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- EMDB-10513: Structure of the NDH-1MS complex from Thermosynechococcus elongatus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10513
タイトルStructure of the NDH-1MS complex from Thermosynechococcus elongatus
マップデータStructure of the NDH-1MS complex from Thermosynechococcus elongatus
試料
  • 複合体: NDH-1MS
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
  • リガンド: x 8種
機能・相同性
機能・相同性情報


: / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / NADH dehydrogenase activity / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding ...: / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / NADH dehydrogenase activity / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / cell adhesion molecule binding / aerobic respiration / extracellular matrix organization / extracellular matrix / NAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / cell adhesion / iron ion binding / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 5, organellar chromatophore 2 / CO2 hydration / CO2 hydration protein (ChpXY) / NADH dehydrogenase-like complex, subunit S / NAD(P)H dehydrogenase subunit S / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O / Cyanobacterial and plant NDH-1 subunit O / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N ...NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 5, organellar chromatophore 2 / CO2 hydration / CO2 hydration protein (ChpXY) / NADH dehydrogenase-like complex, subunit S / NAD(P)H dehydrogenase subunit S / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O / Cyanobacterial and plant NDH-1 subunit O / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N / Cyanobacterial and plastid NDH-1 subunit M / NADH dehydrogenase transmembrane subunit / NADH-quinone oxidoreductase cyanobacterial subunit N / NADH-plastoquinone oxidoreductase, subunit I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, N-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2 N-terminal / FAS1 domain / FAS1 domain superfamily / Fasciclin domain / FAS1/BIgH3 domain profile. / Four repeated domains in the Fasciclin I family of proteins, present in many other contexts. / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / NADH:ubiquinone oxidoreductase / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N / Tlr0906 protein / NADH dehydrogenase subunit 4 / NADH dehydrogenase subunit 5 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L ...NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N / Tlr0906 protein / NADH dehydrogenase subunit 4 / NADH dehydrogenase subunit 5 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L / NADH-quinone oxidoreductase subunit J / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1 / Tlr0636 protein / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M / Tll0220 protein / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) / Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Schuller JM / Saura P / Thiemann J / Schuller SK / Gamiz-Hernandez AP / Kurisu G / Nowaczyk MM / Kaila VRI
資金援助 ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)715311 ドイツ
German Research Foundation (DFG)836/4-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)836/3-2 ドイツ
German Research Foundation (DFG)836/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Redox-coupled proton pumping drives carbon concentration in the photosynthetic complex I.
著者: Jan M Schuller / Patricia Saura / Jacqueline Thiemann / Sandra K Schuller / Ana P Gamiz-Hernandez / Genji Kurisu / Marc M Nowaczyk / Ville R I Kaila /
要旨: Photosynthetic organisms capture light energy to drive their energy metabolism, and employ the chemical reducing power to convert carbon dioxide (CO) into organic molecules. Photorespiration, ...Photosynthetic organisms capture light energy to drive their energy metabolism, and employ the chemical reducing power to convert carbon dioxide (CO) into organic molecules. Photorespiration, however, significantly reduces the photosynthetic yields. To survive under low CO concentrations, cyanobacteria evolved unique carbon-concentration mechanisms that enhance the efficiency of photosynthetic CO fixation, for which the molecular principles have remained unknown. We show here how modular adaptations enabled the cyanobacterial photosynthetic complex I to concentrate CO using a redox-driven proton-pumping machinery. Our cryo-electron microscopy structure at 3.2 Å resolution shows a catalytic carbonic anhydrase module that harbours a Zn active site, with connectivity to proton-pumping subunits that are activated by electron transfer from photosystem I. Our findings illustrate molecular principles in the photosynthetic complex I machinery that enabled cyanobacteria to survive in drastically changing CO conditions.
履歴
登録2019年11月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月19日-
マップ公開2020年2月19日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6tjv
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10513.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10513.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the NDH-1MS complex from Thermosynechococcus elongatus
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.1075922 - 0.26671836
平均 (標準偏差)0.00010500534 (±0.0035816415)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 378.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z378.000378.000378.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.1080.2670.000

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添付データ

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追加マップ: Structure of the NDH-1MS complex from Thermosynechococcus elongatus...

