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- EMDB-0974: Structure of nucleosome-bound human BAF complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0974
タイトルStructure of nucleosome-bound human BAF complex
マップデータStructure of nucleosome-bound human BAF complex in the apo state
試料
  • 複合体: Structure of nucleosome-bound human BAF complex
    • 複合体: Nucleosome
      • タンパク質・ペプチド: x 4種
      • DNA: x 2種
    • 複合体: BAF
      • タンパク質・ペプチド: x 9種
  • リガンド: x 1種
キーワードChromatin remodeler / Complex / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Positive Regulation of CDH1 Gene Transcription / Formation of the canonical BAF (cBAF) complex / Formation of the embryonic stem cell BAF (esBAF) complex / Formation of neuronal progenitor and neuronal BAF (npBAF and nBAF) / negative regulation of myeloid progenitor cell differentiation / single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / positive regulation of norepinephrine uptake ...Positive Regulation of CDH1 Gene Transcription / Formation of the canonical BAF (cBAF) complex / Formation of the embryonic stem cell BAF (esBAF) complex / Formation of neuronal progenitor and neuronal BAF (npBAF and nBAF) / negative regulation of myeloid progenitor cell differentiation / single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / positive regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / bBAF complex / cellular response to cytochalasin B / neural retina development / npBAF complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / nBAF complex / brahma complex / histone H3K14ac reader activity / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / blastocyst hatching / regulation of transepithelial transport / N-acetyltransferase activity / nucleosome array spacer activity / hepatocyte differentiation / morphogenesis of a polarized epithelium / Formation of annular gap junctions / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / GBAF complex / Gap junction degradation / Folding of actin by CCT/TriC / regulation of G0 to G1 transition / Cell-extracellular matrix interactions / protein localization to adherens junction / dense body / Tat protein binding / postsynaptic actin cytoskeleton / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / Ino80 complex / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / XY body / RSC-type complex / blastocyst formation / ATP-dependent chromatin remodeler activity / host-mediated activation of viral transcription / cellular response to fatty acid / regulation of nucleotide-excision repair / regulation of double-strand break repair / Adherens junctions interactions / RHOF GTPase cycle / adherens junction assembly / nucleosome disassembly / apical protein localization / germ cell nucleus / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Interaction between L1 and Ankyrins / tight junction / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of T cell differentiation / nuclear androgen receptor binding / apical junction complex / nuclear chromosome / positive regulation of double-strand break repair / spinal cord development / maintenance of blood-brain barrier / regulation of norepinephrine uptake / regulation of chromosome organization / nitric-oxide synthase binding / transporter regulator activity / cortical cytoskeleton / positive regulation of stem cell population maintenance / NuA4 histone acetyltransferase complex / establishment or maintenance of cell polarity / Recycling pathway of L1 / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / regulation of DNA replication / brush border / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of embryonic development / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / negative regulation of cell differentiation / histone H4K16ac reader activity / kinesin binding / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / regulation of synaptic vesicle endocytosis / positive regulation of myoblast differentiation / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ATP-dependent activity, acting on DNA / positive regulation of Wnt signaling pathway / RHO GTPases activate IQGAPs / regulation of DNA repair / regulation of protein localization to plasma membrane / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Chromatin modifying enzymes / DNA polymerase binding / neurogenesis
類似検索 - 分子機能
