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Structure paper

タイトルStructural basis for fork reversal and RAD51 regulation by the SCF ubiquitin ligase complex of F-box helicase 1.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Year 2026
掲載日2026年1月26日
著者Briana H Greer / Javier Mendia-Garcia / Elwood A Mullins / Emma M Peacock / Sander K Haigh / Carl J Schiltz / Clara Aicart-Ramos / Miaw-Sheue Tsai / David Cortez / Fernando Moreno-Herrero / Brandt F Eichman /
PubMed 要旨Replication fork reversal helps maintain genomic stability during replication stress. F-box helicase 1 (FBH1) catalyzes fork reversal and is an SCF (SKP-CUL1-F-box) E3 ubiquitin ligase that limits ...Replication fork reversal helps maintain genomic stability during replication stress. F-box helicase 1 (FBH1) catalyzes fork reversal and is an SCF (SKP-CUL1-F-box) E3 ubiquitin ligase that limits RAD51 association with chromatin. Here, we show that preferential binding of SCF to the lagging strand template at DNA fork structures stimulates helicase activity and is required for fork reversal. A cryo-EM structure of SCF bound to DNA representing a stalled fork reveals an intimate interaction between FBH1 and the fork junction. Disruption of this interface severely curtails fork reversal in vitro and replication progression in cells, providing a model for how ssDNA translocation by FBH1 facilitates annealing of parental DNA by a fundamentally different mechanism than the fork remodelers SMARCAL, HLTF, and ZRANB3. The structure provides a model for SCF disassembly of RAD51 filaments through translocation and ubiquitination, and implies that RAD51 is associated with the lagging strand at stalled forks.
リンクNat Commun / PubMed:41587991 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 10.27 Å
構造データ

72358

9xzj

EMDB-72358, PDB-9xzj:
Cryo-EM structure of F-box helicase 1 (FBH1) bound to an SCF ubiquitin ligase complex and a 3-way DNA fork (consensus structure)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

72359

9xzk

EMDB-72359, PDB-9xzk:
Cryo-EM structure of F-box helicase 1 (FBH1) bound to an SCF ubiquitin ligase complex and a 3-way DNA fork (head structure)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.91 Å

72361

9xzl

EMDB-72361, PDB-9xzl:
Cryo-EM structure of F-box helicase 1 (FBH1) bound to an SCF ubiquitin ligase complex and a 3-way DNA fork (body structure)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

72362

9xzm

EMDB-72362, PDB-9xzm:
Cryo-EM structure of F-box helicase 1 (FBH1) bound to an SCF ubiquitin ligase complex and a 3-way DNA fork (substrate structure)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.27 Å

化合物

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードISOMERASE/DNA / Helicase / Translocase / Fork remodeler / Fork reversal / Replication fork / DNA binding / ISOMERASE-DNA complex / TRANSFERASE

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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