ファイルemd_10513_additional.map
注釈Structure of the NDH-1MS complex from Thermosynechococcus elongatus (Local resolution filtered)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NDH-1MS

全体名称: NDH-1MS
要素
  • 複合体: NDH-1MS
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O
    • タンパク質・ペプチド: Tlr0906 protein
    • タンパク質・ペプチド: Tll0220 protein
    • タンパク質・ペプチド: Tlr0636 protein
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: NDH-1MS

超分子名称: NDH-1MS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#18
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)

+
分子 #1: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
分子量理論値: 40.565984 KDa
配列文字列: MESGIDLQGQ FISALQSLGL SHDLAKLLWL PLPMLMMLIV ATVGVLVAVW LERKISAAVQ QRIGPEYIGP LGILAPLADG LKLIFKEDV LPANSDRWLF TLGPAVVVIP VFLSYIIVPF GQNLLISNLA MGVFLWIALS SIAPIGLLMA GYASNNKYSL L GGLRAAAQ ...文字列:
MESGIDLQGQ FISALQSLGL SHDLAKLLWL PLPMLMMLIV ATVGVLVAVW LERKISAAVQ QRIGPEYIGP LGILAPLADG LKLIFKEDV LPANSDRWLF TLGPAVVVIP VFLSYIIVPF GQNLLISNLA MGVFLWIALS SIAPIGLLMA GYASNNKYSL L GGLRAAAQ SISYEIPLAL AVLAVAMMSN GLGTVEIVEQ QSQYGILSWN VWRQPIGFLV FWIAALAECE RLPFDLPEAE EE LVAGYQT EYAGMKFALF YLGAYVNLVL SALLVSVLYF GGWSFPIPLE TIANLLGVSE TNPFLQIAFA VLGITMTLIK AYF FVFLAI LLRWTVPRVR IDQLLDLGWK FLLPVGLVNL LLTAGLKLAF PVAFGG

+
分子 #2: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
分子量理論値: 55.168543 KDa
配列文字列: MDLVTLAGQL NAGTILPETI LIVTLLVVLL ADLIQGRQAD RWTPYFAIVG LGGAIATMIP LWTQPATISF FGSFISDHLS LFFRGLIAL SALGTILMSI RYVEQTGSSL GEFMTILLTA TVGGMFIAGA QELVFIFVAL ETLSIASYLL TGYTKRDSRS N EAALKYLL ...文字列:
MDLVTLAGQL NAGTILPETI LIVTLLVVLL ADLIQGRQAD RWTPYFAIVG LGGAIATMIP LWTQPATISF FGSFISDHLS LFFRGLIAL SALGTILMSI RYVEQTGSSL GEFMTILLTA TVGGMFIAGA QELVFIFVAL ETLSIASYLL TGYTKRDSRS N EAALKYLL IGAASSAIFL YGSSLLYGLS GGHTQLPAIA QALSSESLGL VVALVFVIAG ISFKISAVPF HQWTPDVYEG AP TPVVAFL SVGSKAAGFA LAIRFLTLAF PSVTDQWQLI FTVLAILSMI LGNVVALAQT SMKRMLAYSS IGQAGFVMIG FVV GTEAGY ASMLFYLLVY LFMNLGAFTC VILFSLRTGT DQISEYAGLY QKDPLLTLGL SLCLLSLGGI PPLAGFFGKI YLFW AGWQA GAYGLVLLGL LTSVISIYYY IRVVKMMVVK EPQEMSEAVR NYPEVSWSSF GLRPLQVGLV MTVIATSLAG ILANP LFNL VNTAVWDVPQ LANQPTVMEV AYQALSPAGK S

+
分子 #3: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
分子量理論値: 15.013919 KDa
配列文字列:
MVAIPRLRDT ATVFVLSGYE YFLGFLIICS LVPVLALAAS ALLRPKSGRM IRLTTYESGM EPIGGAWIQF NVRYYMFALV FVIFDVETV FLYPWAVAFH QLGLLAFIEA LIFIAILVVA LVYAWRKRAL EWS

