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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0326 | ||||||||||||
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タイトル | Aeromonas hydrophila ExeD | ||||||||||||
マップデータ | ExeD 3D reconstruction | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / cell outer membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Aeromonas hydrophila (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Contreras-Martel C / Farias Estrozi L | ||||||||||||
資金援助 | フランス, カナダ, 3件
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引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2019 タイトル: Structure and assembly of pilotin-dependent and -independent secretins of the type II secretion system. 著者: S Peter Howard / Leandro F Estrozi / Quentin Bertrand / Carlos Contreras-Martel / Timothy Strozen / Viviana Job / Alexandre Martins / Daphna Fenel / Guy Schoehn / Andréa Dessen / 要旨: The type II secretion system (T2SS) is a cell envelope-spanning macromolecular complex that is prevalent in Gram-negative bacterial species. It serves as the predominant virulence mechanism of many ...The type II secretion system (T2SS) is a cell envelope-spanning macromolecular complex that is prevalent in Gram-negative bacterial species. It serves as the predominant virulence mechanism of many bacteria including those of the emerging human pathogens Vibrio vulnificus and Aeromonas hydrophila. The system is composed of a core set of highly conserved proteins that assemble an inner membrane platform, a periplasmic pseudopilus and an outer membrane complex termed the secretin. Localization and assembly of secretins in the outer membrane requires recognition of secretin monomers by two different partner systems: an inner membrane accessory complex or a highly sequence-diverse outer membrane lipoprotein, termed the pilotin. In this study, we addressed the question of differential secretin assembly mechanisms by using cryo-electron microscopy to determine the structures of the secretins from A. hydrophila (pilotin-independent ExeD) and V. vulnificus (pilotin-dependent EpsD). These structures, at approximately 3.5 Å resolution, reveal pentadecameric stoichiometries and C-terminal regions that carry a signature motif in the case of a pilotin-dependent assembly mechanism. We solved the crystal structure of the V. vulnificus EpsS pilotin and confirmed the importance of the signature motif for pilotin-dependent secretin assembly by performing modelling with the C-terminus of EpsD. We also show that secretin assembly is essential for membrane integrity and toxin secretion in V. vulnificus and establish that EpsD requires the coordinated activity of both the accessory complex EpsAB and the pilotin EpsS for full assembly and T2SS function. In contrast, mutation of the region of the S-domain that is normally the site of pilotin interactions has little effect on assembly or function of the ExeD secretin. Since secretins are essential outer membrane channels present in a variety of secretion systems, these results provide a structural and functional basis for understanding the key assembly steps for different members of this vast pore-forming family of proteins. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0326.map.gz | 7.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0326-v30.xml emd-0326.xml | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0326_fsc.xml | 8.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0326.png | 241.7 KB | ||
マスクデータ | emd_0326_msk_1.map | 59.6 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-0326.cif.gz | 6.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0326 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0326 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0326_validation.pdf.gz | 317.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0326_full_validation.pdf.gz | 316.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0326_validation.xml.gz | 10.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0326 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0326 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0326.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | ExeD 3D reconstruction | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.21 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_0326_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : ExeD
全体 | 名称: ExeD |
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要素 |
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-超分子 #1: ExeD
超分子 | 名称: ExeD / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Aeromonas hydrophila (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 1 MDa |
-分子 #1: Type II secretion system protein D
分子 | 名称: Type II secretion system protein D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Aeromonas hydrophila (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 55.618422 KDa |
組換発現 | 生物種: Cell-free gateway cloning vector N-term 8xHis pCellFree_G01 (その他) |
配列 | 文字列: GDEMVTRVVP VRNVSVRELA PLLRQLNDNA GGGNVVHYDP SNVLLITGRA AVVNRLVEVV RRVDKAGDQE VDIIKLKYAS AGEMVRLVT NLNKDGNSQG GNTSLLLAPK VVADERTNSV VVSGEPKARA RIIQMVRQLD RELQSQGNTR VFYLKYGKAK D MVEVLKGV ...文字列: GDEMVTRVVP VRNVSVRELA PLLRQLNDNA GGGNVVHYDP SNVLLITGRA AVVNRLVEVV RRVDKAGDQE VDIIKLKYAS AGEMVRLVT NLNKDGNSQG GNTSLLLAPK VVADERTNSV VVSGEPKARA RIIQMVRQLD RELQSQGNTR VFYLKYGKAK D MVEVLKGV SSSIEADKKG GGTATTAGGG ASIGGGKLAI SADETTNALV ITAQPDVMAE LEQVVAKLDI RRAQVLVEAI IV EIADGDG LNLGVQWANT NGGGTQFTNA GPGIGSVAIA AKDYKDNGTT TGLAKLAENF NGMAAGFYQG NWAMLVTALS TNT KSDILS TPSIVTMDNK EASFNVGQEV PVQTGTQNST SGDTTFSTIE RKTVGTKLVL TPQINEGDSV LLTIEQEVSS VGKQ ATGTD GLGPTFDTRT VKNAVLVKSG ETVVLGGLMD EQTKEEVSKV PLLGDIPVLG YLFRSTSNNT SKRNLMVFIR PTILR DANV YSGISSNKYT LFRAQQLDAV AQEGYATSPD RQVLPEYGQD UniProtKB: Secretin ExeD |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | This sample was monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 2247 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 41322 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |