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- EMDB-0523: Yeast Ctf19 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0523
タイトルYeast Ctf19 complex
マップデータBiological protomer from reconstruction of real space-subtracted images
試料
  • 複合体: Ctf19 complex
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
キーワードKinetochore / CELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / COMA complex / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly / meiotic sister chromatid segregation / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / ascospore formation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / CENP-A containing chromatin assembly ...negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / COMA complex / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly / meiotic sister chromatid segregation / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / ascospore formation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / CENP-A containing chromatin assembly / outer kinetochore / protein localization to chromosome, centromeric region / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / kinetochore assembly / spindle pole body / protein localization to kinetochore / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / DNA replication initiation / meiotic cell cycle / chromosome segregation / kinetochore / cell division / structural molecule activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kinetochore subunit Nkp2/Cnl2 / Cnl2/NKP2 family protein / : / CENPU protein / Centromere protein O / Cenp-O kinetochore centromere component / Centromere protein Chl4/mis15/CENP-N / Kinetochore protein CHL4 like
類似検索 - ドメイン・相同性
Inner kinetochore subunit IML3 / Inner kinetochore subunit AME1 / Inner kinetochore subunit CHL4 / Inner kinetochore subunit OKP1 / Inner kinetochore subunit CTF19 / Inner kinetochore subunit NKP2 / Inner kinetochore subunit MCM21 / Inner kinetochore subunit NKP1 / Inner kinetochore subunit CTF3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.25 Å
データ登録者Hinshaw SM / Harrison SC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: The structure of the Ctf19c/CCAN from budding yeast.
著者: Stephen M Hinshaw / Stephen C Harrison /
要旨: Eukaryotic kinetochores connect spindlemicrotubules to chromosomal centromeres. A group of proteins called the Ctf19 complex (Ctf19c) in yeast and the constitutive centromere associated network (CCAN) ...Eukaryotic kinetochores connect spindlemicrotubules to chromosomal centromeres. A group of proteins called the Ctf19 complex (Ctf19c) in yeast and the constitutive centromere associated network (CCAN) in other organisms creates the foundation of a kinetochore. The Ctf19c/CCAN influences the timing of kinetochore assembly, sets its location by associating with a specialized nucleosome containing the histone H3 variant Cse4/CENP-A, and determines the organization of the microtubule attachment apparatus. We present here the structure of a reconstituted 13-subunit Ctf19c determined by cryo-electron microscopy at ~4 Å resolution. The structure accounts for known and inferred contacts with the Cse4 nucleosome and for an observed assembly hierarchy. We describe its implications for establishment of kinetochores and for their regulation by kinases throughout the cell cycle.
履歴
登録2019年2月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月27日-
マップ公開2019年4月3日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6nuw
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0523.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0523.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 107.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Biological protomer from reconstruction of real space-subtracted images
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.23 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.095592484 - 0.17549318
平均 (標準偏差)0.00033433523 (±0.0035447697)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ304304304
Spacing304304304
セルA=B=C: 373.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.231.231.23
M x/y/z304304304
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z373.920373.920373.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-383-383-383
NX/NY/NZ768768768
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS304304304
D min/max/mean-0.0960.1750.000

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添付データ

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追加マップ: Dimeric assembly. Twofold symmetry enforced during reconstruction.

ファイルemd_0523_additional.map
注釈Dimeric assembly. Twofold symmetry enforced during reconstruction.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ctf19 complex

全体名称: Ctf19 complex
要素
  • 複合体: Ctf19 complex
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit IML3
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit MCM21
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit CTF19
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit CHL4
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit OKP1
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit NKP1
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit AME1
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit CTF3,Inner kinetochore subunit CTF3
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit NKP2
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit Mcm22
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit Mcm16
    • タンパク質・ペプチド: Unknown (unassigned)

+
超分子 #1: Ctf19 complex

超分子名称: Ctf19 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)

+
分子 #1: Inner kinetochore subunit IML3

分子名称: Inner kinetochore subunit IML3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 28.365484 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SNAMPYTWKF LGISKQLSLE NGIAKLNQLL NLEVDLDIQT IRVPSDPDGG TAADEYIRYE MRLDISNLDE GTYSKFIFLG NSKMEVPMF LCYCGTDNRN EVVLQWLKAE YGVIMWPIKF EQKTMIKLAD ASIVHVTKEN IEQITWFSSK LYFEPETQDK N LRQFSIEI ...文字列:
SNAMPYTWKF LGISKQLSLE NGIAKLNQLL NLEVDLDIQT IRVPSDPDGG TAADEYIRYE MRLDISNLDE GTYSKFIFLG NSKMEVPMF LCYCGTDNRN EVVLQWLKAE YGVIMWPIKF EQKTMIKLAD ASIVHVTKEN IEQITWFSSK LYFEPETQDK N LRQFSIEI PRESCEGLAL GYGNTMHPYN DAIVPYIYNE TGMAVERLPL TSVILAGHTK IMRESIVTST RSLRNRVLAV VL QSIQFTS E

UniProtKB: Inner kinetochore subunit IML3

+
分子 #2: Inner kinetochore subunit MCM21

分子名称: Inner kinetochore subunit MCM21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 43.301133 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SNAMSRIDDL QQDIESLLSE INSLEESREK LKAKIKDKRK NEESANPIVQ EFEDLFDQFP QLNNFLFNEH PELEETDDKD ISRAQADIP ATPIPYEPKK RAKLENEEIL PEQEWVLKTQ PMVQHQMFDP GVADLLDTDI LTSPSKRKRK LKIDDISTSD R SELEDYIV ...文字列:
SNAMSRIDDL QQDIESLLSE INSLEESREK LKAKIKDKRK NEESANPIVQ EFEDLFDQFP QLNNFLFNEH PELEETDDKD ISRAQADIP ATPIPYEPKK RAKLENEEIL PEQEWVLKTQ PMVQHQMFDP GVADLLDTDI LTSPSKRKRK LKIDDISTSD R SELEDYIV LENVYRMFGI TFFPLVDPID LKIKDASGEI FVDREMLGIR LEVFSERTSQ FEKPHYVLLK KRIKSNSWFL FK HTIPSFI DVQGIFDDTN GGLVISHDDA YLFAKRVFLQ LVEVQKRRQI FKDLEAKKII HDLDLDLESS MVSFFVKDIK VEL FVKQNE IVSCSILDDI HDFSQNNKSK WEIALLGSLD DLELKLNHSF ATIFK

UniProtKB: Inner kinetochore subunit MCM21

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分子 #3: Inner kinetochore subunit CTF19

分子名称: Inner kinetochore subunit CTF19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 42.841113 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDFTSDTTNS HDTSNSHLSL EDAVGTHHAG EADVNIDGDE KQQLSLLDDD QVRALKLQEE KDALLTRRNT LLQEIQTYQN ILMKENNSK TKNGDILQND ITQDFLNLIS ISSSNPNSAI SDRKRVERIN GLTNLQKELV TKYDTLPLLN MNLRLSYLRD H TYPHLQVS ...文字列:
MDFTSDTTNS HDTSNSHLSL EDAVGTHHAG EADVNIDGDE KQQLSLLDDD QVRALKLQEE KDALLTRRNT LLQEIQTYQN ILMKENNSK TKNGDILQND ITQDFLNLIS ISSSNPNSAI SDRKRVERIN GLTNLQKELV TKYDTLPLLN MNLRLSYLRD H TYPHLQVS VQSRDRVHND GIEVLVVNYK FCRNTMNPFE IQFKMFYKFE DSTLLKWEIL RISTNVRLKA KQLLATRNFQ KC LLSLYEF DKIKSKKTGI FQNLINLLKR KTRCYLMNNS DSLIVERVIR EGRLTTIKLQ INFIITMPGE RGKPRNCFLP MSK ISIALW KGGERFNQID LDEICYGLIK EYGVKTGLKE ICNVCLFPDM YAR