+
分子 #4: NADH dehydrogenase subunit 4

分子名称: NADH dehydrogenase subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
分子量理論値: 53.908137 KDa
配列文字列: MLHSLRFLPM LTLLIVLPVI GALLMPLLPE RVLRSVALVI AGLTFALSLW MLTQFDVHQS ALQFTEFVPW LLPLGLNYSL GVDGLSLPL IVLGTFLTLG VVFTGEKTGQ RLFYALVLLA NAGITGALAA QNLLLFFLFY ELELVPFYLL ILIWGGQRRE Q AAVKFLIY ...文字列:
MLHSLRFLPM LTLLIVLPVI GALLMPLLPE RVLRSVALVI AGLTFALSLW MLTQFDVHQS ALQFTEFVPW LLPLGLNYSL GVDGLSLPL IVLGTFLTLG VVFTGEKTGQ RLFYALVLLA NAGITGALAA QNLLLFFLFY ELELVPFYLL ILIWGGQRRE Q AAVKFLIY TAVSGILVLA AFLAMGWLTH APSFDSADIQ IAGLAPTTQG ILLLLLILGF GIKMPLVPLH SWLPDAYVEA ST PTAILLG GALAKLGAYG LVRFALGYFP EAWAQFSGLL AIVAAVGIAY GALAAIAQKD IKRMVAYSSI GHMSYVLLAA AAH THLSMV GAIAQMISHG LILALLFYLV GVIETKVGTR ELNVLNGLLN PLRGLPTTSA LLILGGMASA GIPGLVGFVA EFLI FQGSY GMFPLPTLVA VVGTGLTAVY FVIMINRTCF GRLDNRTAYY PRVVWSEKMP ALVLTLLIVF LGVQPTWLVR WSETT SAQI VAAVPRTNEL VATLAKR

+
分子 #5: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
分子量理論値: 11.140265 KDa
配列文字列:
MQLTYVLILA ALLFCIGIYG LVTSRNAVRV LMSIELLLNA VNLNLIGFAN YLDGQQIKGQ VFAVFVITVA AAEAAVGLAI ILAIYRNRD TVDMEKFNLL KW

+
分子 #6: NADH dehydrogenase subunit 5

分子名称: NADH dehydrogenase subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
分子量理論値: 66.283469 KDa
配列文字列: MLQSFADTVW LIPFYSLAGM VLSLIWSPGI TRKTGPRPAG YLNILLTFFS FVHALLATVA IANQPPQYLH WTWLDVAGLH LDIPVEISI LTTTALMLIT ALNLMAQVFA VGYMEMDWGW ARFFALLALF EGGMGALVLL DSLFFNYVVL EILTLATYLL I GLWFNQPL ...文字列:
MLQSFADTVW LIPFYSLAGM VLSLIWSPGI TRKTGPRPAG YLNILLTFFS FVHALLATVA IANQPPQYLH WTWLDVAGLH LDIPVEISI LTTTALMLIT ALNLMAQVFA VGYMEMDWGW ARFFALLALF EGGMGALVLL DSLFFNYVVL EILTLATYLL I GLWFNQPL VVTGARDAFL TKRVGDLVLL MGVLAIYPLA GSWNYDDLAA WAATAQVNST LITLICLALI AGPMGKCAQF PL HLWLDEA MEGPIPASIL RNAVVVATGA WVLVKLTPVL SLSPVALTAL LVIGSVTALG GTLIAIAQVD IKRALSYLVS AYM GWVFIA VGLKEPGLAF VFILTYSLAM AVLMMSIGSI IWNSVTQDLR LLGGLWSRRP ISGISFLVGS AGLLAVPPLA SFFP QAELL DTAFAQLPWV GGVLLLMNTF AAFSLGRTFC LVWGGEVKPM TARSPEVFWP MILPMTVDLG LVLHLPILMA RFDWV IWTQ PSLATAAALT ITALLGWGVA AWVYLGKAIP KPVQFPLPSV QNLLAYDFYT PKLYRATVVG VVDMISRITA WFDRTF VDG TGNAFGVVTL LGGDRLKYST TGQSQAYILT ILMGIAILVI AICWPLLA

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分子 #7: NADH dehydrogenase subunit 6

分子名称: NADH dehydrogenase subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
分子量理論値: 21.580568 KDa
配列文字列: MDLATLTQTI TFFALAAAVI IAALGVVLLD NVVYSAFLLG GVFLSIAGLY ILMNADFVSA AQILIYVGAV NVLILFAIML VNKRETYTP VPGRWLRQGG AAVVSLGVFA LLTKMILQTP WQLSSVPPTP DSITTIGQHF FSDFLLPFEL ASVLLLMALI G AVVLARRE ...文字列:
MDLATLTQTI TFFALAAAVI IAALGVVLLD NVVYSAFLLG GVFLSIAGLY ILMNADFVSA AQILIYVGAV NVLILFAIML VNKRETYTP VPGRWLRQGG AAVVSLGVFA LLTKMILQTP WQLSSVPPTP DSITTIGQHF FSDFLLPFEL ASVLLLMALI G AVVLARRE LVLEPEPILG EEVVPPLELP ERPREPVALS EK

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分子 #8: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
分子量理論値: 45.271184 KDa
配列文字列: MPKIETRTEP MVINMGPHHP SMHGVLRLMV TLDGEDVIDC EPVIGYLHRG MEKIAENRTN IMFIPYVSRW DYAAGMFNEA VTVNAPEKL AGIPVPKRAS YIRVIMLELN RIANHLLWLG PFLADVGAQT PFFYIFRERE YIYDLFEAAT GMRFINNNYF R IGGVAADL ...文字列:
MPKIETRTEP MVINMGPHHP SMHGVLRLMV TLDGEDVIDC EPVIGYLHRG MEKIAENRTN IMFIPYVSRW DYAAGMFNEA VTVNAPEKL AGIPVPKRAS YIRVIMLELN RIANHLLWLG PFLADVGAQT PFFYIFRERE YIYDLFEAAT GMRFINNNYF R IGGVAADL TYGWVTKCRD FCDYFLPKVD EYERLITNNP IFVRRLQGVG KISREEAINW GLSGPMLRAS GVKWDLRKVD HY ECYDDFD WDVPVATEGD CLARYIVRIQ EMRESVKIIR QALDGLPGGP YENLEAKRML EGAKSEWNGF DYQYIGKKLS PTF KIPKGE HYVRVESGKG ELGIYLIGDD NVFPWRWKIR PPDFNNLQVL PQLLKGMKVA DIVAILGSID VIMGSVDR

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分子 #9: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
分子量理論値: 22.444801 KDa
配列文字列: MKFLNQITNY AKEAVQSAKY IGQGLSVTFD HMRRRPITVQ YPYEKLIPSE RFRGRIHFEF DKCIACEVCV RVCPINLPVV DWVFNKELK KKELKHYSID FGVCIFCANC VEYCPTNCLS VTEEYELATY DRHELNYDSV AMGRIPYKVT QDPMVTPIRE F AYLPAGVM ...文字列:
MKFLNQITNY AKEAVQSAKY IGQGLSVTFD HMRRRPITVQ YPYEKLIPSE RFRGRIHFEF DKCIACEVCV RVCPINLPVV DWVFNKELK KKELKHYSID FGVCIFCANC VEYCPTNCLS VTEEYELATY DRHELNYDSV AMGRIPYKVT QDPMVTPIRE F AYLPAGVM SGHDLPAGAQ RAGERPEAIA NTAKSSEN

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分子 #10: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
分子量理論値: 19.363789 KDa
配列文字列:
MSDTPEAPIV EAGPVGRLLQ SQNLSVESLG RDASGVEMIK VDRDRLLAVC QTLYADGFNY LRCQAAYDSG PGQDLVSTYH LIKLSDNAD RPPEVRIKVF VPRDDPRVPS VYWIWKTADW QERESYDMFG IVYEGHPNLK RILMPEDWVG WPLRKDYITP D FYELQEAY

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分子 #11: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
分子量理論値: 25.766998 KDa
配列文字列: MTNTTSPAIL NPIARPEVPQ ELAENIILTS LNDVYDWARL SSLWPLMYGT ACCFIEFAAM IGSRFDFDRF GLVPRNSPRQ ADLIITSGT ITMKMAPALV RLYEQMPSPK YVIAMGACTI TGGMFSSDSY SAVRGVDKLI PVDVYLPGCP PRPEAIMDAI V KLRKKIAN ...文字列:
MTNTTSPAIL NPIARPEVPQ ELAENIILTS LNDVYDWARL SSLWPLMYGT ACCFIEFAAM IGSRFDFDRF GLVPRNSPRQ ADLIITSGT ITMKMAPALV RLYEQMPSPK YVIAMGACTI TGGMFSSDSY SAVRGVDKLI PVDVYLPGCP PRPEAIMDAI V KLRKKIAN EHINERGNLA QTHRLFTAKH KMKPVPPILT GQYLNAPSRQ APPPALAAAM GIAVPALGEA VSETTSVAE

