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- EMDB-0251: Molecular structure of promoter-bound yeast TFIID -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0251
タイトルMolecular structure of promoter-bound yeast TFIID
マップデータKomagataella phaffii TFIID
試料
  • 複合体: Transcription Factor IID
    • タンパク質・ペプチド: Taf2
    • タンパク質・ペプチド: Subunit (90 kDa) of TFIID and SAGA complexes
    • タンパク質・ペプチド: Subunit (60 kDa) of TFIID and SAGA complexes
    • タンパク質・ペプチド: Subunit (17 kDa) of TFIID and SAGA complexes, involved in RNA polymerase II transcription initiation
    • タンパク質・ペプチド: Taf8
    • タンパク質・ペプチド: Histone-fold
    • タンパク質・ペプチド: Histone-fold
    • タンパク質・ペプチド: Subunit (61/68 kDa) of TFIID and SAGA complexes
    • タンパク質・ペプチド: TFIID subunit (48 kDa)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular biosynthetic process / regulation of primary metabolic process / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / SLIK (SAGA-like) complex / SAGA complex / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / DNA-templated transcription initiation ...regulation of cellular biosynthetic process / regulation of primary metabolic process / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / SLIK (SAGA-like) complex / SAGA complex / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / DNA-templated transcription initiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / chromatin organization / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / protein heterodimerization activity / chromatin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
LisH / Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 family / Transcription initiation factor TFIID component TAF4, C-terminal / Transcription initiation factor IID, 31kD subunit / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit A / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain superfamily / WD40 associated region in TFIID subunit, NTD2 domain / Transcription initiation factor TAFII31 ...LisH / Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 family / Transcription initiation factor TFIID component TAF4, C-terminal / Transcription initiation factor IID, 31kD subunit / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit A / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain superfamily / WD40 associated region in TFIID subunit, NTD2 domain / Transcription initiation factor TAFII31 / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain superfamily / TATA box binding protein associated factor (TAF) / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 domain / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / TAF6 C-terminal HEAT repeat domain / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone-fold / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Subunit (60 kDa) of TFIID and SAGA complexes / Transcription initiation factor TFIID subunit 9 / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / TBP-associated factor 4 / Transcription initiation factor TFIID subunit 5
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella phaffii GS115 (菌類) / Yeast (酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å
データ登録者Kolesnikova O / Ben-Shem A / Luo J / Ranish J / Schultz P / Papai G
資金援助 米国, フランス, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)P50 GM076547 RO1 GM110064 米国
French National Research AgencyANR-15-CE11-0022-01 フランス
French National Research AgencyANR-10-LABX-0030-INRT フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Molecular structure of promoter-bound yeast TFIID.
著者: Olga Kolesnikova / Adam Ben-Shem / Jie Luo / Jeff Ranish / Patrick Schultz / Gabor Papai /
要旨: Transcription preinitiation complex assembly on the promoters of protein encoding genes is nucleated in vivo by TFIID composed of the TATA-box Binding Protein (TBP) and 13 TBP-associate factors (Tafs) ...Transcription preinitiation complex assembly on the promoters of protein encoding genes is nucleated in vivo by TFIID composed of the TATA-box Binding Protein (TBP) and 13 TBP-associate factors (Tafs) providing regulatory and chromatin binding functions. Here we present the cryo-electron microscopy structure of promoter-bound yeast TFIID at a resolution better than 5 Å, except for a flexible domain. We position the crystal structures of several subunits and, in combination with cross-linking studies, describe the quaternary organization of TFIID. The compact tri lobed architecture is stabilized by a topologically closed Taf5-Taf6 tetramer. We confirm the unique subunit stoichiometry prevailing in TFIID and uncover a hexameric arrangement of Tafs containing a histone fold domain in the Twin lobe.
履歴
登録2018年9月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月3日-
マップ公開2018年11月21日-
更新2022年3月30日-
現状2022年3月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.004
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.004
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6hqa
  • 表面レベル: 0.004
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0251.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0251.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Komagataella phaffii TFIID
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.004 / ムービー #1: 0.004
最小 - 最大-0.014203308 - 0.022313362
平均 (標準偏差)5.9873146e-05 (±0.00071648543)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 352.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z352.000352.000352.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ240240240
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0140.0220.000

