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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0011 | |||||||||
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タイトル | Structure of Mycobacterium tuberculosis Fatty Acid Synthase - I | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Fatty Acid Synthesis / Tuberculosis / BIOSYNTHETIC PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fatty acid synthase complex / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / hydrolase activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Elad N / Baron S | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Structure of Type-I Mycobacterium tuberculosis fatty acid synthase at 3.3 Å resolution. 著者: Nadav Elad / Szilvia Baron / Yoav Peleg / Shira Albeck / Jacob Grunwald / Gal Raviv / Zippora Shakked / Oren Zimhony / Ron Diskin / 要旨: Tuberculosis (TB) is a devastating and rapidly spreading disease caused by Mycobacterium tuberculosis (Mtb). Therapy requires prolonged treatment with a combination of multiple agents and ...Tuberculosis (TB) is a devastating and rapidly spreading disease caused by Mycobacterium tuberculosis (Mtb). Therapy requires prolonged treatment with a combination of multiple agents and interruptions in the treatment regimen result in emergence and spread of multi-drug resistant (MDR) Mtb strains. MDR Mtb poses a significant global health problem, calling for urgent development of novel drugs to combat TB. Here, we report the 3.3 Å resolution structure of the ~2 MDa type-I fatty acid synthase (FAS-I) from Mtb, determined by single particle cryo-EM. Mtb FAS-I is an essential enzymatic complex that contributes to the virulence of Mtb, and thus a prime target for anti-TB drugs. The structural information for Mtb FAS-I we have obtained enables computer-based drug discovery approaches, and the resolution achieved by cryo-EM is sufficient for elucidating inhibition mechanisms by putative small molecular weight inhibitors. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
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添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0011.map.gz | 144.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0011-v30.xml emd-0011.xml | 17 KB 17 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0011_fsc.xml | 15 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0011.png | 236.6 KB | ||
マスクデータ | emd_0011_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-0011.cif.gz | 7.1 KB | ||
その他 | emd_0011_half_map_1.map.gz emd_0011_half_map_2.map.gz | 194.3 MB 194.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0011 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0011 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0011_validation.pdf.gz | 507.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0011_full_validation.pdf.gz | 507.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0011_validation.xml.gz | 20 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0011 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0011 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0011.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.054 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_0011_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_0011_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_0011_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Fatty Acid Synthase - I
全体 | 名称: Fatty Acid Synthase - I |
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要素 |
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-超分子 #1: Fatty Acid Synthase - I
超分子 | 名称: Fatty Acid Synthase - I / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
-分子 #1: Fatty acid synthase
分子 | 名称: Fatty acid synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
