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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0857 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of echovirus 11 complexed with its uncoating receptor FcRn at pH 7.4 | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of echovirus 11 complexed with its uncoating receptor FcRn at pH 7.4 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / beta-2-microglobulin binding / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding ...IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / beta-2-microglobulin binding / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / cytoplasmic vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / endocytosis involved in viral entry into host cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / symbiont-mediated suppression of host gene expression / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / viral capsid / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / nucleoside-triphosphate phosphatase / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / protein complex oligomerization / early endosome membrane / late endosome membrane / monoatomic ion channel activity / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / protein refolding / DNA replication / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / host cell cytoplasm / learning or memory / RNA helicase activity / endosome membrane / symbiont entry into host cell / induction by virus of host autophagy / immune response / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / focal adhesion / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / Neutrophil degranulation / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Echovirus E11 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.39 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu S / Gao FG | |||||||||
引用 | ジャーナル: Chin.Sci.Bull. / 年: 2020 タイトル: Molecular and structural basis of Echovirus 11 infection by using the dual-receptor system of CD55 and FcRn. 著者: Niu S / Liu C / Liu C / Liu S / Song Y / Zhang Y / Tian W / Zhao X / Wang P / Gao FG | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0857.map.gz | 201.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0857-v30.xml emd-0857.xml | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0857_fsc.xml | 13.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0857.png | 251.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0857 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0857 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0857_validation.pdf.gz | 490.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0857_full_validation.pdf.gz | 489.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0857_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0857_validation.cif.gz | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0857 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0857 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6la6MC 0854C 0855C 0856C 0858C 0859C 0860C 0867C 0870C 0871C 6la3C 6la4C 6la5C 6la7C 6laoC 6lapC 6lb1C 6lboC 6lbqC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0857.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of echovirus 11 complexed with its uncoating receptor FcRn at pH 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Echovirus E11 complexed with its uncoating receptor
全体 | 名称: Echovirus E11 complexed with its uncoating receptor |
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要素 |
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-超分子 #1: Echovirus E11 complexed with its uncoating receptor
超分子 | 名称: Echovirus E11 complexed with its uncoating receptor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #3: FcRn receptor
超分子 | 名称: FcRn receptor / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #2: Echovirus E11
超分子 | 名称: Echovirus E11 / タイプ: virus / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4 / NCBI-ID: 12078 / 生物種: Echovirus E11 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Capsid protein VP1
分子 | 名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Echovirus E11 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 32.277359 KDa |
配列 | 文字列: VVEAVENAVA RVADTISSGP SNSQAVPALT AVETGHTSQV TPSDTIQTRH VRNYHSRSES SIENFLCRSA CVYMGEYHTT NTDTSKLFA SWTINARRMV QMRRKLELFT YVRFDMEVTF VITSKQDQGT QLGQDMPPLT HQIMYIPPGG PIPKSVTDYT W QTSTNPSI ...文字列: VVEAVENAVA RVADTISSGP SNSQAVPALT AVETGHTSQV TPSDTIQTRH VRNYHSRSES SIENFLCRSA CVYMGEYHTT NTDTSKLFA SWTINARRMV QMRRKLELFT YVRFDMEVTF VITSKQDQGT QLGQDMPPLT HQIMYIPPGG PIPKSVTDYT W QTSTNPSI FWTEGNAPPR MSIPFISIGN AYSNFYDGWS HFSQNGVYGY NTLNHMGQIY VRHVNGSSPL PMTSTVRMYF KP KHVKVWV PRPPRLCQYK NASTVNFTPT NITEKRQSIN YIPETVKP |
-分子 #2: Capsid protein VP2
分子 | 名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Echovirus E11 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 27.968449 KDa |
配列 | 文字列: DRVRSITLGN STITTQESAN VVVAYGRWPE YLKDNEATAE DQPTQPDVAT CRFYTLESVT WERDSPGWWW KFPDALKDMG LFGQNMYYH YLGRAGYTIH VQCNASKFHQ GCLMVVCVPE AEMGCSQVDG TVNEHSLSEG ETAKKFASTS TNGTNTVQSI V TNAGMGVG ...文字列: DRVRSITLGN STITTQESAN VVVAYGRWPE YLKDNEATAE DQPTQPDVAT CRFYTLESVT WERDSPGWWW KFPDALKDMG LFGQNMYYH YLGRAGYTIH VQCNASKFHQ GCLMVVCVPE AEMGCSQVDG TVNEHSLSEG ETAKKFASTS TNGTNTVQSI V TNAGMGVG VGNLTIFPHQ WINLRTNNCA TIVMPYINNV PMDNMFRHHN FTLMIIPFVP LDYSSDSSTY VPITVTVAPM CA EYNGLRL ATSL |
-分子 #3: Capsid protein VP3
分子 | 名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Echovirus E11 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 26.062578 KDa |
配列 | 文字列: GLPVMNTPGS NQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPELNIPGEV QNLMEIAEVD SVVPVNNVEG KLDTMEIYRI PVQSGNHQSS QVFGFQVQP GLDNVFKHTL LGEILNYYAH WSGSIKLTFV FCGSAMATGK FLLAYAPPGA NAPKSRKDAM LGTHIIWDVG L QSSCVLCI ...文字列: GLPVMNTPGS NQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPELNIPGEV QNLMEIAEVD SVVPVNNVEG KLDTMEIYRI PVQSGNHQSS QVFGFQVQP GLDNVFKHTL LGEILNYYAH WSGSIKLTFV FCGSAMATGK FLLAYAPPGA NAPKSRKDAM LGTHIIWDVG L QSSCVLCI PWISQTHYRL VQQDEYTSAG NVTCWYQTGI VVPAGTPTSC SIMCFVSACN DFSVRLLKDT PFIEQSALLQ |
-分子 #4: Capsid protein VP4
分子 | 名称: Capsid protein VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Echovirus E11 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 7.495273 KDa |
配列 | 文字列: MGAQVSTQKT GAHETGLNAS GRSIIHYTNI NYYKDAASNS ANRQDFSQDP GKFTEPVKDI MVKSLPALN |
-分子 #5: IgG receptor FcRn large subunit p51
分子 | 名称: IgG receptor FcRn large subunit p51 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 29.294971 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: LSLLYHLTAV SSPAPGTPAF WVSGWLGPQQ YLSYNSLRGE AEPCGAWVWE NQVSWYWEKE TTDLRIKEKL FLEAFKALGG KGPYTLQGL LGCELGPDNT SVPTAKFALN GEEFMNFDLK QGTWGGDWPE ALAISQRWQQ QDKAANKELT FLLFSCPHRL R EHLERGRG ...文字列: LSLLYHLTAV SSPAPGTPAF WVSGWLGPQQ YLSYNSLRGE AEPCGAWVWE NQVSWYWEKE TTDLRIKEKL FLEAFKALGG KGPYTLQGL LGCELGPDNT SVPTAKFALN GEEFMNFDLK QGTWGGDWPE ALAISQRWQQ QDKAANKELT FLLFSCPHRL R EHLERGRG NLEWKEPPSM RLKARPSSPG FSVLTCSAFS FYPPELQLRF LRNGLAAGTG QGDFGPNSDG SFHASSSLTV KS GDEHHYC CIVQHAGLAQ PLRVEL |
-分子 #6: Beta-2-microglobulin
分子 | 名称: Beta-2-microglobulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.74816 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: IQRTPKIQVY SRHPAENGKS NFLNCYVSGF HPSDIEVDLL KNGERIEKVE HSDLSFSKDW SFYLLYYTEF TPTEKDEYAC RVNHVTLSQ PKIVKWDRDM |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 1.025 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |