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- EMDB-10573: Ovine ATP synthase 1a state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10573
タイトルOvine ATP synthase 1a state
マップデータComposite map of state 1a of ovine F1Fo, obtained from series of focused refinements as described in the paper.
試料
  • 複合体: Purified ATP synthase from sheep heart mitochondria
    • タンパク質・ペプチド: x 17種
  • リガンド: x 6種
キーワードATP synthase / mitochondrial / respiratory chain / mammalian / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell adhesion involved in substrate-bound cell migration / angiostatin binding / Formation of ATP by chemiosmotic coupling / Cristae formation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / cellular response to interleukin-7 / : / : / : / Mitochondrial protein degradation ...negative regulation of cell adhesion involved in substrate-bound cell migration / angiostatin binding / Formation of ATP by chemiosmotic coupling / Cristae formation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / cellular response to interleukin-7 / : / : / : / Mitochondrial protein degradation / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / mitochondrial nucleoid / : / MHC class I protein binding / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / aerobic respiration / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / regulation of intracellular pH / lipid metabolic process / angiogenesis / mitochondrial inner membrane / lipid binding / cell surface / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ATP synthase membrane subunit K / ATP synthase regulation / ATP synthase, F0 complex, subunit G, mitochondrial / ATP synthase, F0 complex, subunit E, mitochondrial / ATP synthase subunit ATP5MJ, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase subunit g, animal / Mitochondrial ATP synthase g subunit / ATP synthase E chain / Mitochondrial proteolipid / ATP synthase protein 8, metazoa ...ATP synthase membrane subunit K / ATP synthase regulation / ATP synthase, F0 complex, subunit G, mitochondrial / ATP synthase, F0 complex, subunit E, mitochondrial / ATP synthase subunit ATP5MJ, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase subunit g, animal / Mitochondrial ATP synthase g subunit / ATP synthase E chain / Mitochondrial proteolipid / ATP synthase protein 8, metazoa / Mitochondrial F1-F0 ATP synthase subunit F, predicted / ATP synthase protein 8, mammals / ATP synthase protein 8 / Mitochondrial F1F0-ATP synthase, subunit f / ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial / ATP synthase-coupling factor 6 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase coupling factor 6 / ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit B/MI25 / ATP synthase, F0 complex, subunit B / Mitochondrial ATP synthase B chain precursor (ATP-synt_B) / ATP synthase, F0 complex, subunit D, mitochondrial / ATP synthase D chain, mitochondrial (ATP5H) / ATP synthase, F0 complex, subunit D superfamily, mitochondrial / ATP synthase, F0 complex, subunit A, bacterial/mitochondria / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit, mitochondrial / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit superfamily, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase epsilon chain / ATPase, OSCP/delta subunit, conserved site / ATP synthase delta (OSCP) subunit signature. / F1F0 ATP synthase OSCP/delta subunit, N-terminal domain superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit A / ATP synthase, F0 complex, subunit A, active site / ATP synthase, F0 complex, subunit A superfamily / ATP synthase A chain / ATP synthase a subunit signature. / ATPase, OSCP/delta subunit / ATP synthase delta (OSCP) subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit, N-terminal / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, beta-sandwich domain / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit conserved site / ATP synthase gamma subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit superfamily / ATP synthase / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta chain, C terminal domain / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP synthase peripheral stalk subunit OSCP / ATP synthase protein 8 / ATP synthase subunit a / ATP synthase subunit gamma, mitochondrial / ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial / ATP synthase subunit alpha / ATP synthase membrane subunit K, mitochondrial / Uncharacterized protein / ATP synthase subunit beta / ATP synthase subunit e, mitochondrial ...ATP synthase peripheral stalk subunit OSCP / ATP synthase protein 8 / ATP synthase subunit a / ATP synthase subunit gamma, mitochondrial / ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial / ATP synthase subunit alpha / ATP synthase membrane subunit K, mitochondrial / Uncharacterized protein / ATP synthase subunit beta / ATP synthase subunit e, mitochondrial / ATP synthase F1 subunit delta / ATP synthase subunit d, mitochondrial / ATP synthase peripheral stalk subunit OSCP / ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial / Uncharacterized protein / ATP synthase subunit / ATP synthase subunit f, mitochondrial / ATP synthase subunit b
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Pinke G / Zhou L
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of the entire mammalian F-type ATP synthase.
著者: Gergely Pinke / Long Zhou / Leonid A Sazanov /
要旨: The majority of adenosine triphosphate (ATP) powering cellular processes in eukaryotes is produced by the mitochondrial F1Fo ATP synthase. Here, we present the atomic models of the membrane Fo domain ...The majority of adenosine triphosphate (ATP) powering cellular processes in eukaryotes is produced by the mitochondrial F1Fo ATP synthase. Here, we present the atomic models of the membrane Fo domain and the entire mammalian (ovine) F1Fo, determined by cryo-electron microscopy. Subunits in the membrane domain are arranged in the 'proton translocation cluster' attached to the c-ring and a more distant 'hook apparatus' holding subunit e. Unexpectedly, this subunit is anchored to a lipid 'plug' capping the c-ring. We present a detailed proton translocation pathway in mammalian Fo and key inter-monomer contacts in F1Fo multimers. Cryo-EM maps of F1Fo exposed to calcium reveal a retracted subunit e and a disassembled c-ring, suggesting permeability transition pore opening. We propose a model for the permeability transition pore opening, whereby subunit e pulls the lipid plug out of the c-ring. Our structure will allow the design of drugs for many emerging applications in medicine.
履歴
登録2019年12月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月23日-
マップ公開2020年9月23日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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ムービー
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構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10573.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10573.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 16.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map of state 1a of ovine F1Fo, obtained from series of focused refinements as described in the paper.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.061 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大0.0 - 0.19801688
平均 (標準偏差)0.0052001504 (±0.015188017)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ139230138
Spacing138139230
セルA: 146.418 Å / B: 147.479 Å / C: 244.03 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0611.0611.061
M x/y/z138139230
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z146.418147.479244.030
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ138139230
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS230139138
D min/max/mean0.0000.1980.005

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10573_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

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添付マップデータ: emd 10573 additional 1.map

ファイルemd_10573_additional_1.map
投影像・断面図
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添付マップデータ: emd 10573 additional 2.map

ファイルemd_10573_additional_2.map
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添付マップデータ: emd 10573 additional 3.map

ファイルemd_10573_additional_3.map
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添付マップデータ: emd 10573 half map 1.map

ファイルemd_10573_half_map_1.map
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試料の構成要素

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全体 : Purified ATP synthase from sheep heart mitochondria

全体名称: Purified ATP synthase from sheep heart mitochondria
要素
  • 複合体: Purified ATP synthase from sheep heart mitochondria
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase F1 subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase F1 subunit epsilon
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase peripheral stalk subunit OSCP
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit b
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit d, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit a
    • タンパク質・ペプチド: Subunit DAPIT
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase membrane subunit 6.8PL
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase protein 8
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase membrane subunit f
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit
    • タンパク質・ペプチド: Subunit e
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: O-[(S)-hydroxy{[(2S)-2-hydroxy-3-(octadec-9-enoyloxy)propyl]oxy}phosphoryl]-L-serine

+
超分子 #1: Purified ATP synthase from sheep heart mitochondria

超分子名称: Purified ATP synthase from sheep heart mitochondria / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#17
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)

+
分子 #1: ATP synthase subunit alpha

分子名称: ATP synthase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 59.779492 KDa
配列文字列: MLSVRVAAAV ARALPRRAGL VSKNALGSSF IAARNLHASN SRLQKTGTAE VSSILEERIL GADTSVDLEE TGRVLSIGDG IARVHGLRN VQAEEMVEFS SGLKGMSLNL EPDNVGVVVF GNDKLIKEGD IVKRTGAIVD VPVGEELLGR VVDALGNAID G KGPIGSKA ...文字列:
MLSVRVAAAV ARALPRRAGL VSKNALGSSF IAARNLHASN SRLQKTGTAE VSSILEERIL GADTSVDLEE TGRVLSIGDG IARVHGLRN VQAEEMVEFS SGLKGMSLNL EPDNVGVVVF GNDKLIKEGD IVKRTGAIVD VPVGEELLGR VVDALGNAID G KGPIGSKA RRRVGLKAPG IIPRISVREP MQTGIKAVDS LVPIGRGQRE LIIGDRQTGK TSIAIDTIIN QKRFNDGTDE KK KLYCIYV AIGQKRSTVA QLVKRLTDAD AMKYTIVVSA TASDAAPLQY LAPYSGCSMG EYFRDNGKHA LIIYDDLSKQ AVA YRQMSL LLRRPPGREA YPGDVFYLHS RLLERAAKMN DAFGGGSLTA LPVIETQAGD VSAYIPTNVI SITDGQIFLE TELF YKGIR PAINVGLSVS RVGSAAQTRA MKQVAGTMKL ELAQYREVAA FAQFGSDLDA ATQQLLSRGV RLTELLKQGQ YSPMA IEEQ VAVIYAGVRG YLDKLEPSKI TKFENAFLSH VISQHQTLLG KIRTDGKISE EADAKLKEIV TNFLAGFEA

