PDB-6pmp: Crystal structure of a fragment of rat phospholipase Cepsilon EF3-RA1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pmp

タイトル

Crystal structure of a fragment of rat phospholipase Cepsilon EF3-RA1

要素

1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase epsilon-1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / phospholipase / lipase / TIM barrel / Ras-association domain

機能・相同性

機能・相同性情報

Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / : / regulation of Ras protein signal transduction / phosphoinositide phospholipase C / diacylglycerol biosynthetic process / phosphatidylinositol phospholipase C activity / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / phospholipase C activity / glomerulus development / regulation of protein kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.73 Å

データ登録者

Rugema, N.Y. / Lyon, A.M.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	1R01HL141076-01	米国
American Heart Association	16SDG29930017	米国
American Cancer Society	IRG-14-190-56	米国

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Structure of phospholipase C epsilon reveals an integrated RA1 domain and previously unidentified regulatory elements.
著者: Rugema, N.Y. / Garland-Kuntz, E.E. / Sieng, M. / Muralidharan, K. / Van Camp, M.M. / O'Neill, H. / Mbongo, W. / Selvia, A.F. / Marti, A.T. / Everly, A. / McKenzie, E. / Lyon, A.M.

履歴

登録	2019年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6pmp.ent.gz	816.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6pmp_validation.pdf.gz	250.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pmp_full_validation.pdf.gz	250.1 KB	表示
XML形式データ	6pmp_validation.xml.gz	1 KB	表示
CIF形式データ	6pmp_validation.cif.gz	22.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/6pmp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/6pmp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ohm PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2xr9-d 5dlt-d 5ijq-d 5m0s-d 5ca7-d 6v65-d 5m0d-d 3ogr-d 5cp2-d 5gz5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (10) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (5) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (5)

登録構造単位

A: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase epsilon-1

B: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase epsilon-1

C: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase epsilon-1

D: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase epsilon-1

ヘテロ分子

370 kDa, 4 ポリマー
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1

A: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase epsilon-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS, Gel filtration, SAXS, and single particle negative stain electron microscopy demonstrate the protein is a monomer.
92.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase epsilon-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
92.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase epsilon-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
92.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase epsilon-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
92.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	93.572, 127.755, 139.337
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.12, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	A	A	1303 - 2091	23 - 811
2	1	GLN	GLN	B	B	1303 - 2091	23 - 811
1	2	PRO	PRO	A	A	1303 - 2090	23 - 810
2	2	PRO	PRO	C	C	1303 - 2090	23 - 810
1	3	LYS	LYS	A	A	1303 - 2089	23 - 809
2	3	LYS	LYS	D	D	1303 - 2089	23 - 809
1	4	PRO	PRO	B	B	1303 - 2090	23 - 810
2	4	PRO	PRO	C	C	1303 - 2090	23 - 810
1	5	LEU	LEU	B	B	1303 - 2088	23 - 808
2	5	LEU	LEU	D	D	1303 - 2088	23 - 808
1	6	LYS	LYS	C	C	1303 - 2089	23 - 809
2	6	LYS	LYS	D	D	1303 - 2089	23 - 809

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase epsilon-1 / Phosphoinositide phospholipase C-epsilon-1 / Phospholipase C-epsilon-1 / PLC-epsilon-1 分子量: 92569.664 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Plce1, Plce 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q99P84, phosphoinositide phospholipase C
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.27 %
結晶化	温度: 285.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 6.25% PEG 4000, 100 mM MES pH 6.00, 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.03 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.73→136.72 Å / Num. obs: 84933 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.971 / R_merge(I) obs: 0.268 / R_pim(I) all: 0.171 / R_rim(I) all: 0.319 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 288747 / Scaling rejects: 500

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.73-2.88	3.5	1.794	43223	12359	0.334	1.122	2.12	1.1	99.7
8.64-136.72	3.3	0.049	9194	2783	0.996	0.031	0.058	14.9	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
Aimless	0.7.3	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
DIALS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3OHM

3ohm
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.73→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 51.094 / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.22 / ESU R Free: 0.376 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27278	4196	5 %	RANDOM
R_work	0.23397	-	-	-
obs	0.23591	80469	99.27 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.286 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6 Å²	0 Å²	-0.12 Å²
2-	-	-0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.73→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19622	0	4	67	19693

