[日本語] English
万見
- EMDB-0780: cryo-EM structure of human PA200 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0780
タイトルcryo-EM structure of human PA200
マップデータ
試料
  • 細胞: human PA200
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome activator complex subunit 4
  • リガンド: [(1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxy-3,4,5,6-tetraphosphonooxy-cyclohexyl] phosphono hydrogen phosphate
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
キーワードProteasome activator / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


spermatoproteasome complex / sperm DNA condensation / peptidase activator activity / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / proteasome binding / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 ...spermatoproteasome complex / sperm DNA condensation / peptidase activator activity / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / proteasome binding / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / Asymmetric localization of PCP proteins / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Vpu mediated degradation of CD4 / Degradation of DVL / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Hh mutants are degraded by ERAD / Degradation of AXIN / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of GLI1 by the proteasome / Hedgehog ligand biogenesis / Defective CFTR causes cystic fibrosis / G2/M Checkpoints / lysine-acetylated histone binding / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Hedgehog 'on' state / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / MAPK6/MAPK4 signaling / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / ABC-family proteins mediated transport / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / Regulation of PTEN stability and activity / Orc1 removal from chromatin / Regulation of RAS by GAPs / Separation of Sister Chromatids / Regulation of RUNX2 expression and activity / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / UCH proteinases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Neddylation / ER-Phagosome pathway / Ub-specific processing proteases / nuclear speck / DNA repair / DNA damage response / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Proteasome activator complex subunit 4 C-terminal domain / Proteasome activator Blm10, mid region / Proteasome activator complex subunit 4 / Domain of unknown function (DUF3437) / Proteasome-substrate-size regulator, mid region / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome activator complex subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Ouyang S / Hongxin G
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)31770948 中国
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structures of the human PA200 and PA200-20S complex reveal regulation of proteasome gate opening and two PA200 apertures.
著者: Hongxin Guan / Youwang Wang / Ting Yu / Yini Huang / Mianhuan Li / Abdullah F U H Saeed / Vanja Perčulija / Daliang Li / Jia Xiao / Dongmei Wang / Ping Zhu / Songying Ouyang /
要旨: Proteasomes are highly abundant and conserved protease complexes that eliminate unwanted proteins in the cells. As a single-chain ATP-independent nuclear proteasome activator, proteasome activator ...Proteasomes are highly abundant and conserved protease complexes that eliminate unwanted proteins in the cells. As a single-chain ATP-independent nuclear proteasome activator, proteasome activator 200 (PA200) associates with 20S core particle to form proteasome complex that catalyzes polyubiquitin-independent degradation of acetylated histones, thus playing a pivotal role in DNA repair and spermatogenesis. Here, we present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the human PA200-20S complex and PA200 at 2.72 Å and 3.75 Å, respectively. PA200 exhibits a dome-like architecture that caps 20S and uses its C-terminal YYA (Tyr-Tyr-Ala) to induce the α-ring rearrangements and partial opening of the 20S gate. Our structural data also indicate that PA200 has two openings formed by numerous positively charged residues that respectively bind (5,6)-bisdiphosphoinositol tetrakisphosphate (5,6[PP]2-InsP4) and inositol hexakisphosphate (InsP6) and are likely to be the gates that lead unfolded proteins through PA200 and into the 20S. Besides, our structural analysis of PA200 found that the bromodomain (BRD)-like (BRDL) domain of PA200 shows considerable sequence variation in comparison to other human BRDs, as it contains only 82 residues because of a short ZA loop, and cannot be classified into any of the eight typical human BRD families. Taken together, the results obtained from this study provide important insights into human PA200-induced 20S gate opening for substrate degradation and the opportunities to explore the mechanism for its recognition of H4 histone in acetylation-mediated proteasomal degradation.
履歴
登録2019年9月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月1日-
マップ公開2020年4月1日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6kwx
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0780.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0780.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 200 pix.
= 208. Å		1.04 Å/pix.
x 200 pix.
= 208. Å		1.04 Å/pix.
x 200 pix.
= 208. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.0 / ムービー #1: 4
最小 - 最大-11.800967999999999 - 18.900901999999999
平均 (標準偏差)-0.009729608 (±1.0053567)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 208.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z208.000208.000208.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-11.80118.901-0.010

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : human PA200

全体名称: human PA200
要素
  • 細胞: human PA200
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome activator complex subunit 4
  • リガンド: [(1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxy-3,4,5,6-tetraphosphonooxy-cyclohexyl] phosphono hydrogen phosphate
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

-
超分子 #1: human PA200

超分子名称: human PA200 / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Proteasome activator complex subunit 4