UniProtKB: Inner kinetochore subunit CTF19

+
分子 #4: Inner kinetochore subunit CHL4

分子名称: Inner kinetochore subunit CHL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 53.015977 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SNAMSNELRL EDNYVPTSDT LVVFKQLMKL PVTVLYDLTL SWFAKFGGSF DGDIYLLTET LDLLIEKGVR RNVIVNRILY VYWPDGLNV FQLAEIDCHL MISKPEKFKW LPSKALRGDG KPYVVKLQPA KFIENLQTDL AKIYHCHVYM FKHPSLPVLI T RIQLFDSN ...文字列:
SNAMSNELRL EDNYVPTSDT LVVFKQLMKL PVTVLYDLTL SWFAKFGGSF DGDIYLLTET LDLLIEKGVR RNVIVNRILY VYWPDGLNV FQLAEIDCHL MISKPEKFKW LPSKALRGDG KPYVVKLQPA KFIENLQTDL AKIYHCHVYM FKHPSLPVLI T RIQLFDSN NLFLSTPNIG SINKESLYNK LDKFQGKPLI SRRPYYVAFP LNSPIIFHSV DKDIYARLVL QSISRTISER ET IIFKPVQ KIPVKSIHNI MTLLGPSRFA ESMGPWECYA SANFERSPLH DYKKHQGLTG KKVMVREFDD SFLNDDENFY GKE EPEIRR LRLEKNMIKF KGSANGVMDQ KYNDLKEFNE HVHNIRNGKK NEDSGEPVYI SRYSSLVPIE KVGFTLKNEI NSRI ITIKL KFNGNDIFGG LHELCDKNLI NIDKVPGWLA GENGSFSGTI MNGDFQREQV AKGGLL

UniProtKB: Inner kinetochore subunit CHL4

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分子 #5: Inner kinetochore subunit OKP1

分子名称: Inner kinetochore subunit OKP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 47.427246 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAADRDNFLQ NIENDSINNG QAMDLSPNRS SSESDSSILM NVNDIKTLRL DVAPEAKSTQ SKKSLFYENS DDAEEGEIEE RTNKEEGQY HHKGSKQLRF EVGKESTGKL QSHLSDGSAT SGEGNVRPWE FRKVIQAEYR ERLPRNYELK HWKKPSKIMI G SILRLLET ...文字列:
MAADRDNFLQ NIENDSINNG QAMDLSPNRS SSESDSSILM NVNDIKTLRL DVAPEAKSTQ SKKSLFYENS DDAEEGEIEE RTNKEEGQY HHKGSKQLRF EVGKESTGKL QSHLSDGSAT SGEGNVRPWE FRKVIQAEYR ERLPRNYELK HWKKPSKIMI G SILRLLET NTVSALDSVF EKYEKEMNQM THGDNNEVKR IYSKKERLLE IILTKIKKKL RQAKFPSRIS ERDLDIEYIY SK RQFIQNR YSQELQNNER LEAILSREQN LLEETRKLCM NLKTNNKKRL TEKLIQKDLH PVLNKAMEYT YGLESTNGFM HPD GPVTFR NDSHELNLML NDPIKSTADV RLDKEEVLSL LPSLKEYTKK SKELKETMGQ MISDSHEEEI KEVFVPHHES HQDK TEEDI H

UniProtKB: Inner kinetochore subunit OKP1

+
分子 #6: Inner kinetochore subunit NKP1

分子名称: Inner kinetochore subunit NKP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 27.278709 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SNAMTDTYNS ISNFIENELT ALLSSDDYLM DDLAGELPNE VCRLLKAQVI EKRKDAMSRG KQDLLSKEIY DNESELRASQ SQQIMELVG DIPKYSLGSE LRNRVEGEPQ STSIERLIED VLKLPQMEVA DEEEVEVEND LKVLSEYSNL RKDLILKCQA L QIGESKLS ...文字列:
SNAMTDTYNS ISNFIENELT ALLSSDDYLM DDLAGELPNE VCRLLKAQVI EKRKDAMSRG KQDLLSKEIY DNESELRASQ SQQIMELVG DIPKYSLGSE LRNRVEGEPQ STSIERLIED VLKLPQMEVA DEEEVEVEND LKVLSEYSNL RKDLILKCQA L QIGESKLS DILSQTNSIN SLTTSIKEAS EDDDISEYFA TYNGKLVVAL EEMKLLLEEA VKTFGNSPEK REKIKKILSE LK K

UniProtKB: Inner kinetochore subunit NKP1

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分子 #7: Inner kinetochore subunit AME1