UniProtKB: ATP synthase subunit alpha

+
分子 #2: ATP synthase subunit beta

分子名称: ATP synthase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: H+-transporting two-sector ATPase
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 56.26509 KDa
配列文字列: MLGLVGRVAA ASASGALRGV NPSAPLPQAQ LLLRAAPAAL QPARDYAAQA SPSPKAGGAT GRIVAVIGAV VDVQFDEGLP PILNALEVQ GRETRLVLEV AQHLGESTVR TIAMDGTEGL VRGQKVLDSG APIRIPVGPE TLGRIMNVIG EPIDERGPIK T KQFAAIHA ...文字列:
MLGLVGRVAA ASASGALRGV NPSAPLPQAQ LLLRAAPAAL QPARDYAAQA SPSPKAGGAT GRIVAVIGAV VDVQFDEGLP PILNALEVQ GRETRLVLEV AQHLGESTVR TIAMDGTEGL VRGQKVLDSG APIRIPVGPE TLGRIMNVIG EPIDERGPIK T KQFAAIHA EAPEFVEMSV EQEILVTGIK VVDLLAPYAK GGKIGLFGGA GVGKTVLIME LINNVAKAHG GYSVFAGVGE RT REGNDLY HEMIESGVIN LKDATSKVAL VYGQMNEPPG ARARVALTGL TVAEYFRDQE GQDVLLFIDN IFRFTQAGSE VSA LLGRIP SAVGYQPTLA TDMGTMQERI TTTKKGSITS VQAIYVPADD LTDPAPATTF AHLDATTVLS RAIAELGIYP AVDP LDSTS RIMDPNIVGS EHYDVARGVQ KILQDYKSLQ DIIAILGMDE LSEEDKLTVS RARKIQRFLS QPFQVAEVFT GHLGK LVPL KETIKGFQQI LAGEFDHLPE QAFYMVGPIE EAVAKADKLA EEHS

UniProtKB: ATP synthase subunit beta

+
分子 #3: ATP synthase subunit gamma

分子名称: ATP synthase subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: XP_004014229.1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 33.133062 KDa
配列文字列: MFSRAGVAGL SAWTVQPQWI QVRNMATLKD ITRRLKSIKN IQKITKSMKM VAAAKYARAE RELKPARVYG VGSLALYEKA DIKTPEDKK KHLIIGVSSD RGLCGAIHSS VAKQMKSEAA NLAAAGKEVK IIGVGDKIRS ILHRTHSDQF LVTFKEVGRR P PTFGDASV ...文字列:
MFSRAGVAGL SAWTVQPQWI QVRNMATLKD ITRRLKSIKN IQKITKSMKM VAAAKYARAE RELKPARVYG VGSLALYEKA DIKTPEDKK KHLIIGVSSD RGLCGAIHSS VAKQMKSEAA NLAAAGKEVK IIGVGDKIRS ILHRTHSDQF LVTFKEVGRR P PTFGDASV IALELLNSGY EFDEGSIIFN RFRSVISYKT EEKPIFSLDT ISSAESMSIY DDIDADVLRN YQEYSLANII YY SLKESTT SEQSARMTAM DNASKNASEM IDKLTLTFNR TRQAVITKEL IEIISGAAAL E

+
分子 #4: ATP synthase F1 subunit delta

分子名称: ATP synthase F1 subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 17.580924 KDa
配列文字列:
MLPSALLRRP GLGRLVRQVR AYAEAAPAQA PAAGPGQMSF TFASPTQVFF NGANVRQVDV PTQTGAFGIL AAHVPTLQVL RPGLVVVHA EDGTTSKYFV SSGSVTVNAD SSVQLLAEEA VTLDMLDLGA AKANLEKAQS ELLGAADEAT RAEIQIRIEA N EALVKALE

