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タイトルRedox-coupled proton pumping drives carbon concentration in the photosynthetic complex I.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 11, Issue 1, Page 494, Year 2020
掲載日2020年1月24日
著者Jan M Schuller / Patricia Saura / Jacqueline Thiemann / Sandra K Schuller / Ana P Gamiz-Hernandez / Genji Kurisu / Marc M Nowaczyk / Ville R I Kaila /
PubMed 要旨Photosynthetic organisms capture light energy to drive their energy metabolism, and employ the chemical reducing power to convert carbon dioxide (CO) into organic molecules. Photorespiration, ...Photosynthetic organisms capture light energy to drive their energy metabolism, and employ the chemical reducing power to convert carbon dioxide (CO) into organic molecules. Photorespiration, however, significantly reduces the photosynthetic yields. To survive under low CO concentrations, cyanobacteria evolved unique carbon-concentration mechanisms that enhance the efficiency of photosynthetic CO fixation, for which the molecular principles have remained unknown. We show here how modular adaptations enabled the cyanobacterial photosynthetic complex I to concentrate CO using a redox-driven proton-pumping machinery. Our cryo-electron microscopy structure at 3.2 Å resolution shows a catalytic carbonic anhydrase module that harbours a Zn active site, with connectivity to proton-pumping subunits that are activated by electron transfer from photosystem I. Our findings illustrate molecular principles in the photosynthetic complex I machinery that enabled cyanobacteria to survive in drastically changing CO conditions.
リンクNat Commun / PubMed:31980611 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 Å
構造データ

10513

6tjv

EMDB-10513, PDB-6tjv:
Structure of the NDH-1MS complex from Thermosynechococcus elongatus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

化合物

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

ChemComp-PGT:
(1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / リン脂質*YM

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
  • thermosynechococcus elongatus (strain bp-1) (バクテリア)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / carbon concentrating photosynthetic complex I / proton pump

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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