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	20066
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.017	18612
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.714	1.642	27127
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.253	1.571	43386
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.843	5	2415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.789	22.812	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.656	15	3579
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.928	15	115
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	2599
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	22053
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	4080
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.157	1.346	9741
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.157	1.345	9740
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.007	2.005	12129
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.007	2.005	12130
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.073	1.464	10325
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.073	1.464	10326
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.867	2.14	14999
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.329	14.579	20707
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.329	14.585	20703
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	19009	0.07
1	2	B	19009	0.07
2	1	A	18769	0.08
2	2	C	18769	0.08
3	1	A	18860	0.07
3	2	D	18860	0.07
4	1	B	18876	0.07
4	2	C	18876	0.07
5	1	B	18839	0.07
5	2	D	18839	0.07
6	1	C	18749	0.07
6	2	D	18749	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.732→2.802 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.381	290	-
R_work	0.327	5829	-
obs	-	-	99.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9208	0.583	0.76	2.3852	-0.0765	4.4856	-0.0558	-0.3221	-0.0215	0.141	-0.0408	0.4282	-0.2548	-0.6651	0.0966	0.362	0.086	0.1454	0.4274	0.037	0.8935	19.798	-33.505	22.119
2	0.4475	0.3974	-0.3227	1.6989	-0.4318	0.3997	-0.0542	-0.0225	-0.0252	0.064	0.0131	-0.1376	-0.0109	0.0948	0.041	0.0727	-0.0033	0.0699	0.3064	-0.0226	1.0245	44.05	-16.09	4.024
3	4.155	2.3777	-3.5745	2.5961	0.0967	6.9738	-0.2097	-0.165	-0.1994	-0.0633	-0.141	-0.1468	0.5717	0.1229	0.3507	0.476	0.1069	0.1165	0.4714	0.03	1.036	69.856	18.56	-14.498
4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.6362	0	0	0.6362	0	0.6362	0	0	0
5	6.0886	0.4309	0.4779	0.6933	-0.4118	5.3404	-0.0273	-0.2973	0.0657	0.2961	-0.0835	-0.3761	0.1939	0.6845	0.1109	0.3769	-0.0156	0.0143	0.41	-0.0049	0.887	24.596	-4.402	24.028
6	1.3078	0.6948	0.3007	2.0041	0.4533	0.2773	-0.0232	-0.0013	-0.1386	-0.0607	0.0402	0.1165	-0.0546	-0.1207	-0.017	0.0319	-0.0258	0.07	0.3425	0.0404	1.0454	1.027	-22.193	-3.956
7	6.5258	0.1628	7.1017	0.0068	0.1844	7.7699	-0.4421	-0.1572	0.3704	-0.0437	0.0084	0.0322	-0.6478	-0.2174	0.4337	0.7296	0.0754	0.0601	0.2721	-0.1042	1.0883	-20.836	-55.714	-18.122
8	1.704	0.2709	-0.327	0.5867	1.2834	4.4449	0.1331	-0.328	-0.041	0.3	-0.0827	0.1509	0.2247	-0.4503	-0.0504	0.4389	-0.022	0.1882	0.4945	0.039	0.9818	3.829	-9.19	33.536
9	4.5116	-0.9556	0.4057	2.4184	1.2165	5.3466	0.0822	-0.4172	0.2465	0.2725	-0.3245	0.6523	-0.0507	-0.7036	0.2423	0.3161	0.0125	0.2179	0.4903	-0.0412	1.1239	7.99	-28.261	92.471
10	1.1746	0.6262	-0.3786	1.594	-0.4903	0.4341	-0.0386	-0.1236	0.0957	-0.0593	-0.0127	-0.0899	0.0519	0.0873	0.0513	0.009	-0.0098	0.0515	0.3716	-0.0285	1.1344	32.145	-9.918	64.986
11	0.1433	0.1201	0.0856	1.078	0.9752	0.9207	0.19	-0.1165	-0.1261	-0.1805	-0.4278	-0.0456	-0.1655	-0.4064	0.2378	0.3244	-0.0275	0.0435	0.2256	0.0171	1.7014	45.295	5.172	45.713
12	1.1521	0.987	-0.3988	0.9759	0.0207	5.3729	0.2292	-0.3195	0.0952	0.4235	-0.2046	0.0024	0.3291	0.8931	-0.0246	0.4426	0.0494	0.0365	0.569	0.0689	1.077	28.23	-22.981	100.736
13	5.9287	0.4055	0.5205	3.3526	1.076	5.9099	-0.0313	-0.6698	0.2149	0.0405	-0.1627	-0.75	0.3226	0.4798	0.194	0.2928	0.099	0.021	0.5668	0.0816	1.1264	12.831	0.494	90.302
14	0.8286	0.6195	0.3411	2.23	0.147	0.1757	-0.01	-0.0096	-0.0237	-0.0201	0.044	0.1438	-0.0185	-0.0849	-0.0341	0.0407	-0.0244	0.0822	0.3499	0.0169	1.1197	-11.573	-19.664	65.775
15	5.3381	1.2241	3.9435	1.9877	-1.5987	6.6387	-0.2634	-0.036	0.2794	-0.0034	0.1476	0.1333	-0.4335	-0.3437	0.1158	0.5396	0.0828	0.0573	0.5131	-0.0214	1.1084	-35.879	-51.414	54.019
16	3.49	1.5636	1.6307	0.7656	0.3862	2.6367	0.535	-1.231	0.112	0.2423	-0.5436	0.0807	0.2944	-0.7428	0.0086	0.2559	-0.0896	0.1874	0.9185	-0.0467	1.1201	-7.13	-2.602	99.906
17	0.0861	-0.0483	-0.1527	0.083	-0.029	0.5104	0.0183	-0.0245	-0.0135	-0.0091	0.027	0.023	-0.0415	0.0462	-0.0453	0.095	-0.0373	0.0352	0.2675	0.012	0.862	22.529	-11.705	31.557

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1303 - 1360
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1361 - 1523
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1637 - 2100
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1524 - 1636
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	1985 - 2096
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1303 - 1360
7	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1361 - 1523
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1637 - 1984
9	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1524 - 1636
10	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1985 - 2100
11	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1303 - 1360
12	X-RAY DIFFRACTION	10	C	1361 - 1523
13	X-RAY DIFFRACTION	10	C	1637 - 1984
14	X-RAY DIFFRACTION	11	C	1524 - 1636
15	X-RAY DIFFRACTION	12	C	1985 - 2100
16	X-RAY DIFFRACTION	13	D	1303 - 1360
17	X-RAY DIFFRACTION	14	D	1361 - 1523
18	X-RAY DIFFRACTION	14	D	1637 - 1984
19	X-RAY DIFFRACTION	15	D	1524 - 1636
20	X-RAY DIFFRACTION	16	D	1985 - 2100
21	X-RAY DIFFRACTION	17	F	1 - 93

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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