SWI/SNF-like complex subunit BAF250a / SWI/SNF-like complex subunit BAF250/Osa / SWI/SNF-like complex subunit BAF250, C-terminal / SWI/SNF-like complex subunit BAF250/Osa / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1 / SWIB domain / SWI complex, BAF60b domains / DPF1-3, N-terminal domain / SMARCC, SWIRM-associated domain / SMARCC, N-terminal ...SWI/SNF-like complex subunit BAF250a / SWI/SNF-like complex subunit BAF250/Osa / SWI/SNF-like complex subunit BAF250, C-terminal / SWI/SNF-like complex subunit BAF250/Osa / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1 / SWIB domain / SWI complex, BAF60b domains / DPF1-3, N-terminal domain / SMARCC, SWIRM-associated domain / SMARCC, N-terminal / : / DPF1-3, N-terminal / SWIRM-associated domain at the N-terminal / SWIRM-associated domain at the C-terminal / MarR-like, BRCT and chromo domains module profile. / : / SWI/SNF Subunit INI1, DNA binding domain / SWI/SNF complex subunit BRG1 / Chromatin-remodeling complex component Sfh1/SNF5 / SMARCC, C-terminal / SWIRM-associated region 1 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1 / BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / domain in helicases and associated with SANT domains / HSA domain / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / HMG (high mobility group) box / SANT domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / SANT domain / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Myb-like DNA-binding domain / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / zinc finger / PHD-finger / BRCT domain superfamily / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger C2H2 superfamily / Actin / Actin family / Actin / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger C2H2-type / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / : / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
AT-rich interactive domain-containing protein 1A / Actin-like protein 6A / Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4 / Actin, cytoplasmic 1 / Histone H4 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1 / Histone H3.3 / SWI/SNF complex subunit SMARCC2 ...AT-rich interactive domain-containing protein 1A / Actin-like protein 6A / Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4 / Actin, cytoplasmic 1 / Histone H4 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1 / Histone H3.3 / SWI/SNF complex subunit SMARCC2 / Histone H2B / Zinc finger protein ubi-d4 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus calcaratus (カエル) / Homo sapiens (ヒト) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Shuang H / Zihan W
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Structure of nucleosome-bound human BAF complex.
著者: Shuang He / Zihan Wu / Yuan Tian / Zishuo Yu / Jiali Yu / Xinxin Wang / Jie Li / Bijun Liu / Yanhui Xu /
要旨: Mammalian SWI/SNF family chromatin remodelers, BRG1/BRM-associated factor (BAF) and polybromo-associated BAF (PBAF), regulate chromatin structure and transcription, and their mutations are linked to ...Mammalian SWI/SNF family chromatin remodelers, BRG1/BRM-associated factor (BAF) and polybromo-associated BAF (PBAF), regulate chromatin structure and transcription, and their mutations are linked to cancers. The 3.7-angstrom-resolution cryo-electron microscopy structure of human BAF bound to the nucleosome reveals that the nucleosome is sandwiched by the base and the adenosine triphosphatase (ATPase) modules, which are bridged by the actin-related protein (ARP) module. The ATPase motor is positioned proximal to nucleosomal DNA and, upon ATP hydrolysis, engages with and pumps DNA along the nucleosome. The C-terminal α helix of SMARCB1, enriched in positively charged residues frequently mutated in cancers, mediates interactions with an acidic patch of the nucleosome. AT-rich interactive domain-containing protein 1A (ARID1A) and the SWI/SNF complex subunit SMARCC serve as a structural core and scaffold in the base module organization, respectively. Our study provides structural insights into subunit organization and nucleosome recognition of human BAF complex.
履歴
登録2020年1月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月12日-
マップ公開2020年2月12日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ltj
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0974.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0974.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of nucleosome-bound human BAF complex in the apo state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 512 pix.
= 532.48 Å		1.04 Å/pix.
x 512 pix.
= 532.48 Å		1.04 Å/pix.
x 512 pix.
= 532.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.48 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-1.2884388 - 3.305587
平均 (標準偏差)-0.00006621686 (±0.107257016)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 532.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z532.480532.480532.480
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-1.2883.306-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Structure of nucleosome-bound human BAF complex

