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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1080 | |||||||||
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タイトル | A 11.5 A single particle reconstruction of GroEL using EMAN. | |||||||||
マップデータ | This is the volumetric data for our published 11.5 A resolution reconstruction of GroEL. Note that newer EMAN releases can refine the same data to ~9 A resolution. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Ludtke SJ / Jakana J / Song J / Chuang DT / Chiu W | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2001 タイトル: A 11.5 A single particle reconstruction of GroEL using EMAN. 著者: S J Ludtke / J Jakana / J L Song / D T Chuang / W Chiu / 要旨: Single-particle analysis has become an increasingly important method for structural determination of large macromolecular assemblies. GroEL is an 800 kDa molecular chaperone, which, along with its co- ...Single-particle analysis has become an increasingly important method for structural determination of large macromolecular assemblies. GroEL is an 800 kDa molecular chaperone, which, along with its co-chaperonin GroES, promotes protein folding both in vitro and in the bacterial cell. EMAN is a single-particle analysis software package, which was first publicly distributed in 2000. We present a three-dimensional reconstruction of native naked GroEL to approximately 11.5 A performed entirely with EMAN. We demonstrate that the single-particle reconstruction, X-ray scattering data and X-ray crystal structure all agree well at this resolution. These results validate the specific methods of image restoration, reconstruction and evaluation techniques implemented in EMAN. It also demonstrates that the single-particle reconstruction technique and X-ray crystallography will yield consistent structure factors, even at low resolution, when image restoration is performed correctly. A detailed comparison of the single-particle and X-ray structures exhibits some small variations in the equatorial domain of the molecule, likely due to the absence of crystal packing forces in the single-particle reconstruction. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1080.map.gz | 618.8 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1080-v30.xml emd-1080.xml | 9 KB 9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1080.gif | 30.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1080 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1080 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1080_validation.pdf.gz | 220.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1080_full_validation.pdf.gz | 219.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1080_validation.xml.gz | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1080 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1080 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1080.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is the volumetric data for our published 11.5 A resolution reconstruction of GroEL. Note that newer EMAN releases can refine the same data to ~9 A resolution. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : native naked GroEL
全体 | 名称: native naked GroEL |
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要素 |
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-超分子 #1000: native naked GroEL
超分子 | 名称: native naked GroEL / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: homo 14-mer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 800 KDa |
-分子 #1: GroEL
分子 | 名称: GroEL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 集合状態: 14-mer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 実験値: 57 KDa |
組換発現 | 生物種: ESts CG-712 / 組換プラスミド: pGroESL |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Manual, gravity, plunger |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 4000EX |
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撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 5 / 平均電子線量: 30 e/Å2 詳細: Data was median filtered to 14 microns/pixel after scanning. ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 400 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.1 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
詳細 | Note that class averages are EMAN-style reference-based, not MSA. |
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CTF補正 | 詳細: Per particle phase flipping, amplitude correction during averaging |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D7 (2回x7回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 4916 |
最終 2次元分類 | クラス数: 334 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: foldhunter EMAN |
詳細 | Protocol: Rigid Body |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient |