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万見- EMDB-10067: Cryo-EM structure of Lsg1-TAP ribosomal subunit (State I - subclass 2) -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10067 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Lsg1-TAP ribosomal subunit (State I - subclass 2) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Kargas V / Warren AJ | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Mechanism of completion of peptidyltransferase centre assembly in eukaryotes. 著者: Vasileios Kargas / Pablo Castro-Hartmann / Norberto Escudero-Urquijo / Kyle Dent / Christine Hilcenko / Carolin Sailer / Gertrude Zisser / Maria J Marques-Carvalho / Simone Pellegrino / ...著者: Vasileios Kargas / Pablo Castro-Hartmann / Norberto Escudero-Urquijo / Kyle Dent / Christine Hilcenko / Carolin Sailer / Gertrude Zisser / Maria J Marques-Carvalho / Simone Pellegrino / Leszek Wawiórka / Stefan Mv Freund / Jane L Wagstaff / Antonina Andreeva / Alexandre Faille / Edwin Chen / Florian Stengel / Helmut Bergler / Alan John Warren / 要旨: During their final maturation in the cytoplasm, pre-60S ribosomal particles are converted to translation-competent large ribosomal subunits. Here, we present the mechanism of peptidyltransferase ...During their final maturation in the cytoplasm, pre-60S ribosomal particles are converted to translation-competent large ribosomal subunits. Here, we present the mechanism of peptidyltransferase centre (PTC) completion that explains how integration of the last ribosomal proteins is coupled to release of the nuclear export adaptor Nmd3. Single-particle cryo-EM reveals that eL40 recruitment stabilises helix 89 to form the uL16 binding site. The loading of uL16 unhooks helix 38 from Nmd3 to adopt its mature conformation. In turn, partial retraction of the L1 stalk is coupled to a conformational switch in Nmd3 that allows the uL16 P-site loop to fully accommodate into the PTC where it competes with Nmd3 for an overlapping binding site (base A2971). Our data reveal how the central functional site of the ribosome is sculpted and suggest how the formation of translation-competent 60S subunits is disrupted in leukaemia-associated ribosomopathies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10067.map.gz | 88.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10067-v30.xml emd-10067.xml | 16 KB 16 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10067.png | 75.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10067 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10067 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10067_validation.pdf.gz | 263.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10067_full_validation.pdf.gz | 263 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10067_validation.xml.gz | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10067 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10067 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10067.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.065 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Lsg1-TAP 60s ribosomal subunit
全体 | 名称: Lsg1-TAP 60s ribosomal subunit |
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要素 |
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-超分子 #1: Lsg1-TAP 60s ribosomal subunit
超分子 | 名称: Lsg1-TAP 60s ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#48 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 63.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア: (名称: Gctf (ver. 1.06), CTFFIND (ver. 4.1)) |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 46631 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |