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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0441 | |||||||||
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タイトル | Conformational switches control early maturation of the eukaryotic small ribosomal subunit | |||||||||
マップデータ | masked, sharpened map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Ribosome assembly / RIBOSOME | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA re-export from nucleus / RNA fragment catabolic process / rRNA 2'-O-methylation / t-UTP complex / Mpp10 complex / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / rRNA modification / histone H2AQ104 methyltransferase activity / positive regulation of RNA binding ...tRNA re-export from nucleus / RNA fragment catabolic process / rRNA 2'-O-methylation / t-UTP complex / Mpp10 complex / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / rRNA modification / histone H2AQ104 methyltransferase activity / positive regulation of RNA binding / snRNA binding / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / septum digestion after cytokinesis / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / tRNA export from nucleus / rDNA heterochromatin / rRNA methyltransferase activity / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of transcription by RNA polymerase I / positive regulation of rRNA processing / U4/U6 snRNP / O-methyltransferase activity / SUMOylation of RNA binding proteins / protein localization to nucleolus / U4 snRNA binding / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / box C/D methylation guide snoRNP complex / rRNA methylation / U4 snRNP / U3 snoRNA binding / preribosome, small subunit precursor / establishment of cell polarity / snoRNA binding / precatalytic spliceosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / spliceosomal complex assembly / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / RNA endonuclease activity / 90S preribosome / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / peroxisome / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / mRNA binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Hunziker M / Barandun J | |||||||||
資金援助 | 米国, スイス, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Conformational switches control early maturation of the eukaryotic small ribosomal subunit. 著者: Mirjam Hunziker / Jonas Barandun / Olga Buzovetsky / Caitlin Steckler / Henrik Molina / Sebastian Klinge / 要旨: Eukaryotic ribosome biogenesis is initiated with the transcription of pre-ribosomal RNA at the 5' external transcribed spacer, which directs the early association of assembly factors but is absent ...Eukaryotic ribosome biogenesis is initiated with the transcription of pre-ribosomal RNA at the 5' external transcribed spacer, which directs the early association of assembly factors but is absent from the mature ribosome. The subsequent co-transcriptional association of ribosome assembly factors with pre-ribosomal RNA results in the formation of the small subunit processome. Here we show that stable rRNA domains of the small ribosomal subunit can independently recruit their own biogenesis factors in vivo. The final assembly and compaction of the small subunit processome requires the presence of the 5' external transcribed spacer RNA and all ribosomal RNA domains. Additionally, our cryo-electron microscopy structure of the earliest nucleolar pre-ribosomal assembly - the 5' external transcribed spacer ribonucleoprotein - provides a mechanism for how conformational changes in multi-protein complexes can be employed to regulate the accessibility of binding sites and therefore define the chronology of maturation events during early stages of ribosome assembly. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0441.map.gz | 10.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0441-v30.xml emd-0441.xml | 57 KB 57 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0441_fsc.xml | 12.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0441.png | 179.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0441.cif.gz | 15.9 KB | ||
その他 | emd_0441_additional.map.gz | 140.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0441 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0441 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0441_validation.pdf.gz | 395.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0441_full_validation.pdf.gz | 395 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0441_validation.xml.gz | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0441_validation.cif.gz | 17.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0441 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0441 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0441.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | masked, sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_0441_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : 5' ETS particle
+超分子 #1: 5' ETS particle
+分子 #1: 5'ETS rRNA
+分子 #2: 18S rRNA 5' domain start
+分子 #3: U3 snoRNA
+分子 #4: Utp17
+分子 #5: Utp8
+分子 #6: Utp15
+分子 #7: Utp9
+分子 #8: Utp5
+分子 #9: Utp10
+分子 #10: Utp4
+分子 #11: Utp1
+分子 #12: Utp6
+分子 #13: Utp12
+分子 #14: Utp13
+分子 #15: Utp18
+分子 #16: Utp21
+分子 #17: Sof1
+分子 #18: Utp7
+分子 #19: Imp3
+分子 #20: Mpp10
+分子 #21: Bud21
+分子 #22: Nop56
+分子 #23: Nop58
+分子 #24: Nop1.1
+分子 #25: Snu13
+分子 #26: Rrp9
+分子 #27: Utp24
+分子 #28: Unidentified fragment
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.7 構成要素:
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グリッド | 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - #1 - Film thickness: 2 | ||||||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2750 / 平均露光時間: 0.25 sec. / 平均電子線量: 31.25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |