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タイトルCryo-EM resolves the structure of the archaeal dsDNA virus HFTV1 from head to tail.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 11, Issue 40, Page eadx1178, Year 2025
掲載日2025年10月3日
著者Daniel X Zhang / Michail N Isupov / Rebecca M Davies / Sabine Schwarzer / Mathew McLaren / William S Stuart / Vicki A M Gold / Hanna M Oksanen / Tessa E F Quax / Bertram Daum /
PubMed 要旨While archaeal viruses show a stunning diversity of morphologies, many bear a notable resemblance to tailed bacterial phages. This raises fundamental questions: Do all tailed viruses share a common ...While archaeal viruses show a stunning diversity of morphologies, many bear a notable resemblance to tailed bacterial phages. This raises fundamental questions: Do all tailed viruses share a common origin and do they infect their hosts in similar ways? Answering these questions requires high-resolution structural insights, yet no complete atomic models of archaeal viruses have been available. Here, we present the near-atomic resolution structure of Haloferax tailed virus 1 (HFTV1), an archaeal virus thriving in extreme salinity. Using cryo-electron microscopy, we resolve the architecture and assembly of all structural proteins and capture conformational transitions associated with DNA ejection. Our data reveal genome spooling within the capsid and identify putative receptor-binding and catalytic sites for host recognition and infection. These findings uncover key mechanisms of archaeal virus assembly, principles of virus-host interactions, and evolutionary links connecting archaeal, bacterial, and eukaryotic viruses.
リンクSci Adv / PubMed:41042861 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.342 - 3.6 Å
構造データ

EMDB-18550, PDB-8qpg:
Turret of Haloferax tailed virus 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.36 Å

EMDB-18559, PDB-8qpq:
C1 turret to capsid interface of full Haloferax tailed virus 1 adjacent to the portal-capsid interface.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-18599, PDB-8qqn:
Portal protein of full Haloferax tailed virus 1.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.342 Å

EMDB-18633, PDB-8qsi:
Portal protein of empty Haloferax tailed virus 1.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

EMDB-18642, PDB-8qsy:
Portal capsid interface of full Haloferax tailed virus 1.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.68 Å

EMDB-50521, PDB-9fkb:
Tail of emppty Haloferax tailed virus 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

EMDB-51530, PDB-9gs0:
Capsid of full Haloferax tailed virus 1 without turret head protein gp31.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.37 Å

EMDB-51866, PDB-9h4p:
Tail of full Haloferax tailed virus 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.44 Å

EMDB-51883, PDB-9h5b:
Tail fibre of Haloferax tailed virus 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-51915, PDB-9h7v:
The baseplate assembly of Haloferax tailed virus 1.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

由来
  • haloferax tailed virus 1 (ウイルス)
キーワードVIRUS / Archeal virus / turret / turret capsid interface / Mg ions / Archaeal virus / portal / portal capsid interface / tail / capsid / baseplate / tape measure protein / tail fiber

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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