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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0727 | |||||||||
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タイトル | Structure of PSI from H. hongdechloris grown under far-red light condition | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Photosystem I / ELECTRON TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thylakoid membrane / : / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...thylakoid membrane / : / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Halomicronema hongdechloris (バクテリア) / Halomicronema hongdechloris C2206 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.41 Å | |||||||||
データ登録者 | Kato K / Nagao R | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Structural basis for the adaptation and function of chlorophyll f in photosystem I. 著者: Koji Kato / Toshiyuki Shinoda / Ryo Nagao / Seiji Akimoto / Takehiro Suzuki / Naoshi Dohmae / Min Chen / Suleyman I Allakhverdiev / Jian-Ren Shen / Fusamichi Akita / Naoyuki Miyazaki / Tatsuya Tomo / 要旨: Chlorophylls (Chl) play pivotal roles in energy capture, transfer and charge separation in photosynthesis. Among Chls functioning in oxygenic photosynthesis, Chl f is the most red-shifted type first ...Chlorophylls (Chl) play pivotal roles in energy capture, transfer and charge separation in photosynthesis. Among Chls functioning in oxygenic photosynthesis, Chl f is the most red-shifted type first found in a cyanobacterium Halomicronema hongdechloris. The location and function of Chl f in photosystems are not clear. Here we analyzed the high-resolution structures of photosystem I (PSI) core from H. hongdechloris grown under white or far-red light by cryo-electron microscopy. The structure showed that, far-red PSI binds 83 Chl a and 7 Chl f, and Chl f are associated at the periphery of PSI but not in the electron transfer chain. The appearance of Chl f is well correlated with the expression of PSI genes induced under far-red light. These results indicate that Chl f functions to harvest the far-red light and enhance uphill energy transfer, and changes in the gene sequences are essential for the binding of Chl f. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0727.map.gz | 23.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0727-v30.xml emd-0727.xml | 23.9 KB 23.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0727_fsc.xml | 12.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0727.png | 98.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0727.cif.gz | 7.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0727 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0727 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0727_validation.pdf.gz | 470 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0727_full_validation.pdf.gz | 469.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0727_validation.xml.gz | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0727_validation.cif.gz | 17.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0727 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0727 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0727.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.87 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : far-red PSI
+超分子 #1: far-red PSI
+分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
+分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
+分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center
+分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II
+分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV
+分子 #6: Photosystem I reaction center subunit VIII
+分子 #7: Photosystem I reaction center subunit PsaK
+分子 #8: Photosystem I reaction center subunit XI
+分子 #9: Photosystem I reaction center subunit XII
+分子 #10: CHLOROPHYLL A ISOMER
+分子 #11: CHLOROPHYLL A
+分子 #12: Chlorophyll F
+分子 #13: PHYLLOQUINONE
+分子 #14: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #15: BETA-CAROTENE
+分子 #16: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #17: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
+分子 #18: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #19: UNKNOWN LIGAND
+分子 #20: CALCIUM ION
+分子 #21: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.071 mg/mL | ||||||
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緩衝液 | pH: 6.5 / 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 47.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |