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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10893 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of GldLM, the proton-powered motor that drives protein transport and gliding motility | ||||||||||||
マップデータ | post processed volume | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | membrane protein complex ion-driven motor / MOTOR PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Hennell James R / Deme JC | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020 タイトル: Structure of a proton-powered molecular motor that drives protein transport and gliding motility 著者: Hennell James R / Deme JC / Kjaer A / Alcock F / Silale A / Lauber F / Bersk BC / Lea SM | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10893.map.gz | 5.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10893-v30.xml emd-10893.xml | 21.7 KB 21.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10893_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10893.png | 167.6 KB | ||
マスクデータ | emd_10893_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-10893.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_10893_additional_1.map.gz emd_10893_additional_2.map.gz emd_10893_half_map_1.map.gz emd_10893_half_map_2.map.gz | 49.4 MB 42.2 MB 49.6 MB 49.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10893 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10893 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10893_validation.pdf.gz | 189.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10893_full_validation.pdf.gz | 189.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10893_validation.xml.gz | 503 B | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10893_validation.cif.gz | 373 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10893 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10893 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10893.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | post processed volume | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.822 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10893_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: 3D refinement volume
ファイル | emd_10893_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | 3D refinement volume | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: RELION local resolution filtered volume
ファイル | emd_10893_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | RELION local resolution filtered volume | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map
ファイル | emd_10893_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map
ファイル | emd_10893_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : GldLM
全体 | 名称: GldLM |
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要素 |
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-超分子 #1: GldLM
超分子 | 名称: GldLM / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) |
-分子 #1: GldM
分子 | 名称: GldM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 54.8565 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAGGKLTPRQ KMINLMYLVF IAMLAMNVSK EVISAFGLMN EKFEAANTSS VTTNESLLTS LDQKAAEAKG EFAKAAETAH KVQAASKEF YDYIGTLKTQ AVKGFEVDKE TGKMPYEAMD RGDNIDDWFT GDGYTKKGNE IIAKIEKYKS DIKAALGTDK K YAGIISEV ...文字列: MAGGKLTPRQ KMINLMYLVF IAMLAMNVSK EVISAFGLMN EKFEAANTSS VTTNESLLTS LDQKAAEAKG EFAKAAETAH KVQAASKEF YDYIGTLKTQ AVKGFEVDKE TGKMPYEAMD RGDNIDDWFT GDGYTKKGNE IIAKIEKYKS DIKAALGTDK K YAGIISEV EKKFDVSDVK NKEGIKEKYL AYHFKGFPAI ASAAKLSAWQ NDVKKTEADV YNSALGKAAV AAASYSNYQA IV VLDKNAY FQGEKVTGKV VLGRYDENTK PTSFQGPGQI VNGQAVISLT AGGVGEQDIN GQFTFLEDGK NIPLKFSGKY VVV PRPNSA TISADKMNVV YRGVVNPISV SFAGVDANKI VASAPGLSSA GKPGKYNMSP GQGTEATISV TGTLPNGDKV TDKK TFRIK GIPGPTGTIR GEMGVVKGPK SNLEIATIGA KLLDFDFEVG LDVVGFNMKI AGQPTVVVTG NKMNAQCKSV LARAG KGDQ VTISEIKTKL VGAGSYLLPR TAPVIYEIQ UniProtKB: GldM |
-分子 #2: GldL
分子 | 名称: GldL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 22.786209 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MALLSKKVMN FAYGMGAAVV IVGALFKITH FEIGPLTGTV MLSIGLLTEA LIFALSAFEP VEDELDWTLV YPELANGQAR KKEAKAETA TDAQGLLSQK LDAMLKEAKV DGELMASLGN SIKNFEGAAK AISPTVDSIA GQKKYAEEMS MAAAQMESLN S LYKVQLES ...文字列: MALLSKKVMN FAYGMGAAVV IVGALFKITH FEIGPLTGTV MLSIGLLTEA LIFALSAFEP VEDELDWTLV YPELANGQAR KKEAKAETA TDAQGLLSQK LDAMLKEAKV DGELMASLGN SIKNFEGAAK AISPTVDSIA GQKKYAEEMS MAAAQMESLN S LYKVQLES ASRNAQANSE IAENAAKLKE QMASMTANIA SLNSVYGGML SAMSNKG UniProtKB: GldL |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 0.0003 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.0001 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-6ys8: |