UniProtKB: ATP synthase F1 subunit delta

+
分子 #5: ATP synthase F1 subunit epsilon

分子名称: ATP synthase F1 subunit epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: XP_027832792.1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 5.779863 KDa
配列文字列:
MVAYWRQAGL SYIRYSQICA KAVRDALKTE FKANAMKTSG SSIKIVKVKK E

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #6: ATP synthase peripheral stalk subunit OSCP

分子名称: ATP synthase peripheral stalk subunit OSCP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 23.435695 KDa
配列文字列: MAALAVSGLS QQVRCFSTSV VRPFAKLVRP PVQIYGIEGR YATALYSAAS KQNKLEQVEK ELLRVGQILK EPKMAASLMN PYVKRSVKV KSLNDMTAKE KFSPLTSNLI NLLAENGRLN NTPAVISAFS TMMSVHRGEV PCTVTTASPL DEATLTELKT V LKSFLSKG ...文字列:
MAALAVSGLS QQVRCFSTSV VRPFAKLVRP PVQIYGIEGR YATALYSAAS KQNKLEQVEK ELLRVGQILK EPKMAASLMN PYVKRSVKV KSLNDMTAKE KFSPLTSNLI NLLAENGRLN NTPAVISAFS TMMSVHRGEV PCTVTTASPL DEATLTELKT V LKSFLSKG QVLKLEVKID PSIMGGMIVR IGEKYVDMSA KTKIQKLSRA MREIL

UniProtKB: ATP synthase peripheral stalk subunit OSCP

+
分子 #7: ATP synthase subunit b

分子名称: ATP synthase subunit b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 詳細: XP_004002367.2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 28.84457 KDa
配列文字列: MLSRVVLSAA AAAAPSLKNA AFLGPGVLQA TRIFHTGQPS LAPVPPLPEH GGKVRFGLIP EEFFQFLYPK TGVTGPYVLG TGLILYLLS KEIYVITPET FSAISTIGFL VYVVKKYGAS VGEFADKLNE QKIAQLEEVK QASIKQIQDA IDMEKSQQAL V QKRHYLFD ...文字列:
MLSRVVLSAA AAAAPSLKNA AFLGPGVLQA TRIFHTGQPS LAPVPPLPEH GGKVRFGLIP EEFFQFLYPK TGVTGPYVLG TGLILYLLS KEIYVITPET FSAISTIGFL VYVVKKYGAS VGEFADKLNE QKIAQLEEVK QASIKQIQDA IDMEKSQQAL V QKRHYLFD VQRNNIAMAL EVTYRERLHR VYREVKNRLD YHISVQNMMR QKEQEHMINW VEKHVVQSIS AQQEKETIAK CI ADLKLLA KKAQAQPVM

UniProtKB: ATP synthase subunit b

+
分子 #8: ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial

分子名称: ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 12.490296 KDa
配列文字列:
MILQRLFRLS SVVQSAISVS LRRNIGVTAV AFNKELDPVQ KLFVDKIREY RTKRQTSGGP VDAGPEYQQD LDRELFKLKQ MYGKADMNT FPNFTFEDPK FEVVEKPQS

UniProtKB: ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial

+
分子 #9: ATP synthase subunit d, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit d, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 18.747508 KDa
配列文字列:
MAGRKLALKT IDWVAFGEII PRNQKAVANS LKSWNETLTS RLATLPEKPP AIDWAYYKAN VTKAGLVDDF EKKFNALKVP IPEDKYTAQ VDAEEKEDVK SCAEFLIQSK TRIQEYEKEL EKMRNIIPFD QMTIEDLNEV FPETKLDKKK YPYWPHRPIE S L

UniProtKB: ATP synthase subunit d, mitochondrial

+
分子 #10: ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial

分子名称: ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 14.201577 KDa
配列文字列:
MQTTGALLIS PALIRSCTRG LIRPVSASFL SRPEIPSVQP SYSSGPLQVA RREFQTSVVS RDIDTAAKFI GAGAATVGVA GSGAGIGTV FGSLIIGYAR NPSLKQQLFS YAILGFALSE AMGLFCLMVA FLILFAM

