[日本語] English
万見
- EMDB-0932: Cryo-EM structure of immature Zika virus in complex with human an... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0932
タイトルCryo-EM structure of immature Zika virus in complex with human antibody DV62.5 Fab
マップデータ
試料
  • ウイルス: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)
    • 複合体: Zika virus
      • タンパク質・ペプチド: Envelope protein
      • タンパク質・ペプチド: pre-membrane protein
      • タンパク質・ペプチド: capsid protein
    • 複合体: anti-prM antibody DV62.5
      • タンパク質・ペプチド: Fab DV62.5 heavy-chain variable region
      • タンパク質・ペプチド: Fab DV62.5 light-chain variable region
キーワードimmature Zika virus / human antibody / virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / molecular adaptor activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / centrosome / viral envelope / lipid binding / host cell nucleus / virion attachment to host cell / GTP binding / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A ...: / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Zika virus (isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013) (ジカ熱ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å
データ登録者Tan TY / Fibriansah G
資金援助 シンガポール, 3件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education (MoE, Singapore)MOE2012-T3-1-008 シンガポール
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF-NRFI2016-01 シンガポール
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF2015NRF-CRP001-063 シンガポール
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Capsid protein structure in Zika virus reveals the flavivirus assembly process.
著者: Ter Yong Tan / Guntur Fibriansah / Victor A Kostyuchenko / Thiam-Seng Ng / Xin-Xiang Lim / Shuijun Zhang / Xin-Ni Lim / Jiaqi Wang / Jian Shi / Marc C Morais / Davide Corti / Shee-Mei Lok /
要旨: Structures of flavivirus (dengue virus and Zika virus) particles are known to near-atomic resolution and show detailed structure and arrangement of their surface proteins (E and prM in immature virus ...Structures of flavivirus (dengue virus and Zika virus) particles are known to near-atomic resolution and show detailed structure and arrangement of their surface proteins (E and prM in immature virus or M in mature virus). By contrast, the arrangement of the capsid proteins:RNA complex, which forms the core of the particle, is poorly understood, likely due to inherent dynamics. Here, we stabilize immature Zika virus via an antibody that binds across the E and prM proteins, resulting in a subnanometer resolution structure of capsid proteins within the virus particle. Fitting of the capsid protein into densities shows the presence of a helix previously thought to be removed via proteolysis. This structure illuminates capsid protein quaternary organization, including its orientation relative to the lipid membrane and the genomic RNA, and its interactions with the transmembrane regions of the surface proteins. Results show the capsid protein plays a central role in the flavivirus assembly process.
履歴
登録2020年1月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月26日-
マップ公開2020年2月26日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.65
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.65
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6lnt
  • 表面レベル: 1.65
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6lnt
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0932.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0932.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.69 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.65 / ムービー #1: 1.65
最小 - 最大-5.0028386 - 10.1823845
平均 (標準偏差)0.036360025 (±0.9796506)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-210-210-210
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 709.80005 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.691.691.69
M x/y/z420420420
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z709.800709.800709.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-210-210-210
NC/NR/NS420420420
D min/max/mean-5.00310.1820.036

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013

全体名称: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)
要素
  • ウイルス: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)
    • 複合体: Zika virus
      • タンパク質・ペプチド: Envelope protein
      • タンパク質・ペプチド: pre-membrane protein
      • タンパク質・ペプチド: capsid protein
    • 複合体: anti-prM antibody DV62.5
      • タンパク質・ペプチド: Fab DV62.5 heavy-chain variable region
      • タンパク質・ペプチド: Fab DV62.5 light-chain variable region

-
超分子 #1: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013

超分子名称: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013
タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: The virus was isolated from Zika patient. The immature Zika virus was grown in Aedes Albopictus clone C6/36 cell. The anti-prM antibody DV62.5 was generated from EBV-immortalized PBMC that ...詳細: The virus was isolated from Zika patient. The immature Zika virus was grown in Aedes Albopictus clone C6/36 cell. The anti-prM antibody DV62.5 was generated from EBV-immortalized PBMC that was obtained from dengue patient.
ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #2: Zika virus