分子量 | 理論値: 329.35675 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKKWSHPQFE KGGSDYKDDD DKPICTIHEH DRVSADRGGD SPHTTHALVD RLMAGEPYAV AFGGQGSAWL ETLEELVSAT GIETELATL VGEAELLLDP VTDELIVVRP IGFEPLQWVR ALAAEDPVPS DKHLTSAAVS VPGVLLTQIA ATRALARQGM D LVATPPVA ...文字列: MKKWSHPQFE KGGSDYKDDD DKPICTIHEH DRVSADRGGD SPHTTHALVD RLMAGEPYAV AFGGQGSAWL ETLEELVSAT GIETELATL VGEAELLLDP VTDELIVVRP IGFEPLQWVR ALAAEDPVPS DKHLTSAAVS VPGVLLTQIA ATRALARQGM D LVATPPVA MAGHSQGVLA VEALKAGGAR DVELFALAQL IGAAGTLVAR RRGISVLGDR PPMVSVTNAD PERIGRLLDE FA QDVRTVL PPVLSIRNGR RAVVITGTPE QLSRFELYCR QISEKEEADR KNKVRGGDVF SPVFEPVQVE VGFHTPRLSD GID IVAGWA EKAGLDVALA RELADAILIR KVDWVDEITR VHAAGARWIL DLGPGDILTR LTAPVIRGLG IGIVPAATRG GQRN LFTVG ATPEVARAWS SYAPTVVRLP DGRVKLSTKF TRLTGRSPIL LAGMTPTTVD AKIVAAAANA GHWAELAGGG QVTEE IFGN RIEQMAGLLE PGRTYQFNAL FLDPYLWKLQ VGGKRLVQKA RQSGAAIDGV VISAGIPDLD EAVELIDELG DIGISH VVF KPGTIEQIRS VIRIATEVPT KPVIMHVEGG RAGGHHSWED LDDLLLATYS ELRSRANITV CVGGGIGTPR RAAEYLS GR WAQAYGFPLM PIDGILVGTA AMATKESTTS PSVKRMLVDT QGTDQWISAG KAQGGMASSR SQLGADIHEI DNSASRCG R LLDEVAGDAE AVAERRDEII AAMAKTAKPY FGDVADMTYL QWLRRYVELA IGEGNSTADT ASVGSPWLAD TWRDRFEQM LQRAEARLHP QDFGPIQTLF TDAGLLDNPQ QAIAALLARY PDAETVQLHP ADVPFFVTLC KTLGKPVNFV PVIDQDVRRW WRSDSLWQA HDARYDADAV CIIPGTASVA GITRMDEPVG ELLDRFEQAA IDEVLGAGVE PKDVASRRLG RADVAGPLAV V LDAPDVRW AGRTVTNPVH RIADPAEWQV HDGPENPRAT HSSTGARLQT HGDDVALSVP VSGTWVDIRF TLPANTVDGG TP VIATEDA TSAMRTVLAI AAGVDSPEFL PAVANGTATL TVDWHPERVA DHTGVTATFG EPLAPSLTNV PDALVGPCWP AVF AAIGSA VTDTGEPVVE GLLSLVHLDH AARVVGQLPT VPAQLTVTAT AANATDTDMG RVVPVSVVVT GADGAVIATL EERF AILGR TGSAELADPA RAGGAVSANA TDTPRRRRRD VTITAPVDMR PFAVVSGDHN PIHTDRAAAL LAGLESPIVH GMWLS AAAQ HAVTATDGQA RPPARLVGWT ARFLGMVRPG DEVDFRVERV GIDQGAEIVD VAARVGSDLV MSASARLAAP KTVYAF PGQ GIQHKGMGME VRARSKAARK VWDTADKFTR DTLGFSVLHV VRDNPTSIIA SGVHYHHPDG VLYLTQFTQV AMATVAA AQ VAEMREQGAF VEGAIACGHS VGEYTALACV TGIYQLEALL EMVFHRGSKM HDIVPRDELG RSNYRLAAIR PSQIDLDD A DVPAFVAGIA ESTGEFLEIV NFNLRGSQYA IAGTVRGLEA LEAEVERRRE LTGGRRSFIL VPGIDVPFHS RVLRVGVAE FRRSLDRVMP RDADPDLIIG RYIPNLVPRL FTLDRDFIQE IRDLVPAEPL DEILADYDTW LRERPREMAR TVFIELLAWQ FASPVRWIE TQDLLFIEEA AGGLGVERFV EIGVKSSPTV AGLATNTLKL PEYAHSTVEV LNAERDAAVL FATDTDPEPE P EEDEPVAE SPAPDVVSEA APVAPAASSA GPRPDDLVFD AADATLALIA LSAKMRIDQI EELDSIESIT DGASSRRNQL LV DLGSELN LGAIDGAAES DLAGLRSQVT KLARTYKPYG PVLSDAINDQ LRTVLGPSGK RPGAIAERVK KTWELGEGWA KHV TVEVAL GTREGSSVRG GAMGHLHEGA LADAASVDKV IDAAVASVAA RQGVSVALPS AGSGGGATID AAALSEFTDQ ITGR EGVLA SAARLVLGQL GLDDPVNALP AAPDSELIDL VTAELGADWP RLVAPVFDPK KAVVFDDRWA SAREDLVKLW LTDEG DIDA DWPRLAERFE GAGHVVATQA TWWQGKSLAA GRQIHASLYG RIAAGAENPE PGRYGGEVAV VTGASKGSIA ASVVAR LLD GGATVIATTS KLDEERLAFY RTLYRDHARY GAALWLVAAN MASYSDVDAL VEWIGTEQTE SLGPQSIHIK DAQTPTL LF PFAAPRVVGD LSEAGSRAEM EMKVLLWAVQ RLIGGLSTIG AERDIASRLH VVLPGSPNRG MFGGDGAYGE AKSALDAV V SRWHAESSWA ARVSLAHALI GWTRGTGLMG HNDAIVAAVE EAGVTTYSTD EMAALLLDLC DAESKVAAAR SPIKADLTG GLAEANLDMA ELAAKAREQM SAAAAVDEDA EAPGAIAALP SPPRGFTPAP PPQWDDLDVD PADLVVIVGG AEIGPYGSSR TRFEMEVEN ELSAAGVLEL AWTTGLIRWE DDPQPGWYDT ESGEMVDESE LVQRYHDAVV QRVGIREFVD DGAIDPDHAS P LLVSVFLE KDFAFVVSSE ADARAFVEFD PEHTVIRPVP DSTDWQVIRK AGTEIRVPRK TKLSRVVGGQ IPTGFDPTVW GI SADMAGS IDRLAVWNMV ATVDAFLSSG FSPAEVMRYV HPSLVANTQG TGMGGGTSMQ TMYHGNLLGR NKPNDIFQEV LPN IIAAHV VQSYVGSYGA MIHPVAACAT AAVSVEEGVD KIRLGKAQLV VAGGLDDLTL EGIIGFGDMA ATADTSMMCG RGIH DSKFS RPNDRRRLGF VEAQGGGTIL LARGDLALRM GLPVLAVVAF AQSFGDGVHT SIPAPGLGAL GAGRGGKDSP LARAL AKLG VAADDVAVIS KHDTSTLAND PNETELHERL ADALGRSEGA PLFVVSQKSL TGHAKGGAAV FQMMGLCQIL RDGVIP PNR SLDCVDDELA GSAHFVWVRD TLRLGGKFPL KAGMLTSLGF GHVSGLVALV HPQAFIASLD PAQRADYQRR ADARLLA GQ RRLASAIAGG APMYQRPGDR RFDHHAPERP QEASMLLNPA ARLGDGEAYI UniProtKB: Fatty acid synthase |
-分子 #2: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子 | 名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: FMN |
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分子量 | 理論値: 456.344 Da |
Chemical component information | ChemComp-FMN: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 4.49 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-6gjc: |