UniProtKB: ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial

+
分子 #11: ATP synthase subunit a

分子名称: ATP synthase subunit a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 24.81185 KDa
配列文字列: MNENLFASFI TPMMFGLPLV TLIVLFPSLL FPTSNRLVNN RLISLQQWML QLVSKQMMSI HNTKGQTWAL MLMSLILFIG STNLLGLLP HSFTPTTQLS MNLGMAIPLW GGAVITGFRN KTKASLAHFL PQGTPTPLIP MLVIIETISL FIQPVALAVR L TANITAGH ...文字列:
MNENLFASFI TPMMFGLPLV TLIVLFPSLL FPTSNRLVNN RLISLQQWML QLVSKQMMSI HNTKGQTWAL MLMSLILFIG STNLLGLLP HSFTPTTQLS MNLGMAIPLW GGAVITGFRN KTKASLAHFL PQGTPTPLIP MLVIIETISL FIQPVALAVR L TANITAGH LLIHLIGGAT LALMSINTTT ALITFIILIL LTVLEFAVAM IQAYVFTLLV SLYLHDNT

UniProtKB: ATP synthase subunit a

+
分子 #12: Subunit DAPIT

分子名称: Subunit DAPIT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 6.443579 KDa
配列文字列:
MAGPEADAQF HFTGIKKYFN SYTLTGRMNC VLATYGSIAL IVLYFKLRSK KTPAVKAT

UniProtKB: ATP synthase membrane subunit K, mitochondrial

+
分子 #13: ATP synthase membrane subunit 6.8PL

分子名称: ATP synthase membrane subunit 6.8PL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 6.846093 KDa
配列文字列:
MLQSLIKKVW IPMKPYYTQA YQEIWVGTGL MAYIVYKIRS ADKRSKALKA SSAAPAHGHH

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #14: ATP synthase protein 8

分子名称: ATP synthase protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 7.918443 KDa
配列文字列:
MPQLDTSTWL TMILSMFLVL FIIFQLKISK HNFYHNPELM TTKTPKQNTP WETKWTKIYL PLSLPL

UniProtKB: ATP synthase protein 8

+
分子 #15: ATP synthase membrane subunit f

分子名称: ATP synthase membrane subunit f / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / 詳細: XP_004016938.3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 10.315207 KDa
配列文字列:
MASVVPLKEK KLLEVKLGEL PSWILMRDFT PSGIAGAFQR GYYRYYNKYV NVKKGSIAGL SMVLAAYVFL NYCRSYKELK HERLRKYH

UniProtKB: ATP synthase subunit f, mitochondrial

+
分子 #16: ATP synthase subunit

分子名称: ATP synthase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / 詳細: XP_011950914.1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 11.428407 KDa
配列文字列:
MAQFVRNLAE KAPALVNAAV TYSKPRLATF WYYAKVELVP PTPAEIPTAI QSLKKIINSA KTGSFKQLTV KEALLNGLVA TEVWMWFYV GEIIGKRGII GYDV

UniProtKB: ATP synthase subunit

+
分子 #17: Subunit e

分子名称: Subunit e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / 詳細: XP_027827162.1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 8.336688 KDa
配列文字列:
MVPPVQVSPL IKLGRYSALF LGMAYGAKRY NYLKPRAEEE RRLAAEEKKK RDEQKRIERE LAEAQEDTIL K

UniProtKB: ATP synthase subunit e, mitochondrial

+
分子 #18: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #19: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 5 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #20: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 6 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

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分子 #21: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phospho...

分子名称: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1 / 式: P5S
分子量理論値: 792.075 Da
Chemical component information

ChemComp-P5S:
O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン

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分子 #22: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 3 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

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分子 #23: O-[(S)-hydroxy{[(2S)-2-hydroxy-3-(octadec-9-enoyloxy)propyl]oxy}p...

分子名称: O-[(S)-hydroxy{[(2S)-2-hydroxy-3-(octadec-9-enoyloxy)propyl]oxy}phosphoryl]-L-serine
タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 1 / 式: S12
分子量理論値: 523.597 Da
Chemical component information

ChemComp-S12:
O-[(S)-hydroxy{[(2S)-2-hydroxy-3-(octadec-9-enoyloxy)propyl]oxy}phosphoryl]-L-serine

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20 mM HEPES pH7.4, 35 mM NaCl, 2 mM EDTA, 1% sucrose, 1 mM DTT, 0.1% LMNG, 0.2% CHAPS
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3053 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 106.0 e/Å2 / 詳細: 40 frames per movie
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 倍率（補正後）: 131951 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 809000
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5ara

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 35000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5ara


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6tt7:
Ovine ATP synthase 1a state

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

5ara


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 96
得られたモデル

PDB-6tt7:
Ovine ATP synthase 1a state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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