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添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_0251_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: even half map

ファイルemd_0251_half_map_1.map
注釈even half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: odd half map

ファイルemd_0251_half_map_2.map
注釈odd half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Transcription Factor IID

全体名称: Transcription Factor IID
要素
  • 複合体: Transcription Factor IID
    • タンパク質・ペプチド: Taf2
    • タンパク質・ペプチド: Subunit (90 kDa) of TFIID and SAGA complexes
    • タンパク質・ペプチド: Subunit (60 kDa) of TFIID and SAGA complexes
    • タンパク質・ペプチド: Subunit (17 kDa) of TFIID and SAGA complexes, involved in RNA polymerase II transcription initiation
    • タンパク質・ペプチド: Taf8
    • タンパク質・ペプチド: Histone-fold
    • タンパク質・ペプチド: Histone-fold
    • タンパク質・ペプチド: Subunit (61/68 kDa) of TFIID and SAGA complexes
    • タンパク質・ペプチド: TFIID subunit (48 kDa)

+
超分子 #1: Transcription Factor IID

超分子名称: Transcription Factor IID / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii GS115 (菌類)
分子量理論値: 900 KDa

+
分子 #1: Taf2

分子名称: Taf2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii GS115 (菌類)
分子量理論値: 199.179078 KDa
配列文字列: MPAIPYDYPS IVSHGTPRKQ KSQAKSSRAT QNFKIAHQKV QLDVDLATQT VNGETELTIF ATDPSLSKVR LDARCMQIHE VSVNLIKAN FIAADFSRND EFQNDPNNET LQRIHRYQKS YDTNSESIDI YQHHFYRSKF NPLYLDLNDH ESPESVETLN T ENLTVYLP ...文字列:
MPAIPYDYPS IVSHGTPRKQ KSQAKSSRAT QNFKIAHQKV QLDVDLATQT VNGETELTIF ATDPSLSKVR LDARCMQIHE VSVNLIKAN FIAADFSRND EFQNDPNNET LQRIHRYQKS YDTNSESIDI YQHHFYRSKF NPLYLDLNDH ESPESVETLN T ENLTVYLP ENLRLRPHDL SNTYSPVSNY NSPLTSNSAL MNSDRLYTPF VLKINYSLRV PKNGIIFNGG SHTTIEKTQW FC HTINNDI GCSASSWMPC IDNFYEKYTW ELQLIVPKTV GDIGQTKPIG EKFSKQPNDN DDDDDDMIDS YQETDEEMTR EIK VVLPDF ESVKESPHIL DHSKKVVSVQ LYNNPVAAHH IGFFVGPFEQ LPASTFKFQD QSHPKILDGE ENNHSDFTAA VAAR VYFLP SQKEMVLNTC LALYKNLDFY SKEFGSYPFS TYSMVFVDNL PTQYSSFAGI SGISSEVLYD SGLVEPMFPV TELLS LIVA EQWSGINIVP KSLNDYWCVI GIAHFMAGQF LKKLFGFNNY KFVIKQRSDR ICREDIGKAP LANQHFRFPV NDATDF KFI RLKAPLVLFI LDRRMTKTDR SFGLSRVIPK IFAAAMSHDL YNGNCLSTSH FQHVCEKVAH HKLDSFFNNW VHNSGTP VL RVTQRFNKKR MFIEMGIRQV QGYELARSDA SKSRKKDPVS FLNEACQHVD QTGPGVTSQI FTGPMTIRIH EADGTPYE H IVDLKEGFTK LDIQYNTKYK RIKKNKKDEE LTKKDDSENT VNRLGDILSR SKDMQEWHLE DLSAEGEEAR TQDAAEWIR IDADFEWICQ IHLNQPDYMY QSQLQQDRDV EAQLDSVNFF SNSLRPNVFY SSVLVRTLMD NRYFYGVRCE AAKGLARLSK EENNHIGLH HLLKTLKQAF CYPMHDSHED ATTLINNPKN FLPLPNDFSD FQRLFIQETI PAALSTIKIK DSDLFLNLRR I LLRLLQYN DNLNNDFNDC FYVCSLIRAL ANTIVEAGMV LQDHNEGISY YDEATSEDGT LDDRINNINR ETVIEFNRRL QL DAADVSY HTCISDTILN EKVRLGSEGL INFRFPELLQ FTQEKYSVYV RLAGFRGLLL LGGLKNKSIL HYFFSTAKLE LSA LFKRGL IDHFLEAVGV AALFGTPSTL DDP(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)NKSRRDTYI RTTMKGAIQI LKRDYAIGEG LTKELWSAVH SCLLSINLKR DIFDLIDLMY DAYDSY LVK IDSVSDKKVV TRVETVGDNT AIVKLYAKPR PKPSIVDSTS QKIEEKPKIK LGFKKSTEKS SGLSLKIKPK NVEVPEK VR PSKVKKEIEP PKENGPSEKK IPPPSSLVDD VTAPTPKVED ISNHRSKKQL LVKFGYKTAN SRRFVRILLR EKRLEFSS I PFNPKRYDVK LKYNRELLEE RTRARVDEDQ NSSSNSYSMS IDGKATNSGP VDSLNDDSIP TDGVAELKPE VEQRKKRVA KSTPKARQSR TIESDQDALI SRSHKRQKFN PTINKPKSEE EIGENQTPEA GTQPTPKTKP KAKTKIKLKL KFLESMEMDE KTTGWRGGH VVEGLAGELE QLRARLEHHP QGQREPGGSE LKTAALAQHD EAVDNKFNKE QQNAFYEILH LPNLNEEQRN A FIQSLKDD PSQSANLLAE AKKLNDAQAP KVDNKFNKEQ QNAFYEILHL PNLNEEQRNA FIQSLKDDPS QSANLLAEAK KL NGAQAPK VDANSAGKST

