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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10733 | |||||||||
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タイトル | Structure of full-length CD20 in complex with Obinutuzumab Fab | |||||||||
マップデータ | Soft masked used for focused refinement | |||||||||
試料 |
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キーワード | Cancer immunotherapy / Therapeutic antibody / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 store-operated calcium entry / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / calcium ion import into cytosol / epidermal growth factor receptor binding / B cell proliferation / plasma membrane raft / B cell activation / immunoglobulin binding / humoral immune response / B cell differentiation ...store-operated calcium entry / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / calcium ion import into cytosol / epidermal growth factor receptor binding / B cell proliferation / plasma membrane raft / B cell activation / immunoglobulin binding / humoral immune response / B cell differentiation / response to bacterium / B cell receptor signaling pathway / protein tetramerization / MHC class II protein complex binding / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.33 Å | |||||||||
データ登録者 | Kumar A / Fronzes R / Reyes N | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Binding mechanisms of therapeutic antibodies to human CD20. 著者: Anand Kumar / Cyril Planchais / Rémi Fronzes / Hugo Mouquet / Nicolas Reyes / 要旨: Monoclonal antibodies (mAbs) targeting human antigen CD20 (cluster of differentiation 20) constitute important immunotherapies for the treatment of B cell malignancies and autoimmune diseases. Type I ...Monoclonal antibodies (mAbs) targeting human antigen CD20 (cluster of differentiation 20) constitute important immunotherapies for the treatment of B cell malignancies and autoimmune diseases. Type I and II therapeutic mAbs differ in B cell binding properties and cytotoxic effects, reflecting differential interaction mechanisms with CD20. Here we present 3.7- to 4.7-angstrom cryo-electron microscopy structures of full-length CD20 in complexes with prototypical type I rituximab and ofatumumab and type II obinutuzumab. The structures and binding thermodynamics demonstrate that upon binding to CD20, type II mAbs form terminal complexes that preclude recruitment of additional mAbs and complement components, whereas type I complexes act as molecular seeds to increase mAb local concentration for efficient complement activation. Among type I mAbs, ofatumumab complexes display optimal geometry for complement recruitment. The uncovered mechanisms should aid rational design of next-generation immunotherapies targeting CD20. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10733.map.gz | 83.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10733-v30.xml emd-10733.xml | 19 KB 19 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10733.png | 52.3 KB | ||
マスクデータ | emd_10733_msk_1.map | 163.6 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-10733.cif.gz | 6.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10733 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10733 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10733_validation.pdf.gz | 503.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10733_full_validation.pdf.gz | 503.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10733_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10733_validation.cif.gz | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10733 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10733 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10733.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Soft masked used for focused refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.814 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10733_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Full-length human antigen CD20 in complex with Obinutuzumab Fab
全体 | 名称: Full-length human antigen CD20 in complex with Obinutuzumab Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Full-length human antigen CD20 in complex with Obinutuzumab Fab
超分子 | 名称: Full-length human antigen CD20 in complex with Obinutuzumab Fab タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: B-lymphocyte |
-超分子 #2: Full-length human CD20
超分子 | 名称: Full-length human CD20 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞中の位置: Plasma membrane |
-超分子 #3: Obinutuzumab Fab
超分子 | 名称: Obinutuzumab Fab / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞中の位置: Extra cellular |
-分子 #1: B-lymphocyte antigen CD20
分子 | 名称: B-lymphocyte antigen CD20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Wt CD20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: B-Lymphocyte |
分子量 | 理論値: 18.735373 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: FMRESKTLGA VQIMNGLFHI ALGGLLMIPA GIYAPICVTV WYPLWGGIMY IISGSLLAAT EKNSRKCLVK GKMIMNSLSL FAAISGMIL SIMDILNIKI SHFLKMESLN FIRAHTPYIN IYNCEPANPS EKNSPSTQYC YSIQSLFLGI LSVMLIFAFF Q ELVIAGIV E UniProtKB: B-lymphocyte antigen CD20 |
-分子 #2: Obinutuzumab Fab heavy chain
分子 | 名称: Obinutuzumab Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 12.855385 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: VQLVQSGAEV KKPGSSVKVS CKASGYAFSY SWINWVRQAP GQGLEWMGRI FPGDGDTDYN GKFKGRVTIT ADKSTSTAYM ELSSLRSED TAVYYCARNV FDGYWLVYWG QGTLVTV |
-分子 #3: Obinutuzumab Fab light chain
分子 | 名称: Obinutuzumab Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.962462 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIVMTQTPLS LPVTPGEPAS ISCRSSKSLL HSNGITYLYW YLQKPGQSPQ LLIYQMSNLV SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG VYYCAQNLEL PYTFGGGTKV E |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.2 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Grids were blot for 3.5 Sec.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10545 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 42.84 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.8 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||
得られたモデル | PDB-6y97: |