynein-Dynactin-BICDR1 complex
+超分子 #1: Dynein-Dynactin-BICDR1 complex
+超分子 #2: Dynactin
+超分子 #3: BICDR1
+分子 #1: ARP1 actin related protein 1 homolog A
+分子 #2: Actin, cytoplasmic 1
+分子 #3: Arp11
+分子 #4: Dynactin subunit 2
+分子 #5: Dynactin 6
+分子 #6: Dynactin subunit 5
+分子 #7: BICD family-like cargo adapter 1,BICD family-like cargo adapter 1...
+分子 #8: Dynactin subunit 4
+分子 #9: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #10: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #11: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+
画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-6znm: |