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分子 #2: Subunit (90 kDa) of TFIID and SAGA complexes

分子名称: Subunit (90 kDa) of TFIID and SAGA complexes / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (酵母)
分子量理論値: 80.933008 KDa
配列文字列: MKQEPGDSSD KSAPSGSITP QPKPPQQANV SNQQPQKPQQ FSAADLNRIV LEYLNKKGYH KTESMLRMES SHIPAPPTNI PTPQTTNIS RPTAPGRAPE YSDDPATIKR GYSILKSWCE SSLDFYRPEL EKFLYPVFVH CYLDLIARGY PSHAREFYDK F SKDHSVLH ...文字列:
MKQEPGDSSD KSAPSGSITP QPKPPQQANV SNQQPQKPQQ FSAADLNRIV LEYLNKKGYH KTESMLRMES SHIPAPPTNI PTPQTTNIS RPTAPGRAPE YSDDPATIKR GYSILKSWCE SSLDFYRPEL EKFLYPVFVH CYLDLIARGY PSHAREFYDK F SKDHSVLH EYEISKLGGI SLKEHLQEND VAKIFRSHKF KVLIGRTTFN LLLYFLNEND AVGGGVVLRL INQYIEPVIT TE AIAVERE GELNLSEGIV ELHTLNNTSI GGEQREISSV DAFNKKPVKL GKLQVDPEYS KELEAELKLK DEHEQAAQKK VST TLLEEY RENFKVDPSD ENNPSKDTLP LPLKSAQDLR NDIAMIQDSR AKIKLSAAQA SLPSVCMYTF HNTNNDLTCL KFND DSTMV ASGFQDSFIK LWSIDGSPLR SLLKNDPYNQ QNNDGVAVKG SRRLVGHSGA VYGVDFSPDN RYLISCSEDK TVRLW SLDT YTCLVSYKGH SSSVWDVKFS PMGHYFATAS HDQTARLWSC DHIYPLRIFA GHLNDVDCVE FHPNSTYLFT GSSDKT ARM WDIARGECVR VFMGHSGAIN CLAVSPDGRW LASAGEDSVV CLWDISTGRR IKAMRGHGRS SIYSLAFSRE GTVLVST GA DNSVRVWDVK KNTNSPSAQP EPINDVTAQG IQKKTEDLRR RKEIVATNDH MSVYFTKKTP VYTVHFTRRN LCLAGGVF G G

