[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルMolecular architecture of coronavirus double-membrane vesicle pore complex.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 633, Issue 8028, Page 224-231, Year 2024
掲載日2024年8月14日
著者Yixin Huang / Tongyun Wang / Lijie Zhong / Wenxin Zhang / Yu Zhang / Xiulian Yu / Shuofeng Yuan / Tao Ni /
PubMed 要旨Coronaviruses remodel the intracellular host membranes during replication, forming double-membrane vesicles (DMVs) to accommodate viral RNA synthesis and modifications. SARS-CoV-2 non-structural ...Coronaviruses remodel the intracellular host membranes during replication, forming double-membrane vesicles (DMVs) to accommodate viral RNA synthesis and modifications. SARS-CoV-2 non-structural protein 3 (nsp3) and nsp4 are the minimal viral components required to induce DMV formation and to form a double-membrane-spanning pore, essential for the transport of newly synthesized viral RNAs. The mechanism of DMV pore complex formation remains unknown. Here we describe the molecular architecture of the SARS-CoV-2 nsp3-nsp4 pore complex, as resolved by cryogenic electron tomography and subtomogram averaging in isolated DMVs. The structures uncover an unexpected stoichiometry and topology of the nsp3-nsp4 pore complex comprising 12 copies each of nsp3 and nsp4, organized in 4 concentric stacking hexamer rings, mimicking a miniature nuclear pore complex. The transmembrane domains are interdigitated to create a high local curvature at the double-membrane junction, coupling double-membrane reorganization with pore formation. The ectodomains form extensive contacts in a pseudo-12-fold symmetry, belting the pore complex from the intermembrane space. A central positively charged ring of arginine residues coordinates the putative RNA translocation, essential for virus replication. Our work establishes a framework for understanding DMV pore formation and RNA translocation, providing a structural basis for the development of new antiviral strategies to combat coronavirus infection.
リンクNature / PubMed:39143215 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度4.2 - 6.2 Å
構造データ

39107

8yax

EMDB-39107, PDB-8yax:
SARS-CoV-2 DMV nsp3-4 pore complex (full-pore)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.9 Å

39109

8yb5

EMDB-39109, PDB-8yb5:
SARS-CoV-2 DMV nsp3-4 pore complex (consensus-pore, C6 symmetry)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-39111: SARS-CoV-2 DMV nsp3-4 pore complex (extended-pore)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.7 Å

39112

8yb7

EMDB-39112, PDB-8yb7:
SARS-CoV-2 DMV nsp3-4 pore complex (consensus-pore, C3 symmetry)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-39113: SARS-CoV-2 DMV nsp3-4 pore complex (mini-pore)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-39159: SARS-CoV-2 DMV nsp3-4 pore complex (full-length-pore)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.2 Å

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / Double membrane vesicle / pore complex / nsp3 / nsp4 / RNA transport

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る