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- PDB-5ups: Acyl-CoA synthetase PtmA2 from Streptomyces platensis in complex ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ups | ||||||
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Title | Acyl-CoA synthetase PtmA2 from Streptomyces platensis in complex with SBNP663 ligand | ||||||
![]() | Acyl-CoA synthetase PtmA2 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / ACYL-COA SYNTHETASE / PTMA2 / STRUCTURAL GENOMICS / APC109894 / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Osipiuk, J. / Hatzos-Skintges, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Rudolf, J.D. / Chang, C.-Y. / Ma, M. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A. ...Osipiuk, J. / Hatzos-Skintges, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Rudolf, J.D. / Chang, C.-Y. / Ma, M. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro) | ||||||
![]() | ![]() Title: Natural separation of the acyl-CoA ligase reaction results in a non-adenylating enzyme. Authors: Wang, N. / Rudolf, J.D. / Dong, L.B. / Osipiuk, J. / Hatzos-Skintges, C. / Endres, M. / Chang, C.Y. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Phillips, G.N. / Shen, B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 340 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 43.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 66.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5e7qSC ![]() 5upqC ![]() 5uptC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 57467.809 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Plasmid: pMCSG68 Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A0A0A0V031 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-FMT / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.83 Å3/Da / Density % sol: 67.86 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.2 / Details: 0.2 M sodium formate, 20% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 8, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.05→50 Å / Num. obs: 108962 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.122 / Χ2: 1.516 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 939293 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5e7q Resolution: 2.05→48.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 5.851 / SU ML: 0.08 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.115 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 91.26 Å2 / Biso mean: 40.071 Å2 / Biso min: 26.24 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.05→48.3 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.05→2.103 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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