全体名称: Structure of nucleosome-bound human BAF complex
要素
  • 複合体: Structure of nucleosome-bound human BAF complex
    • 複合体: Nucleosome
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.3
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
      • DNA: DNA (119-MER)
      • DNA: DNA (119-MER)
    • 複合体: BAF
      • タンパク質・ペプチド: Transcription activator BRG1
      • タンパク質・ペプチド: Actin-like protein 6A
      • タンパク質・ペプチド: Actin, cytoplasmic 1
      • タンパク質・ペプチド: AT-rich interactive domain-containing protein 1A
      • タンパク質・ペプチド: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
      • タンパク質・ペプチド: SWI/SNF complex subunit SMARCC2
      • タンパク質・ペプチド: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1
      • タンパク質・ペプチド: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1
      • タンパク質・ペプチド: Zinc finger protein ubi-d4
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Structure of nucleosome-bound human BAF complex

超分子名称: Structure of nucleosome-bound human BAF complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#15

+
超分子 #2: Nucleosome

超分子名称: Nucleosome / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4, #14-#15
由来(天然)生物種: Xenopus calcaratus (カエル)

+
超分子 #3: BAF

超分子名称: BAF / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#13
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Histone H3.3

分子名称: Histone H3.3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 15.360983 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PSTGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSAA IGALQEASEA YLVGLFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3.3

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #3: Histone H2A type 1

分子名称: Histone H2A type 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.993295 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKQGGK TRAKAKTRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY AERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAVR NDEELNKLLG GVTIAQGGVL PNIQSVLLPK KTESAKSAKS K

UniProtKB: Histone H2A type 1

+
分子 #4: Histone H2B

分子名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.873086 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
MSDPAKSAPA AKKGSKKAVT KTQKKDGKKR RKSRKESYAI YVYKVLKQVH PDTGISSKAM SIMNSFVNDV FERIAGEASR LAHYNKRST ITSREIQTAG RLLLPGELAK HAVSEGTKAV TKYTSAK

