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万見
- EMDB-10676: Human Coronavirus HKU1 Haemagglutinin-Esterase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10676
タイトルHuman Coronavirus HKU1 Haemagglutinin-Esterase
マップデータHuman coronavirus-HKU1 haemagglutinin esterase (local resolution filtered map).
試料
  • 複合体: Human Coronavirus HKU1 Haemagglutinin-Esterase
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin-esterase
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


sialate 9-O-acetylesterase activity / sialate 4-O-acetylesterase activity / sialate O-acetylesterase activity / sialate O-acetylesterase / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin-esterase / Haemagglutinin-esterase glycoprotein, haemagglutinin domain / Haemagglutinin-esterase glycoprotein, core / Hemagglutinin domain of haemagglutinin-esterase-fusion glycoprotein / Hemagglutinin esterase / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin-esterase
類似検索 - 構成要素
生物種Human coronavirus HKU1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.39 Å
データ登録者Hurdiss DL / Drulyte I
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of coronavirus-HKU1 haemagglutinin esterase reveals architectural changes arising from prolonged circulation in humans.
著者: Daniel L Hurdiss / Ieva Drulyte / Yifei Lang / Tatiana M Shamorkina / Matti F Pronker / Frank J M van Kuppeveld / Joost Snijder / Raoul J de Groot /
要旨: The human betacoronaviruses HKU1 and OC43 (subgenus Embecovirus) arose from separate zoonotic introductions, OC43 relatively recently and HKU1 apparently much longer ago. Embecovirus particles ...The human betacoronaviruses HKU1 and OC43 (subgenus Embecovirus) arose from separate zoonotic introductions, OC43 relatively recently and HKU1 apparently much longer ago. Embecovirus particles contain two surface projections called spike (S) and haemagglutinin-esterase (HE), with S mediating receptor binding and membrane fusion, and HE acting as a receptor-destroying enzyme. Together, they promote dynamic virion attachment to glycan-based receptors, specifically 9-O-acetylated sialic acid. Here we present the cryo-EM structure of the ~80 kDa, heavily glycosylated HKU1 HE at 3.4 Å resolution. Comparison with existing HE structures reveals a drastically truncated lectin domain, incompatible with sialic acid binding, but with the structure and function of the esterase domain left intact. Cryo-EM and mass spectrometry analysis reveals a putative glycan shield on the now redundant lectin domain. The findings further our insight into the evolution and host adaptation of human embecoviruses, and demonstrate the utility of cryo-EM for studying small, heavily glycosylated proteins.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of coronavirus-HKU1 haemagglutinin esterase reveals architectural changes arising from prolonged circulation in humans
著者: Hurdiss DL / Drulyte I / Lang Y / Shamorkina TM / Pronker MF / van Kuppeveld FJM / Snijder J / de Groot RJ
履歴
登録2020年2月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月8日-
マップ公開2020年4月8日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0601
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0601
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6y3y
  • 表面レベル: 0.0601
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10676.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10676.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human coronavirus-HKU1 haemagglutinin esterase (local resolution filtered map).
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.805 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0601 / ムービー #1: 0.0601
最小 - 最大-0.17708412 - 0.29912442
平均 (標準偏差)-0.0000526704 (±0.005566763)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 257.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8050.8050.805
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z257.600257.600257.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.1770.299-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10676_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Human coronavirus-HKU1 haemagglutinin esterase (Gaussian filtered N-glycan difference...

ファイルemd_10676_additional_1.map
注釈Human coronavirus-HKU1 haemagglutinin esterase (Gaussian filtered N-glycan difference map).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Human coronavirus-HKU1 haemagglutinin esterase (unsharpened map).

ファイルemd_10676_additional_2.map
注釈Human coronavirus-HKU1 haemagglutinin esterase (unsharpened map).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Human coronavirus-HKU1 haemagglutinin esterase (sharpened map).

ファイルemd_10676_additional_3.map
注釈Human coronavirus-HKU1 haemagglutinin esterase (sharpened map).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Human coronavirus-HKU1 haemagglutinin esterase (half map 2).

ファイルemd_10676_half_map_1.map
注釈Human coronavirus-HKU1 haemagglutinin esterase (half map 2).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Human coronavirus-HKU1 haemagglutinin esterase (half map 1).

ファイルemd_10676_half_map_2.map
注釈Human coronavirus-HKU1 haemagglutinin esterase (half map 1).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human Coronavirus HKU1 Haemagglutinin-Esterase

全体名称: Human Coronavirus HKU1 Haemagglutinin-Esterase
要素
  • 複合体: Human Coronavirus HKU1 Haemagglutinin-Esterase
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin-esterase
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Human Coronavirus HKU1 Haemagglutinin-Esterase

超分子名称: Human Coronavirus HKU1 Haemagglutinin-Esterase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Dimeric complex
由来(天然)生物種: Human coronavirus HKU1 (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量実験値: 30.777 KDa

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分子 #1: Hemagglutinin-esterase

分子名称: Hemagglutinin-esterase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: sialate O-acetylesterase
由来(天然)生物種: Human coronavirus HKU1 (ウイルス)
分子量理論値: 40.432648 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LAFNEPLNVV SHLNHDWFLF GDSRSDCNHI NNLKIKNFDY LDIHPSLCNN GKISSSAGDS IFKSFHFTRF YNYTGEGDQI IFYEGVNFN PYHRFKCFPN GSNDVWLLNK VRFYRALYSN MAFFRYLTFV DIPYNVSLSK FNSCKSDILS LNNPIFINYS K EVYFTLLG ...文字列:
LAFNEPLNVV SHLNHDWFLF GDSRSDCNHI NNLKIKNFDY LDIHPSLCNN GKISSSAGDS IFKSFHFTRF YNYTGEGDQI IFYEGVNFN PYHRFKCFPN GSNDVWLLNK VRFYRALYSN MAFFRYLTFV DIPYNVSLSK FNSCKSDILS LNNPIFINYS K EVYFTLLG CSLYLVPLCL FKSNFSQYYY NIDTGSVYGF SNVVYPDLDC IYISLKPGSY KVSTTAPFLS LPTKALCFDK SK QFVPVQV VDSRWNNERA SDISLSVACQ LPYCYFRNSS ANYVGKYDIN HGDSGFISIL SGLLYNVSCI SYYGVFLYDN FTS IWPYYS FGRCPTSSII KHPICVYDSD PLVPR

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC4H11NO3Trisaminomethane
50.0 mMNaClSodium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 20 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot force = 1 Blot time = 5.5 seconds.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
詳細Titan Krios G4 was used with fringe-free imaging and aberration-free image shift.
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6029 / 平均露光時間: 5.6 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 / 詳細: Falcon 4 Direct Electron Detector
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.0 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Falcon 4 Direct Electron Detector
粒子像選択選択した数: 936260 / 詳細: Relion autopicking
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.18)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: A homology model of the dimeric HCoV-HKU1 HE (uniprot ID: Q5MQD1) was generated using the phyre2 server. The molmap command in UCSF chimera, was then used to create a 40 angstrom ...In silico モデル: A homology model of the dimeric HCoV-HKU1 HE (uniprot ID: Q5MQD1) was generated using the phyre2 server. The molmap command in UCSF chimera, was then used to create a 40 angstrom resolution starting model.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 119717
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 141000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細A homology model of HCOV-HKU1 HE (uniprot ID: Q5MQD1) was generated using the phyre2 server
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6y3y:
Human Coronavirus HKU1 Haemagglutinin-Esterase

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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