分子名称: Inner kinetochore subunit AME1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 38.335594 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDRDTKLAFR LRGSHSRRTD DIDDDVIVFK TPNAVYREEN SPIQSPVQPI LSSPKLANSF EFPITTNNVN AQDRHEHGYQ PLDAEDYPM IDSENKSLIS ESPQNVRNDE DLTTRYNFDD IPIRQLSSSI TSVTTIDVLS SLFINLFEND LIPQALKDFN K SDDDQFRK ...文字列:
MDRDTKLAFR LRGSHSRRTD DIDDDVIVFK TPNAVYREEN SPIQSPVQPI LSSPKLANSF EFPITTNNVN AQDRHEHGYQ PLDAEDYPM IDSENKSLIS ESPQNVRNDE DLTTRYNFDD IPIRQLSSSI TSVTTIDVLS SLFINLFEND LIPQALKDFN K SDDDQFRK LLYKLDLRLF QTISDQMTRD LKDILDINVS NNELCYQLKQ VLARKEDLNQ QIISVRNEIQ ELKAGKDWHD LQ NEQAKLN DKVKLNKRLN DLTSTLLGKY EGDRKIMSQD SEDDSIRDDS NILDIAHFVD LMDPYNGLLK KINKINENLS NEL QPSLHH HHHH

UniProtKB: Inner kinetochore subunit AME1

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分子 #8: Inner kinetochore subunit CTF3,Inner kinetochore subunit CTF3

分子名称: Inner kinetochore subunit CTF3,Inner kinetochore subunit CTF3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 87.766664 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SNAMSLILDD IILSLTNANE RTPPQALKTT LSLLYEKSKQ YGLSSPQLQA LVRLLCETSI IDTVTKVYIV ENCFLPDGYL TKELLLEII NHLGTPTVFS RYRIQTPPVL QSALCKWLVH VYFLFPVHSE REHNISSSIW LHLWQFSFLQ KWITPLVIWQ A TTPVDVKP ...文字列:
SNAMSLILDD IILSLTNANE RTPPQALKTT LSLLYEKSKQ YGLSSPQLQA LVRLLCETSI IDTVTKVYIV ENCFLPDGYL TKELLLEII NHLGTPTVFS RYRIQTPPVL QSALCKWLVH VYFLFPVHSE REHNISSSIW LHLWQFSFLQ KWITPLVIWQ A TTPVDVKP WKLSIIKRCA MHPGYRDAPG SATLILQRFQ CLVGASSQIT ESIITINCNR KTLKSHRNLK LDAHFLSILK RI LSRAHPA NFPADTVQNT IDMYLSEIHQ LGADSIYPLR LQSLPEYVPS DSTVSLWDVT SLEQLAQNWP QLHIPNDVDY MMK PSLNSN VLLPRKVMSR DSLKHLYSSI ILIKNSRDES SSPYEWCIWQ LKRCFAHQIE TPQEVIPIII SVSSMDNKLS SRII QTFCN LKYLKLDELT LKKVCGGILP LWKPELISGT REFFVKFMAS IFMWSTRDGH DNNCTFSETC FYVLQMITNW VLDDK LIAL GLTLLHDMQS LLTLDKIFNN ATSNRFSTMA FISSLDILTQ LSKQTKSDYA IQYLIVGPDI MNKVFSSDDP LLLSAA CRY LVATKNKLMQ YPSTNKFVRM QNQYIMDLTN YLYRNKVLSS KSLFGVSPDF FKQILENLYI PTADFKNAKF FTITGIP AL SYICIIILRR LETAENTKIK FTSGIINEET FNNFFRVHHD EIGQHGWIKG VNNIHDLRVK ILMHLSNTAN PYRDIAAF L FTYLKSLSKY SVQNS(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

UniProtKB: Inner kinetochore subunit CTF3

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分子 #9: Inner kinetochore subunit NKP2

分子名称: Inner kinetochore subunit NKP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 17.877033 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MNSEQLLHNY VSDSLLTTLI SFQEFKQQLQ SYTSDEQQLQ HWYELLQARD ARVTSELEAR IKQFFITLRS RLLRFLESEQ LSHSLSLET LIDALYKIND LLQQRLQILD DAIQEKTSEL AEFENMVRSP SAGDNAIPGL LQIIQSYINL LEEN

UniProtKB: Inner kinetochore subunit NKP2

+
分子 #10: Inner kinetochore subunit Mcm22

分子名称: Inner kinetochore subunit Mcm22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 10.741231 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #11: Inner kinetochore subunit Mcm16

分子名称: Inner kinetochore subunit Mcm16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 6.400881 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #12: Unknown (unassigned)

分子名称: Unknown (unassigned) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 1.975426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8.5
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 47.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Starting model from low resolution reconstruction from F20 data (described in accompanying manuscript).
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 119469
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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