UniProtKB: Histone H2B

+
分子 #5: Transcription activator BRG1

分子名称: Transcription activator BRG1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 184.923828 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSTPDPPLGG TPRPGPSPGP GPSPGAMLGP SPGPSPGSAH SMMGPSPGPP SAGHPIPTQG PGGYPQDNMH QMHKPMESMH EKGMSDDPR YNQMKGMGMR SGGHAGMGPP PSPMDQHSQG YPSPLGGSEH ASSPVPASGP SSGPQMSSGP GGAPLDGADP Q ALGQQNRG ...文字列:
MSTPDPPLGG TPRPGPSPGP GPSPGAMLGP SPGPSPGSAH SMMGPSPGPP SAGHPIPTQG PGGYPQDNMH QMHKPMESMH EKGMSDDPR YNQMKGMGMR SGGHAGMGPP PSPMDQHSQG YPSPLGGSEH ASSPVPASGP SSGPQMSSGP GGAPLDGADP Q ALGQQNRG PTPFNQNQLH QLRAQIMAYK MLARGQPLPD HLQMAVQGKR PMPGMQQQMP TLPPPSVSAT GPGPGPGPGP GP GPGPAPP NYSRPHGMGG PNMPPPGPSG VPPGMPGQPP GGPPKPWPEG PMANAAAPTS TPQKLIPPQP TGRPSPAPPA VPP AASPVM PPQTQSPGQP AQPAPMVPLH QKQSRITPIQ KPRGLDPVEI LQEREYRLQA RIAHRIQELE NLPGSLAGDL RTKA TIELK ALRLLNFQRQ LRQEVVVCMR RDTALETALN AKAYKRSKRQ SLREARITEK LEKQQKIEQE RKRRQKHQEY LNSIL QHAK DFKEYHRSVT GKIQKLTKAV ATYHANTERE QKKENERIEK ERMRRLMAED EEGYRKLIDQ KKDKRLAYLL QQTDEY VAN LTELVRQHKA AQVAKEKKKK KKKKKAENAE GQTPAIGPDG EPLDETSQMS DLPVKVIHVE SGKILTGTDA PKAGQLE AW LEMNPGYEVA PRSDSEESGS EEEEEEEEEE QPQAAQPPTL PVEEKKKIPD PDSDDVSEVD ARHIIENAKQ DVDDEYGV S QALARGLQSY YAVAHAVTER VDKQSALMVN GVLKQYQIKG LEWLVSLYNN NLNGILADEM GLGKTIQTIA LITYLMEHK RINGPFLIIV PLSTLSNWAY EFDKWAPSVV KVSYKGSPAA RRAFVPQLRS GKFNVLLTTY EYIIKDKHIL AKIRWKYMIV DEGHRMKNH HCKLTQVLNT HYVAPRRLLL TGTPLQNKLP ELWALLNFLL PTIFKSCSTF EQWFNAPFAM TGEKVDLNEE E TILIIRRL HKVLRPFLLR RLKKEVEAQL PEKVEYVIKC DMSALQRVLY RHMQAKGVLL TDGSEKDKKG KGGTKTLMNT IM QLRKICN HPYMFQHIEE SFSEHLGFTG GIVQGLDLYR ASGKFELLDR ILPKLRATNH KVLLFCQMTS LMTIMEDYFA YRG FKYLRL DGTTKAEDRG MLLKTFNEPG SEYFIFLLST RAGGLGLNLQ SADTVIIFDS DWNPHQDLQA QDRAHRIGQQ NEVR VLRLC TVNSVEEKIL AAAKYKLNVD QKVIQAGMFD QKSSSHERRA FLQAILEHEE QDESRHCSTG SGSASFAHTA PPPAG VNPD LEEPPLKEED EVPDDETVNQ MIARHEEEFD LFMRMDLDRR REEARNPKRK PRLMEEDELP SWIIKDDAEV ERLTCE EEE EKMFGRGSRH RKEVDYSDSL TEKQWLKAIE EGTLEEIEEE VRQKKSSRKR KRDSDAGSST PTTSTRSRDK DDESKKQ KK RGRPPAEKLS PNPPNLTKKM KKIVDAVIKY KDSSSGRQLS EVFIQLPSRK ELPEYYELIR KPVDFKKIKE RIRNHKYR S LNDLEKDVML LCQNAQTFNL EGSLIYEDSI VLQSVFTSVR QKIEKEDDSE GEESEEEEEG EEEGSESESR SVKVKIKLG RKEKAQDRLK GGRRRPSRGS RAKPVVSDDD SEEEQEEDRS GSGSEED

UniProtKB: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4

+
分子 #6: Actin-like protein 6A

分子名称: Actin-like protein 6A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.236273 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GALVFDIGSY TVRAGYAGED CPKVDFPTAI GMVVERDDGS TLMEIDGDKG KQGGPTYYID TNALRVPREN MEAISPLKNG MVEDWDSFQ AILDHTYKMH VKSEASLHPV LMSEAPWNTR AKREKLTELM FEHYNIPAFF LCKTAVLTAF ANGRSTGLIL D SGATHTTA ...文字列:
GALVFDIGSY TVRAGYAGED CPKVDFPTAI GMVVERDDGS TLMEIDGDKG KQGGPTYYID TNALRVPREN MEAISPLKNG MVEDWDSFQ AILDHTYKMH VKSEASLHPV LMSEAPWNTR AKREKLTELM FEHYNIPAFF LCKTAVLTAF ANGRSTGLIL D SGATHTTA IPVHDGYVLQ QGIVKSPLAG DFITMQCREL FQEMNIELVP PYMIASKEAV REGSPANWKR KEKLPQVTRS WH NYMCNCV IQDFQASVLQ VSDSTYDEQV AAQMPTVHYE FPNGYNCDFG AERLKIPEGL FDPSNVKGLS GNTMLGVSHV VTT SVGMCD IDIRPGLYGS VIVAGGNTLI QSFTDRLNRE LSQKTPPSMR LKLIANNTTV ERRFSSWIGG SILASLGTFQ QMWI SKQEY EP

UniProtKB: Actin-like protein 6A

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分子 #7: Actin, cytoplasmic 1

分子名称: Actin, cytoplasmic 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.78266 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDDDIAALVV DNGSGMCKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IEHGIVTNWD DMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPVLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNT PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVMDSGDGV T HTVPIYEG ...文字列:
MDDDIAALVV DNGSGMCKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IEHGIVTNWD DMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPVLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNT PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVMDSGDGV T HTVPIYEG YALPHAILRL DLAGRDLTDY LMKILTERGY SFTTTAEREI VRDIKEKLCY VALDFEQEMA TAASSSSLEK SY ELPDGQV ITIGNERFRC PEALFQPSFL GMESCGIHET TFNSIMKCDV DIRKDLYANT VLSGGTTMYP GIADRMQKEI TAL APSTMK IKIIAPPERK YSVWIGGSIL ASLSTFQQMW ISKQEYDESG PSIVHRKCF

UniProtKB: Actin, cytoplasmic 1

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分子 #8: AT-rich interactive domain-containing protein 1A

分子名称: AT-rich interactive domain-containing protein 1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 142.316531 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TESKSKKSSS STTTNEKITK LYELGGEPER KMWVDRYLAF TEEKAMGMTN LPAVGRKPLD LYRLYVSVKE IGGLTQVNKN KKWRELATN LNVGTSSSAA SSLKKQYIQC LYAFECKIER GEDPPPDIFA AADSKKSQPK IQPPSPAGSG SMQGPQTPQS T SSSMAEGG ...文字列:
TESKSKKSSS STTTNEKITK LYELGGEPER KMWVDRYLAF TEEKAMGMTN LPAVGRKPLD LYRLYVSVKE IGGLTQVNKN KKWRELATN LNVGTSSSAA SSLKKQYIQC LYAFECKIER GEDPPPDIFA AADSKKSQPK IQPPSPAGSG SMQGPQTPQS T SSSMAEGG DLKPPTPAST PHSQIPPLPG MSRSNSVGIQ DAFNDGSDST FQKRNSMTPN PGYQPSMNTS DMMGRMSYEP NK DPYGSMR KAPGSDPFMS SGQGPNGGMG DPYSRAAGPG LGNVAMGPRQ HYPYGGPYDR VRTEPGIGPE GNMSTGAPQP NLM PSNPDS GMYSPSRYPP QQQQQQQQRH DSYGNQFSTQ GTPSGSPFPS QQTTMYQQQQ QNYKRPMDGT YGPPAKRHEG EMYS VPYST GQGQPQQQQL PPAQPQPASQ QQAAQPSPQQ DVYNQYGNAY PATATAATER RPAGGPQNQF PFQFGRDRVS APPGT NAQQ NMPPQMMGGP IQASAEVAQQ GTMWQGRNDM TYNYANRQST GSAPQGPAYH GVNRTDEMLH TDQRANHEGS WPSHGT RQP PYGPSAPVPP MTRPPPSNYQ PPPSMQNHIP QVSSPAPLPR PMENRTSPSK SPFLHSGMKM QKAGPPVPAS HIAPAPV QP PMIRRDITFP PGSVEATQPV LKQRRRLTMK DIGTPEAWRV MMSLKSGLLA ESTWALDTIN ILLYDDNSIM TFNLSQLP G LLELLVEYFR RCLIEIFGIL KEYEVGDPGQ RTLLDPGRFS KVSSPAPMEG GEEEEELLGP KLEEEEEEEV VENDEEIAF SGKDKPASEN SEEKLISKFD KLPVKIVQKN DPFVVDCSDK LGRVQEFDSG LLHWRIGGGD TTEHIQTHFE SKTELLPSRP HAPCPPAPR KHVTTAEGTP GTTDQEGPPP DGPPEKRITA TMDDMLSTRS STLTEDGAKS SEAIKESSKF PFGISPAQSH R NIKILEDE PHSKDETPLC TLLDWQDSLA KRCVCVSNTI RSLSFVPGND FEMSKHPGLL LILGKLILLH HKHPERKQAP LT YEKEEEQ DQGVSCNKVE WWWDCLEMLR ENTLVTLANI SGQLDLSPYP ESICLPVLDG LLHWAVCPSA EAQDPFSTLG PNA VLSPQR LVLETLSKLS IQDNNVDLIL ATPPFSRLEK LYSTMVRFLS DRKNPVCREM AVVLLANLAQ GDSLAARAIA VQKG SIGNL LGFLEDSLAA TQFQQSQASL LHMQNPPFEP TSVDMMRRAA RALLALAKVD ENHSEFTLYE SRLLDISVSP LMNSL VSQV ICDVLFLIGQ S