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分子 #3: Subunit (60 kDa) of TFIID and SAGA complexes

分子名称: Subunit (60 kDa) of TFIID and SAGA complexes / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (酵母)
分子量理論値: 54.888445 KDa
配列文字列: MSKNSQRSSI PTSHTLWSPS DTVKDAAESL GIFNLNEEAA KNLAMDIEYR IHEILDQASK FMRHGKRRTL HTSDIDRALK VLNLEPLYG YDVSRPLVFK EALVGAGQNL YYVDDDEVDF EKLINEPLPK VPRFSTFTAH WLAIEGVQPA IPQNPSPNDI K NILPINRG ...文字列:
MSKNSQRSSI PTSHTLWSPS DTVKDAAESL GIFNLNEEAA KNLAMDIEYR IHEILDQASK FMRHGKRRTL HTSDIDRALK VLNLEPLYG YDVSRPLVFK EALVGAGQNL YYVDDDEVDF EKLINEPLPK VPRFSTFTAH WLAIEGVQPA IPQNPSPNDI K NILPINRG SMENMFSLIN DEVKEDTNEE FTSTGPSVSS NISNQKQGLE VKPLVKHVLS RELQLYFDKI VEVLLNQEET KE AELLRNS ALQSVRADPG LHQLVPYFIQ FISETITKNL KNISLLSTML ELIYSLLMNE SLFLEPYVHA IIPCILTLLL AKK IGNVDD ELQKQQQLAL RELSASLLER VIEDFGSSYS TLKPRITRTL LRAFVSVNNT TPGTQYGALL GLRGLGSEVI RIVV LGNVI NWSSTFLEKL QQEDQVFLID TLIETLRVLT KEGKLVKDMK TENGIDNERL KQRVGDLIAD RIQACDDAQD IYWGI FFGE V

+
分子 #4: Subunit (17 kDa) of TFIID and SAGA complexes, involved in RNA pol...

分子名称: Subunit (17 kDa) of TFIID and SAGA complexes, involved in RNA polymerase II transcription initiation
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (酵母)
分子量理論値: 17.303576 KDa
配列文字列:
MTNEQAAIPR DVRLLHLIFA TQNIYSYQDH VPLQLMDFAY RYTTGTLQDA TIYSDHAHAS GSHISNAGNA GTNAQLTTED IRLAIAART NYQFKPVPPK ELLLELAAER NKKPLPAVIP TWGIRLPPEK YCLTGKDWVL EDEEEAVSYK KRKT

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分子 #5: Taf8

分子名称: Taf8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii GS115 (菌類)
分子量理論値: 6.400881 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #6: Histone-fold

分子名称: Histone-fold / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii GS115 (菌類)
分子量理論値: 5.464728 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #7: Histone-fold

分子名称: Histone-fold / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii GS115 (菌類)
分子量理論値: 5.805147 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #8: Subunit (61/68 kDa) of TFIID and SAGA complexes