超分子名称: Zika virus / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2, #5
由来(天然)生物種: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)
株: D3/SG/05K863DK1/2005

-
超分子 #3: anti-prM antibody DV62.5

超分子名称: anti-prM antibody DV62.5 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Envelope protein

分子名称: Envelope protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: flavivirin
由来(天然)生物種: Zika virus (isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013) (ジカ熱ウイルス)
株: isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013
分子量理論値: 54.444051 KDa
配列文字列: IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ...文字列:
IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ITPNSPRAEA TLGGFGSLGL DCEPRTGLDF SDLYYLTMNN KHWLVHKEWF HDIPLPWHAG ADTGTPHWNN KE ALVEFKD AHAKRQTVVV LGSQEGAVHT ALAGALEAEM DGAKGRLSSG HLKCRLKMDK LRLKGVSYSL CTAAFTFTKI PAE TLHGTV TVEVQYAGTD GPCKVPAQMA VDMQTLTPVG RLITANPVIT ESTENSKMML ELDPPFGDSY IVIGVGEKKI THHW HRSGS TIGKAFEATV RGAKRMAVLG DTAWDFGSVG GALNSLGKGI HQIFGAAFKS LFGGMSWFSQ ILIGTLLMWL GLNTK NGSI SLMCLALGGV LIFLSTAVSA

UniProtKB: Genome polyprotein

-
分子 #2: pre-membrane protein

分子名称: pre-membrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: flavivirin
由来(天然)生物種: Zika virus (isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013) (ジカ熱ウイルス)
株: isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013
分子量理論値: 18.561266 KDa
配列文字列:
RGSAYYMYLD RNDAGEAISF PTTLGMNKCY IQIMDLGHMC DATMSYECPM LDEGVEPDDV DCWCNTTSTW VVYGTCHHKK GEARRSRRA VTLPSHSTRK LQTRSQTWLE SREYTKHLIR VENWIFRNPG FALAAAAIAW LLGSSTSQKV IYLVMILLIA P AYS

UniProtKB: Genome polyprotein

-
分子 #3: Fab DV62.5 heavy-chain variable region

分子名称: Fab DV62.5 heavy-chain variable region / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.34486 KDa
組換発現生物種: Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
配列文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASLKV SCKASGYTFT SYGLSWVRQA PGQGLEWMGW ITPYNGNTKY TQKLQGRVTM TTDTSTSTVY MELRSLRSD DTAVYYCARD SGTYAFYFDY WGQGTLVTVS S

-
分子 #4: Fab DV62.5 light-chain variable region

分子名称: Fab DV62.5 light-chain variable region / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.376559 KDa
組換発現生物種: Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
配列文字列:
SYELTQPLSV SVALGQTASI TCGGNNIGSK NVHWYQQKPG QAPVLVIYKY VNRPSGIPER FSGSNSGNTA TLTISRAQAG DEADYYCQV WDSSTYVFGT GTKVTVL

-
分子 #5: capsid protein

分子名称: capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: flavivirin
由来(天然)生物種: Zika virus (isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013) (ジカ熱ウイルス)
株: isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013
分子量理論値: 12.747635 KDa
配列文字列:
KKSGGFRIVN MLKRGVARVS PFGGLKRLPA GLLLGHGPIR MVLAILAFLR FTAIKPSLGL INRWGSVGKK EAMEIIKKFK KDLAAMLRI INARKEKKRR GADTSVGIVG LLLTTAMA

UniProtKB: Genome polyprotein

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 10 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA, pH 8
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Immature Zika virus-Fab DV62.5 complex sample was prepared by mixing purified immature Zika virus with Fab DV62.5 at an E protein-Fab DV62.5 ratio of 1:1.1 and then the mixture was incubated at 37deg C for 30 min prior to sample blotting onto the grid.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 18.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 47000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8508

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 19295
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4b03

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5aze

chain_id: H, residue_range: 1-120, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4jzn

chain_id: B, residue_range: 1-106, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6lnt:
Cryo-EM structure of immature Zika virus in complex with human antibody DV62.5 Fab

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る