+
分子 #12: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
分子量理論値: 8.575137 KDa
配列文字列:
MAVSTELLVL GVYGALAGLY LLVVPAIVYA YLNARWYVAS SFERAFMYFL VTFFFPGLLL LAPFINFRPQ PRSLNS

+
分子 #13: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
分子量理論値: 12.584056 KDa
配列文字列:
MLLKSTTRHV HIYAGHVVDG EVHPDTETLT LNVDPDNELE WNEAALAKVE AKFRELVANA AGEDLTEYNL RRIGSDLEHF IRSLLMQGE IGYNLNSRVR NYSLGIPRVN HS

+
分子 #14: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
分子量理論値: 16.656182 KDa
配列文字列:
MGLLAGYQFV KDLESAGALA LFVPPEGGFE GRYQRRLRSK GYTTLPMSAP GLGDLAAYLT QEHGIRPAHT GKEDIRVYFQ PPLVTYHLE NLPPNAKGLV LWLIDGKRLS KQEFAYLAQL TQTLPKFKVV VEVGGDRVVR WEPLADWVAA A

+
分子 #15: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
分子量理論値: 7.877076 KDa
配列文字列:
MAIKKGDLVK VVAEKLANSL EALASDHRYP PYLFEGRGEV VDIRGDYAQI KFPVPTPTVW LRLDQLEVAQ

+
分子 #16: Tlr0906 protein

分子名称: Tlr0906 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
分子量理論値: 51.00343 KDa
配列文字列: MVQAMERPSS AKLPPLDHPL ADIIYRLEAG GALIPDTPVN LMKIIGMYKA YSIPMDFYWR DLLYLGERVF INPFPFFKYF PTKEYFELP NHYAGDTADL RIWRGPAHAH PELMEFIEKG ETGKMPRLLH HLWHDRINME FSEDLARAMM WHRMGGQLDI Y LDSEEYKA ...文字列:
MVQAMERPSS AKLPPLDHPL ADIIYRLEAG GALIPDTPVN LMKIIGMYKA YSIPMDFYWR DLLYLGERVF INPFPFFKYF PTKEYFELP NHYAGDTADL RIWRGPAHAH PELMEFIEKG ETGKMPRLLH HLWHDRINME FSEDLARAMM WHRMGGQLDI Y LDSEEYKA AADKAIRAYF KRNPLMLGLY KLFPDLFLEQ ARQATYMNVL GLFWEVMAPV FFEISDRYDE GSITSVKDAM NF LVNGIFA IAGRPIYHHV YIDDEVHVLV PKEKGFMWLY EAAFPYVEAV FYRTSPFRGT KSYNAQANQV PTDQVDFHYG ILF ADKFPV GTAGIPPTLL HQDMYHFLPQ YLKDYFHQHC RGEDDILVQL GIAFQHAMYT VTSAVLQATR AAFYYPLDDP NPEH LMANR RFFVAQMDRF LRPQYGIAEA CKIRNVQDPN YL

+
分子 #17: Tll0220 protein

分子名称: Tll0220 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
分子量理論値: 15.785082 KDa
配列文字列:
MATIVDIAVN TPGFSTLVTA VKVANLVEAL QSPGPFTVFA PNDDAFAKLP DGTITSLVQN PPQLGRILKY HVVAGAYKAT DLKRMGIVT SLEGSTIPIH GDNPLEVKNA TVLAADIEAE NGIIHVIDTV ILMGLDPAHS FQETNIPYKV

+
分子 #18: Tlr0636 protein

分子名称: Tlr0636 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
分子量理論値: 12.462559 KDa
配列文字列:
MIRPIADTYP LLPLSKAQMG QRQEIINSHK RLWDKTMATD LIMTILPGMT VKVTNPNDTY YQFQGIVQRI TDGKVAVLFE GGNWDKLVT FQASELEPVV VTPKEKAKAK K

+
分子 #19: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #20: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 2 / 式: PGT
分子量理論値: 751.023 Da
Chemical component information

ChemComp-PGT:
(1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / リン脂質*YM

+
分子 #21: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 5 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #22: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 1 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #23: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 1 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #24: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #25: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #26: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 1 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 40.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 170151
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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