UniProtKB: AT-rich interactive domain-containing protein 1A

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分子 #9: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of ch...

分子名称: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.015094 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MMMMALSKTF GQKPVKFQLE DDGEFYMIGS EVGNYLRMFR GSLYKRYPSL WRRLATVEER KKIVASSHGK KTKPNTKDHG YTTLATSVT LLKASEVEEI LDGNDEKYKA VSISGGSGGS GGSDPAVIHE NASQPEVLVP IRLDMEIDGQ KLRDAFTWNM N EKLMTPEM ...文字列:
MMMMALSKTF GQKPVKFQLE DDGEFYMIGS EVGNYLRMFR GSLYKRYPSL WRRLATVEER KKIVASSHGK KTKPNTKDHG YTTLATSVT LLKASEVEEI LDGNDEKYKA VSISGGSGGS GGSDPAVIHE NASQPEVLVP IRLDMEIDGQ KLRDAFTWNM N EKLMTPEM FSEILCDDLD LNPLTFVPAI ASAIRQQIES YPTDSILEDQ SDQRVIIKLN IHVGNISLVD QFEWDMSEKE NS PEKFALK LCSELGLGGE FVTTIAYSIR GQLSWHQKTY AFSENPLPTV EIAIRNTGDA DQWCPLLETL TDAEMEKKIR DQD RNTRRM RRLANTAPAW

UniProtKB: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1

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分子 #10: SWI/SNF complex subunit SMARCC2

分子名称: SWI/SNF complex subunit SMARCC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 133.048109 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAVRKKDGGP NVKYYEAADT VTQFDNVRLW LGKNYKKYIQ AEPPTNKSLS SLVVQLLQFQ EEVFGKHVSN APLTKLPIKC FLDFKAGGS LCHILAAAYK FKSDQGWRRY DFQNPSRMDR NVEMFMTIEK SLVQNNCLSR PNIFLCPEIE PKLLGKLKDI I KRHQGTVT ...文字列:
MAVRKKDGGP NVKYYEAADT VTQFDNVRLW LGKNYKKYIQ AEPPTNKSLS SLVVQLLQFQ EEVFGKHVSN APLTKLPIKC FLDFKAGGS LCHILAAAYK FKSDQGWRRY DFQNPSRMDR NVEMFMTIEK SLVQNNCLSR PNIFLCPEIE PKLLGKLKDI I KRHQGTVT EDKNNASHVV YPVPGNLEEE EWVRPVMKRD KQVLLHWGYY PDSYDTWIPA SEIEASVEDA PTPEKPRKVH AK WILDTDT FNEWMNEEDY EVNDDKNPVS RRKKISAKTL TDEVNSPDSD RRDKKGGNYK KRKRSPSPSP TPEAKKKNAK KGP STPYTK SKRGHREEEQ EDLTKDMDEP SPVPNVEEVT LPKTVNTKKD SESAPVKGGT MTDLDEQEDE SMETTGKDED ENST GNKGE QTKNPDLHED NVTEQTHHII IPSYAAWFDY NSVHAIERRA LPEFFNGKNK SKTPEIYLAY RNFMIDTYRL NPQEY LTST ACRRNLAGDV CAIMRVHAFL EQWGLINYQV DAESRPTPMG PPPTSHFHVL ADTPSGLVPL QPKTPQQTSA SQQMLN FPD KGKEKPTDMQ NFGLRTDMYT KKNVPSKSKA AASATREWTE QETLLLLEAL EMYKDDWNKV SEHVGSRTQD ECILHFL RL PIEDPYLEDS EASLGPLAYQ PIPFSQSGNP VMSTVAFLAS VVDPRVASAA AKSALEEFSK MKEEVPTALV EAHVRKVE E AAKVTGKADP AFGLESSGIA GTTSDEPERI EESGNDEARV EGQATDEKKE PKEPREGGGA IEEEAKEKTS EAPKKDEEK GKEGDSEKES EKSDGDPIVD PEKEKEPKEG QEEVLKEVVE SEGERKTKVE RDIGEGNLST AAAAALAAAA VKAKHLAAVE ERKIKSLVA LLVETQMKKL EIKLRHFEEL ETIMDREREA LEYQRQQLLA DRQAFHMEQL KYAEMRARQQ HFQQMHQQQQ Q PPPALPPG SQPIPPTGAA GPPAVHGLAV APASVVPAPA GSGAPPGSLG PSEQIGQAGS TAGPQQQQPA GAPQPGAVPP GV PPPGPHG PSPFPNQQTP PSMMPGAVPG SGHPGVAGNA PLGLPFGMPP PPPPPAPSII PFGSLADSIS INLPAPPNLH GHH HHLPFA PGTLPPPNLP VSMANPLHPN LPATTTMPSS LPLGPGLGSA AAQSPAIVAA VQGNLLPSAS PLPDPGTPLP PDPT APSPG TVTPVPPPQ

UniProtKB: SWI/SNF complex subunit SMARCC2

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分子 #11: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of ch...

分子名称: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.311391 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAARAGFQSV APSGGAGASG GAGAAAALGP GGTPGPPVRM GPAPGQGLYR SPMPGAAYPR PGMLPGSRMT PQGPSMGPPG YGGNPSVRP GLAQSGMDQS RKRPAPQQIQ QVQQQAVQNR NHNAKKKKMA DKILPQRIRE LVPESQAYMD LLAFERKLDQ T IMRKRLDI ...文字列:
MAARAGFQSV APSGGAGASG GAGAAAALGP GGTPGPPVRM GPAPGQGLYR SPMPGAAYPR PGMLPGSRMT PQGPSMGPPG YGGNPSVRP GLAQSGMDQS RKRPAPQQIQ QVQQQAVQNR NHNAKKKKMA DKILPQRIRE LVPESQAYMD LLAFERKLDQ T IMRKRLDI QEALKRPIKQ KRKLRIFISN TFNPAKSDAE DGEGTVASWE LRVEGRLLED SALSKYDATK QKRKFSSFFK SL VIELDKD LYGPDNHLVE WHRTATTQET DGFQVKRPGD VNVRCTVLLM LDYQPPQFKL DPRLARLLGI HTQTRPVIIQ ALW QYIKTH KLQDPHEREF VICDKYLQQI FESQRMKFSE IPQRLHALLM PPEPIIINHV ISVDPNDQKK TACYDIDVEV DDTL KTQMN SFLLSTASQQ EIATLDNKIH ETIETINQLK TQREFMLSFA RDPQGFINDW LQSQCRDLKT MTDVVGNPEE ERRAE FYFQ PWAQEAVCRY FYSKVQQRRQ ELEQALGIRN T

UniProtKB: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 1

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分子 #12: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of ch...