分子名称: Subunit (61/68 kDa) of TFIID and SAGA complexes / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (酵母)
分子量理論値: 66.690133 KDa
配列文字列: MNQPPNQPQD NDSQVSSSGM QGGNSMNYSS SAPVNGAGQG PQPQQNSQGQ NGKKPVGMQQ AQIQLLARRY QLEMQKAHQL GPQTPQGAE HLQTATKIKH VLLSYQQQRQ RQQGQVQGQG LSQPQGQNQA QGRVQQQTQG LSPDPGSHQG SPQFQQPHQV M MGSAQTAG ...文字列:
MNQPPNQPQD NDSQVSSSGM QGGNSMNYSS SAPVNGAGQG PQPQQNSQGQ NGKKPVGMQQ AQIQLLARRY QLEMQKAHQL GPQTPQGAE HLQTATKIKH VLLSYQQQRQ RQQGQVQGQG LSQPQGQNQA QGRVQQQTQG LSPDPGSHQG SPQFQQPHQV M MGSAQTAG TSIANPQAQS NISSQVSQMA AAKVNSASPP IPPKTVGTPT GTPVGTQPRG QVTIQQFQQV KSILEEFEKK LR TIEAAKR DQNLPEETLQ KLLRQEAILK QRYAQTKATA YQMSQHLQRQ QQALRAASAE SAEVYVTGSA SSPNMNVYNQ QIL TQQPQQ QLQQQQLHQP QPQQPQPARQ SPHLLIHQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQHPVTH RPSNVSQTMP QPSQPLQSST PSSA VGRNQ SPGATPVTSV NAAAKPSPGT SSTSTLINQH ILKPAPPPTE IPARLQVKPP QPAAMKIPNR PTLLGGSAIS QPSLT TPVS IRPPPLEMEG DHVLQKRKLK ELLRNVGADE GDGETVIDGD VEELLLDLAD EFVTSVTSFA CRLAKHRKVD NIDMRD VQL HLERNWNIRV PGYASDEIRS VRKFQPTAGY NQKVQGVAIS KSVNKN

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分子 #9: TFIID subunit (48 kDa)

分子名称: TFIID subunit (48 kDa) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (酵母)
分子量理論値: 61.942883 KDa
配列文字列: MSRKPERRRQ PRLFSNDMRT LLFAYGDVQQ PQLETIQALE DVMIVFMTDL CHEAMTYATY QGRKHKLKME DFKFALRKDR LKLGRVEEL MNKQKEIQEA RKLFDSNEKE TKDDDIEKKR RKEAKRAIKE AKKLKLSKGD TAFMSSTPDG STPVDSGKRT S DQIDVGEY ...文字列:
MSRKPERRRQ PRLFSNDMRT LLFAYGDVQQ PQLETIQALE DVMIVFMTDL CHEAMTYATY QGRKHKLKME DFKFALRKDR LKLGRVEEL MNKQKEIQEA RKLFDSNEKE TKDDDIEKKR RKEAKRAIKE AKKLKLSKGD TAFMSSTPDG STPVDSGKRT S DQIDVGEY KRVKVERGNR SETVDSGLID MSNSVGASLD IPTPDQLNPT NTGVQTPSLH QPGESISAHS LSLPGETSVG GS TGISREN TPQVRPDVSV SQSSSQLHQR NESFPGLSVS KSTTSLNKDT MFDNRKRLLG NNGANPNGQK SSDPEKLSDA LTA AGVDLK EEESLLSQST VIQQSRRQLS TLSSFLHPVH LATFMRRVME NNGLRNYVDH DTELLSYMSS ACEGFMAGIL TDSV ILANH RKRPIKSKLK HSTTPRSDVS KVLRDIATKQ KEREEQRVQK RVTLDIEGQE DDGKSKQDNE EVLHRAANAT AMMMT SKSK KKKYSWMNAD SGAQGGKTNS VLARGDSGIR YRDAREEPGL VLRDLLGALE GRRMCVANTV VKGYARMND

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Equipped with Cs corrector / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-40 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 52.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4.9 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.8 µm / 倍率（補正後）: 45454 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 3.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 295734
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Previous KpTFIID structure
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 180823
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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