分子名称: Proteasome activator complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 215.774875 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGTTRSTMSY YHHHHHHDYD IPTTENLYFQ GAMDPMEPAE RAGVGEPPEP GGRPEPGPRG FVPQKEIVYN KLLPYAERLD AESDLQLAQ IKCNLGRAVQ LQELWPGGLF WTRKLSTYIR LYGRKFSKED HVLFIKLLYE LVSIPKLEIS MMQGFARLLI N LLKKKELL ...文字列:
MGTTRSTMSY YHHHHHHDYD IPTTENLYFQ GAMDPMEPAE RAGVGEPPEP GGRPEPGPRG FVPQKEIVYN KLLPYAERLD AESDLQLAQ IKCNLGRAVQ LQELWPGGLF WTRKLSTYIR LYGRKFSKED HVLFIKLLYE LVSIPKLEIS MMQGFARLLI N LLKKKELL SRADLELPWR PLYDMVERIL YSKTEHLGLN WFPNSVENIL KTLVKSCRPY FPADATAEML EEWRPLMCPF DV TMQKAIT YFEIFLPTSL PPELHHKGFK LWFDELIGLW VSVQNLPQWE GQLVNLFARL ATDNIGYIDW DPYVPKIFTR ILR SLNLPV GSSQVLVPRF LTNAYDIGHA VIWITAMMGG PSKLVQKHLA GLFNSITSFY HPSNNGRWLN KLMKLLQRLP NSVV RRLHR ERYKKPSWLT PVPDSHKLTD QDVTDFVQCI IQPVLLAMFS KTGSLEAAQA LQNLALMRPE LVIPPVLERT YPALE TLTE PHQLTATLSC VIGVARSLVS GGRWFPEGPT HMLPLLMRAL PGVDPNDFSK CMITFQFIAT FSTLVPLVDC SSVLQE RND LTEVERELCS ATAEFEDFVL QFMDRCFGLI ESSTLEQTRE ETETEKMTHL ESLVELGLSS TFSTILTQCS KEIFMVA LQ KVFNFSTSHI FETRVAGRMV ADMCRAAVKC CPEESLKLFV PHCCSVITQL TMNDDVLNDE ELDKELLWNL QLLSEITR V DGRKLLLYRE QLVKILQRTL HLTCKQGYTL SCNLLHHLLR STTLIYPTEY CSVPGGFDKP PSEYFPIKDW GKPGDLWNL GIQWHVPSSE EVSFAFYLLD SFLQPELVKL QHCGDGKLEM SRDDILQSLT IVHNCILGSG NLLPPLKGEP VTNLVPSMVS LEETKLYTG LEYDLSRENH REVIATVIRK LLNHILDNSE DDTKSLFLII KIIGDLLQFQ GSHKHEFDSR WKSFNLVKKS M ENRLHGKK QHIRALLIDR VMLQHELRTL TVEGCEYKKI HQDMIRDLLR LSTSSYSQVR NKAQQTFFAA LGAYNFCCRD II PLVLEFL RPDRQGVTQQ QFKGALYCLL GNHSGVCLAN LHDWDCIVQT WPAIVSSGLS QAMSLEKPSI VRLFDDLAEK IHR QYETIG LDFTIPKSCV EIAELLQQSK NPSINQILLS PEKIKEGIKR QQEKNADALR NYENLVDTLL DGVEQRNLPW KFEH IGIGL LSLLLRDDRV LPLRAIRFFV ENLNHDAIVV RKMAISAVAG ILKQLKRTHK KLTINPCEIS GCPKPTQIIA GDRPD NHWL HYDSKTIPRT KKEWESSCFV EKTHWGYYTW PKNMVVYAGV EEQPKLGRSR EDMTEAEQII FDHFSDPKFV EQLITF LSL EDRKGKDKFN PRRFCLFKGI FRNFDDAFLP VLKPHLEHLV ADSHESTQRC VAEIIAGLIR GSKHWTFEKV EKLWELL CP LLRTALSNIT VETYNDWGAC IATSCESRDP RKLHWLFELL LESPLSGEGG SFVDACRLYV LQGGLAQQEW RVPELLHR L LKYLEPKLTQ VYKNVRERIG SVLTYIFMID VSLPNTTPTI SPHVPEFTAR ILEKLKPLMD VDEEIQNHVM EENGIGEED ERTQGIKLLK TILKWLMASA GRSFSTAVTE QLQLLPLFFK IAPVENDNSY DELKRDAKLC LSLMSQGLLY PHQVPLVLQV LKQTARSSS WHARYTVLTY LQTMVFYNLF IFLNNEDAVK DIRWLVISLL EDEQLEVREM AATTLSGLLQ CNFLTMDSPM Q IHFEQLCK TKLPKKRKRD PGSVGDTIPS AELVKRHAGV LGLGACVLSS PYDVPTWMPQ LLMNLSAHLN DPQPIEMTVK KT LSNFRRT HHDNWQEHKQ QFTDDQLLVL TDLLVSPCYY A

UniProtKB: Proteasome activator complex subunit 4

-
分子 #2: [(1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-[oxidanyl(phosphonooxy)p...

分子名称: [(1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxy-3,4,5,6-tetraphosphonooxy-cyclohexyl] phosphono hydrogen phosphate
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: K0W
分子量理論値: 819.995 Da
Chemical component information

ChemComp-K0W:
[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxy-3,4,5,6-tetraphosphonooxy-cyclohexyl] phosphono hydrogen phosphate / D-myo-イノシト-ル1,2-ビス二りん酸3,4,5,6-テトラキスりん酸

-
分子 #3: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

分子名称: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: IHP
分子量理論値: 660.035 Da
Chemical component information

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 103000
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る