分子名称: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.710371 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSKRPSYAPP PTPAPATQMP STPGFVGYNP YSHLAYNNYR LGGNPGTNSR VTASSGITIP KPPKPPDKPL MPYMRYSRKV WDQVKASNP DLKLWEIGKI IGGMWRDLTD EEKQEYLNEY EAEKIEYNES MKAYHNSPAY LAYINAKSRA EAALEEESRQ R QSRMEKGE ...文字列:
MSKRPSYAPP PTPAPATQMP STPGFVGYNP YSHLAYNNYR LGGNPGTNSR VTASSGITIP KPPKPPDKPL MPYMRYSRKV WDQVKASNP DLKLWEIGKI IGGMWRDLTD EEKQEYLNEY EAEKIEYNES MKAYHNSPAY LAYINAKSRA EAALEEESRQ R QSRMEKGE PYMSIQPAED PDDYDDGFSM KHTATARFQR NHRLISEILS ESVVPDVRSV VTTARMQVLK RQVQSLMVHQ RK LEAELLQ IEERHQEKKR KFLESTDSFN NELKRLCGLK VEVDMEKIAA EIAQAEEQAR KRQEEREKEA AEQAERSQSS IVP EEEQAA NKGEEKKDDE NIPMETEETH LEETTESQQN GEEGTSTPED KESGQEGVDS MAEEGTSDSN TGSESNSATV EEPP TDPIP EDEKKE

UniProtKB: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1

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分子 #13: Zinc finger protein ubi-d4

分子名称: Zinc finger protein ubi-d4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.781926 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAVVENVVK LLGEQYYKDA MEQCHNYNAR LCAERSVRLP FLDSQTGVAQ SNCYIWMEKR HRGPGLASGQ LYSYPARRWR KKRRAHPPE DPRLSFPSIK PGGSGGSGGS YACDICGKRY KNRPGLSYHY AHSHLAEEEG EDKEDSQPPT PVSQRSEEQK S KKGPDGLA ...文字列:
MAAVVENVVK LLGEQYYKDA MEQCHNYNAR LCAERSVRLP FLDSQTGVAQ SNCYIWMEKR HRGPGLASGQ LYSYPARRWR KKRRAHPPE DPRLSFPSIK PGGSGGSGGS YACDICGKRY KNRPGLSYHY AHSHLAEEEG EDKEDSQPPT PVSQRSEEQK S KKGPDGLA LPNNYCDFCL GDSKINKKTG QPEELVSCSD CGRSGHPSCL QFTPVMMAAV KTYRWQCIEC KCCNICGTSE ND DQLLFCD DCDRGYHMYC LTPSMSEPPE GSWSCHLCLD LLKEKASIYQ NQNSS

UniProtKB: Zinc finger protein ubi-d4, Zinc finger protein ubi-d4

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分子 #14: DNA (119-MER)

分子名称: DNA (119-MER) / タイプ: dna / ID: 14 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.520266 KDa
配列文字列: (DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC) (DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG) (DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC) (DG)(DC)(DT)(DT)(DA) ...文字列:
(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC) (DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG) (DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC) (DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC) (DG)(DC) (DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DC)(DC)(DG) (DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC) (DC)(DT)(DA)(DG) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC) (DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT) (DC)(DA)(DG)(DA)

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分子 #15: DNA (119-MER)

分子名称: DNA (119-MER) / タイプ: dna / ID: 15 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.92952 KDa
配列文字列: (DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC) (DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA) (DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG) (DC) (DG)(DG)(DT)(DT)(DA) ...文字列:
(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC) (DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA) (DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG) (DC) (DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC) (DA)(DG) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DG)(DC)(DG) (DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA) (DC)(DG)(DA)(DC) (DC)(DA)(DA)(DT)(DT) (DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC) (DG)(DG)(DC)(DA)

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分子 #16: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) / 使用した粒子像数: 320658
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る